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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3e8c | ||||||
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タイトル | Crystal structures of the kinase domain of PKA in complex with ATP-competitive inhibitors | ||||||
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![]() | TRANSFERASE / PKA / AKT2 / kinase / PKI / bovine / inhibitor / ATP-binding / cAMP / Lipoprotein / Myristate / Nucleotide-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Serine/threonine-protein kinase / Protein kinase inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes ...CD209 (DC-SIGN) signaling / HDL assembly / Regulation of insulin secretion / Rap1 signalling / Ion homeostasis / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / GPER1 signaling / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / RET signaling / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / VEGFA-VEGFR2 Pathway / PKA activation / MAPK6/MAPK4 signaling / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Hedgehog 'off' state / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / cAMP-dependent protein kinase / regulation of protein processing / cAMP-dependent protein kinase activity / protein localization to lipid droplet / cAMP-dependent protein kinase complex / regulation of bicellular tight junction assembly / cellular response to parathyroid hormone stimulus / cellular response to cold / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / regulation of osteoblast differentiation / sperm capacitation / Mitochondrial protein degradation / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / ciliary base / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / protein kinase A regulatory subunit binding / mesoderm formation / sperm flagellum / plasma membrane raft / axoneme / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / negative regulation of TORC1 signaling / regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of gluconeogenesis / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / cellular response to glucagon stimulus / protein export from nucleus / acrosomal vesicle / positive regulation of protein export from nucleus / negative regulation of smoothened signaling pathway / neural tube closure / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / neuromuscular junction / positive regulation of insulin secretion / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / mRNA processing / peptidyl-serine phosphorylation / manganese ion binding / cellular response to heat / postsynapse / protein kinase activity / regulation of cell cycle / nuclear speck / protein phosphorylation / protein domain specific binding / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / signal transduction / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Concha, N.O. / Elkins, P.A. / Smallwood, A. / Ward, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Aminofurazans as potent inhibitors of AKT kinase 著者: Rouse, M.B. / Seefeld, M.A. / Leber, J.D. / McNulty, K.C. / Sun, L. / Miller, W.H. / Zhang, S. / Minthorn, E.A. / Concha, N.O. / Choudhry, A.E. / Schaber, M.D. / Heerding, D.A. #1: ![]() タイトル: Discovery of 5-pyrrolopyridinyl-2-thiophenecarboxamides as potent AKT kinase inhibitors 著者: Seefeld, M.A. / Rouse, M.B. / McNulty, K.C. / Sun, L. / Wang, J. / Yamashita, D.S. / Choudhry, A. / Schaber, M.D. / Kumar, R. / Kahana, J. / Zhang, S.Y. / Minthorn, E.A. / Koretke, K.K. / ...著者: Seefeld, M.A. / Rouse, M.B. / McNulty, K.C. / Sun, L. / Wang, J. / Yamashita, D.S. / Choudhry, A. / Schaber, M.D. / Kumar, R. / Kahana, J. / Zhang, S.Y. / Minthorn, E.A. / Koretke, K.K. / Concha, N.O. / Heerding, D.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 450.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 371.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40786.395 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2226.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 詳細: THE PEPTIDE WAS CHEMICALLY SYNTHESIZED. IT SOURCE 10 IS FOUND NATURALLY IN BOVINE. 参照: UniProt: Q3SX13 #3: 化合物 | ChemComp-G96 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.39 % |
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結晶化 | 温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 13-17% PEG 3K-20K, 100 mM MES pH 6.5 or acetate 4.6, 1-15% methanol. Seeded, pH 4.5 - 6.5, vapor diffusion, temperature 273K PH範囲: 4.5 - 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月1日 / 詳細: un-focused beam |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 137412 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.079 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / % possible all: 97.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→46.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 22.439 / SU ML: 0.267 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.36 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.349 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.93 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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