[日本語] English
万見
- PDB-3e7p: CRYSTAL STRUCTURE OF of putative methyltransferase from Bacteroid... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e7p
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF of putative methyltransferase from Bacteroides vulgatus ATCC 8482
要素Putative methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / putative methyltransferase / NYSGXRC / HYDROLASE / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase domain 25 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Methyltransferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides vulgatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF of putative methyltransferase from Bacteroides vulgatus ATCC 8482
著者: Malashkevich, v.n. / Toro, R. / meyer, A.J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2008年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_special_symmetry / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7801
ポリマ－30,7801
非ポリマー00
水3,477193
1
A: Putative methyltransferase

A: Putative methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5602
ポリマ－61,5602
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+11
Buried area1590 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area23150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.702, 103.568, 132.809
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-390-

HOH

21A-463-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative methyltransferase


分子量: 30779.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides vulgatus (バクテリア)
株: ATCC 8482 / 遺伝子: BVU_3255 / プラスミド: BC-PSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: A6L5C0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.47 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris, 45% PPG P400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.5 % / Av σ(I) over netI: 30.1 / 数: 155049 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.63 / D res high: 1.89 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 44798 / % possible obs: 75.1
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
4.075098.510.0331.8393.7
3.234.0799.410.0472.4623.7
2.823.2399.910.0621.8343.8
2.572.8299.810.091.4923.8
2.382.5793.810.1151.3163.5
2.242.388110.1371.2833.3
2.132.2464.610.161.1813.2
2.042.1352.110.191.2143
1.962.0438.210.2261.0872.8
1.891.9623.510.2850.9832.4
反射解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 44798 / % possible obs: 75.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Χ2: 1.627
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.89-1.962.40.28513900.983123.5
1.96-2.042.80.22622811.087138.2
2.04-2.1330.1930871.214152.1
2.13-2.243.20.1638841.181164.6
2.24-2.383.30.13748191.283181
2.38-2.573.50.11555831.316193.8
2.57-2.823.80.0959661.492199.8
2.82-3.233.80.06259571.834199.9
3.23-4.073.70.04759482.462199.4
4.07-503.70.03358831.839198.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.47 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / WRfactor Rfree: 0.223 / WRfactor Rwork: 0.194 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.854 / SU B: 5.767 / SU ML: 0.087 / SU R Cruickshank DPI: 0.154 / SU Rfree: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1197 5.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.186 23357 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.77 Å2 / Biso mean: 39.004 Å2 / Biso min: 26.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2030 0 0 193 2223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0222110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3931.942862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8075260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.16424.528106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.05715354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.608159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211637
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9433.51265
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.734502039
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.29950845
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.114.5819
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 36 -
Rwork0.262 544 -
all-580 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 34.5945 Å / Origin y: 32.2655 Å / Origin z: 49.9133 Å
111213212223313233
T-0.0445 Å2-0.0095 Å20.007 Å2--0.0402 Å2-0.0018 Å2---0.0273 Å2
L0.7762 °2-0.2207 °2-0.1557 °2-0.3841 °20.2469 °2--1.1451 °2
S0.0686 Å °0.1069 Å °-0.0027 Å °-0.0943 Å °0.0307 Å °-0.0145 Å °-0.0161 Å °0.0535 Å °-0.0992 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る