PDB-3e7r: X-ray Crystal Structure of Racemic Plectasin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e7r

タイトル

X-ray Crystal Structure of Racemic Plectasin

要素

Plectasin

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / plectasin / racemic protein crystallography / Antibiotic / Antimicrobial / Cleavage on pair of basic residues / Defensin / Secreted

機能・相同性

機能・相同性情報

potassium channel regulator activity / toxin activity / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 1 Å

データ登録者

Mandal, K. / Pentelute, B.L. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B.H.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Racemic crystallography of synthetic protein enantiomers used to determine the X-ray structure of plectasin by direct methods
著者: Mandal, K. / Pentelute, B.L. / Tereshko, V. / Thammavongsa, V. / Schneewind, O. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B.

履歴

登録	2008年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2012年3月28日	Group: Other

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e7r.cif.gz	23.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e7r.ent.gz	18.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e7r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e7r_validation.pdf.gz	405 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e7r_full_validation.pdf.gz	405 KB	表示
XML形式データ	3e7r_validation.xml.gz	3.5 KB	表示
CIF形式データ	3e7r_validation.cif.gz	4.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/3e7r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/3e7r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e7uC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4e86-4 1eds-d 4e86-3 3e7u-d 3wup-d 1t0c-d 4e86-5 6k50-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (1) #38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

L: Plectasin

4.42 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	23.581, 23.812, 24.492
Angle α, β, γ (deg.)	109.65, 94.95, 97.69
Int Tables number	2
Space group name H-M	P-1

#1: タンパク質・ペプチド	Plectasin 分子量: 4415.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: The peptide is naturally found in Pseudoplectania nigrella (Ebony cup). 参照: UniProt: Q53I06
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 14.53 %
結晶化	温度: 292 K / pH: 7 詳細: 0.1 M HEPES, 22.5% (w/v) Jeffamine ED-2001, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→50 Å / Num. obs: 22253 / % possible obs: 83.2 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.212 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / % possible all: 32

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1→22.84 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.955 / SU B: 0.522 / SU ML: 0.013 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	1100	5 %	RANDOM
R_work	0.202	-	-	-
obs	0.203	21051	83.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0.08 Å²	0.03 Å²
2-	-	-0.03 Å²	-0.05 Å²
3-	-	-	-0.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1→22.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	302	0	0	24	326

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.02	0.021	322
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.749	1.91	432
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.453	5	39
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.391	24.375	16
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.544	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	260
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.2	220
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.069	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.209	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.133	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.927	1.5	196
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.825	2	299
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.246	3	151
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.873	4.5	133
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.23	3	347
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	12.1	3	24
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	7.042	3	309

LS精密化シェル

解像度: 1→1.03 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.347	30	-
R_work	0.323	574	-
obs	-	-	30.41 %

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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