PDB-3e7n: Crystal structure of d-ribose high-affinity transport system from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e7n

タイトル

Crystal structure of d-ribose high-affinity transport system from salmonella typhimurium lt2

要素

D-ribose high-affinity transport system

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / D-ribose transport system / rbsD / CSGID / Structural Genomics / NIAID Structural Genomics Centers for Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular transferase activity / D-ribose pyranase / D-ribose pyranase activity / intramolecular lyase activity / D-ribose catabolic process / monosaccharide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Nocek, B. / Maltseva, N. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of d-ribose high-affinity transport system from salmonella typhimurium lt2
著者: Nocek, B. / Maltseva, N. / Gu, M. / Joachimiak, A. / Anderson, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2008年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え	2008年9月16日	ID: 3DSA
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3e7n.ent.gz	343.5 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3e7n_validation.pdf.gz	536.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e7n_full_validation.pdf.gz	554.6 KB	表示
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CIF形式データ	3e7n_validation.cif.gz	97.4 KB	表示
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関連構造データ

類似構造データ	1ogc-1 1ogd-1 1ogf-1 1oge-1 3s7x-d 2q0q-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp00079

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: D-ribose high-affinity transport system

B: D-ribose high-affinity transport system

C: D-ribose high-affinity transport system

D: D-ribose high-affinity transport system

E: D-ribose high-affinity transport system

F: D-ribose high-affinity transport system

G: D-ribose high-affinity transport system

H: D-ribose high-affinity transport system

I: D-ribose high-affinity transport system

J: D-ribose high-affinity transport system

K: D-ribose high-affinity transport system

L: D-ribose high-affinity transport system

M: D-ribose high-affinity transport system

N: D-ribose high-affinity transport system

O: D-ribose high-affinity transport system

ヘテロ分子

236 kDa, 15 ポリマー
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1

A: D-ribose high-affinity transport system

B: D-ribose high-affinity transport system

C: D-ribose high-affinity transport system

D: D-ribose high-affinity transport system

E: D-ribose high-affinity transport system

ヘテロ分子

A: D-ribose high-affinity transport system

B: D-ribose high-affinity transport system

C: D-ribose high-affinity transport system

D: D-ribose high-affinity transport system

E: D-ribose high-affinity transport system

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
157 kDa, 10 ポリマー
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2

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G: D-ribose high-affinity transport system

H: D-ribose high-affinity transport system

I: D-ribose high-affinity transport system

J: D-ribose high-affinity transport system

K: D-ribose high-affinity transport system

L: D-ribose high-affinity transport system

M: D-ribose high-affinity transport system

N: D-ribose high-affinity transport system

O: D-ribose high-affinity transport system

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
157 kDa, 10 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	293.042, 92.726, 93.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.53, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L
13	1	M
14	1	N
15	1	O

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: MSE / Refine code: 3

Dom-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	THR	A	A	1 - 138	4 - 141
2	PHE	B	B	1 - 139	4 - 142
3	PHE	C	C	1 - 139	4 - 142
4	PHE	D	D	1 - 139	4 - 142
5	THR	E	E	1 - 138	4 - 141
6	THR	F	F	1 - 138	4 - 141
7	VAL	G	G	1 - 137	4 - 140
8	THR	H	H	1 - 138	4 - 141
9	THR	I	I	1 - 138	4 - 141
10	THR	J	J	1 - 138	4 - 141
11	THR	K	K	1 - 138	4 - 141
12	VAL	L	L	1 - 137	4 - 140
13	THR	M	M	1 - 138	4 - 141
14	THR	N	N	1 - 138	4 - 141
15	THR	O	O	1 - 138	4 - 141

#1: タンパク質	D-ribose high-affinity transport system 分子量: 15664.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) 遺伝子: rbsD, STM3881 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8ZKW0
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE TARGET ID IDP00079 DOES NOT EXIST IN TARGETDB AT THE TIME OF PROCESSING.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.59 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Bis-tris 20% PEG MME 5000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月20日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→30 Å / Num. all: 88424 / Num. obs: 88248 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 55.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
SHELX		位相決定
Coot		モデル構築
MLPHARE		位相決定
CCP4		位相決定
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.45→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 18.169 / SU ML: 0.195 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.456 / ESU R Free: 0.258 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23255	4397	5 %	RANDOM
R_work	0.19069	-	-	-
all	0.1928	87798	-	-
obs	0.19279	83401	99.21 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.276 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.33 Å²	0 Å²	-0.6 Å²
2-	-	0.13 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15964	0	52	280	16296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	16298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	10494
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.398	1.957	22130
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.952	3	26090
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.053	5	2106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.355	26.012	672
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.225	15	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.861	15	63
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	17910
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2721
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	3288
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	10428
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	8083
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	8697
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	406
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.01	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.16	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.278	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.127	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.554	1.5	12645
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.148	1.5	4232
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.788	2	17147
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.919	3	6148
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.863	4.5	4978
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	784	tight positional	0.04	0.05
2	B	784	tight positional	0.05	0.05
3	C	784	tight positional	0.04	0.05
4	D	784	tight positional	0.04	0.05
5	E	784	tight positional	0.04	0.05
6	F	784	tight positional	0.04	0.05
7	G	784	tight positional	0.04	0.05
8	H	784	tight positional	0.04	0.05
9	I	784	tight positional	0.04	0.05
10	J	784	tight positional	0.04	0.05
11	K	784	tight positional	0.04	0.05
12	L	784	tight positional	0.04	0.05
13	M	784	tight positional	0.03	0.05
14	N	784	tight positional	0.03	0.05
15	O	784	tight positional	0.04	0.05
1	A	864	loose positional	0.28	5
2	B	864	loose positional	0.45	5
3	C	864	loose positional	0.26	5
4	D	864	loose positional	0.26	5
5	E	864	loose positional	0.22	5
6	F	864	loose positional	0.44	5
7	G	864	loose positional	0.28	5
8	H	864	loose positional	0.41	5
9	I	864	loose positional	0.38	5
10	J	864	loose positional	0.22	5
11	K	864	loose positional	0.22	5
12	L	864	loose positional	0.25	5
13	M	864	loose positional	0.31	5
14	N	864	loose positional	0.23	5
15	O	864	loose positional	0.3	5
1	A	784	tight thermal	0.1	0.5
2	B	784	tight thermal	0.11	0.5
3	C	784	tight thermal	0.1	0.5
4	D	784	tight thermal	0.1	0.5
5	E	784	tight thermal	0.1	0.5
6	F	784	tight thermal	0.1	0.5
7	G	784	tight thermal	0.11	0.5
8	H	784	tight thermal	0.08	0.5
9	I	784	tight thermal	0.09	0.5
10	J	784	tight thermal	0.09	0.5
11	K	784	tight thermal	0.08	0.5
12	L	784	tight thermal	0.08	0.5
13	M	784	tight thermal	0.08	0.5
14	N	784	tight thermal	0.08	0.5
15	O	784	tight thermal	0.09	0.5
1	A	864	loose thermal	1.12	10
2	B	864	loose thermal	1.29	10
3	C	864	loose thermal	1.13	10
4	D	864	loose thermal	1.21	10
5	E	864	loose thermal	1.1	10
6	F	864	loose thermal	1.38	10
7	G	864	loose thermal	1.26	10
8	H	864	loose thermal	1.03	10
9	I	864	loose thermal	0.88	10
10	J	864	loose thermal	1.01	10
11	K	864	loose thermal	1.15	10
12	L	864	loose thermal	1.11	10
13	M	864	loose thermal	1.01	10
14	N	864	loose thermal	1.03	10
15	O	864	loose thermal	1	10

LS精密化シェル

解像度: 2.45→2.513 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	302	-
R_work	0.275	5979	-
obs	-	-	97.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.7654	0.6753	0.5328	0.7488	0.6932	0.9236	-0.0377	-0.0055	-0.0915	-0.3147	-0.2039	-0.3239	0.176	0.1663	0.2417	0.1894	0.0304	0.0415	0.0028	-0.0318	0.0656	147.2543	116.4131	-11.8025
2	2.4959	0.2548	0.179	0.7828	0.3564	1.9403	-0.0214	0.0402	-0.1191	-0.0302	-0.0225	-0.0706	-0.1212	0.003	0.0438	0.1453	0.0637	0.0309	-0.0771	-0.0206	0.0072	134.1785	119.7369	-3.5859
3	5.7226	-0.5307	-2.8891	3.3749	5.626	18.683	-0.0076	0.4065	0.4774	-0.3544	-0.2291	0.2883	-0.6666	-0.0081	0.2367	0.2553	0.1045	-0.012	-0.0697	0.0439	0.074	128.6177	129.8259	-10.4155
4	4.1592	0.1281	1.0539	1.6228	0.0473	2.0734	-0.0881	-0.0274	-0.0676	-0.1123	-0.0201	0.2119	-0.1321	-0.2143	0.1082	0.1183	0.0644	0.0401	-0.0326	-0.0687	-0.0198	128.1718	118.2	-2.1145
5	3.5038	1.478	-0.8158	0.8112	0.229	1.94	-0.0279	-0.046	0.0335	0.017	-0.1652	-0.3035	-0.1435	0.3146	0.1931	0.1661	-0.0194	0.0417	-0.0091	0.0335	0.0563	142.6939	110.5905	17.5198
6	6.8165	-0.103	0.7225	3.6083	-0.4651	1.2781	0.0066	0.1356	-0.0486	-0.0195	-0.0357	-0.0527	-0.0159	-0.0128	0.0292	0.1256	-0.0051	0.049	0.0246	0.0497	-0.0647	139.5961	100.5294	24.8813
7	2.6202	0.8611	-0.7115	4.2847	-0.9562	3.1338	-0.0504	-0.226	-0.0153	0.155	-0.0279	0.1204	-0.0995	-0.0919	0.0783	0.1148	0.0266	0.0657	-0.0154	-0.022	0.0012	129.0834	111.8482	28.8712
8	2.2104	-0.5571	-0.5251	5.68	0.1726	1.9294	0.0936	0.061	-0.0547	-0.0453	-0.1204	0.3208	0.0145	-0.1217	0.0268	0.0531	-0.0181	0.0535	-0.0315	-0.007	-0.0045	131.5992	103.8142	22.7094
9	5.7887	-1.621	-1.1507	1.471	0.3505	0.2295	0.0186	-0.0438	-0.2942	0.0281	-0.1837	-0.2492	-0.1959	0.2762	0.1651	0.0903	-0.024	-0.0158	-0.0228	0.0921	0.113	148.145	82.1423	22.7782
10	3.4355	-0.8016	-1.1906	1.71	1.6602	1.6674	0.046	-0.0092	-0.1242	-0.1838	0.0009	-0.0295	-0.0601	0.0113	-0.0468	0.0719	-0.0294	0.0389	-0.0665	0.0758	0.0832	137.8405	74.4315	17.3071
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53	9.7162	2.2384	-2.9421	1.0852	-3.1723	11.8175	-0.7679	-0.222	0.1918	-0.3035	-0.0575	-0.4555	0.1751	-0.728	0.8254	0.2443	0.242	-0.0559	0.3318	-0.1664	0.2831	88.4028	169.2932	15.1127
54	2.841	-0.3371	0.7031	0.0736	0.2647	3.7862	-0.0934	-0.1009	0.2563	0.0051	0.0415	0.1846	-0.1601	-0.4799	0.0519	0.153	0.2251	-0.0476	0.3617	-0.1548	0.344	77.8007	167.1833	24.89
55	4.1798	-0.5041	-1.1071	3.5683	-1.0575	9.6292	0.2182	-0.0278	0.8323	0.2326	-0.3371	0.4024	-1.4681	-1.4887	0.1189	0.2838	0.3609	0.0263	0.5647	-0.2149	0.6221	66.7677	177.8674	27.698
56	4.2846	-1.2752	0.8229	1.9897	0.1084	7.2905	-0.0009	-0.1595	0.0176	0.1071	0.0301	0.3098	-0.4307	-1.2354	-0.0292	0.0905	0.2131	0.0115	0.5412	-0.1901	0.4088	69.1544	168.2135	27.4056
57	5.9848	-0.9581	0.4928	1.6045	-0.3485	1.7709	-0.0639	0.0562	-0.08	-0.0181	-0.142	0.1118	-0.2008	-0.3014	0.2059	0.1421	0.0776	-0.017	0.2865	-0.1649	0.1802	91.6395	162.7215	43.9049
58	2.6023	-1.5191	0.8743	2.6362	-0.9869	1.4419	-0.1022	0.1856	0.1041	-0.0186	-0.0745	0.136	-0.0359	-0.5157	0.1766	0.0691	0.0016	0.0617	0.3514	-0.2603	0.1364	88.5234	154.2937	52.5977
59	3.4657	0.2534	-0.5754	6.213	-0.8859	3.1645	-0.0346	-0.5005	0.3481	0.3529	-0.0816	0.4762	-0.3206	-0.9229	0.1161	0.1002	0.1394	0.0773	0.6705	-0.3614	0.2357	78.4439	160.3853	61.1262
60	3.2013	0.1104	-1.0511	3.9889	0.9154	2.4588	-0.0174	-0.2417	0.0981	-0.0418	0.0188	0.4929	-0.0563	-0.8341	-0.0014	0.0198	-0.0237	0.0649	0.4515	-0.2885	0.1934	81.2771	153.3621	53.0024

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	-1 - 17	2 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	18 - 75	21 - 78
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	76 - 100	79 - 103
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	101 - 138	104 - 141
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	-1 - 28	2 - 31
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	29 - 57	32 - 60
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	58 - 108	61 - 111
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	109 - 138	112 - 141
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	C	-1 - 18	2 - 21
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	C	19 - 60	22 - 63
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	C	61 - 102	64 - 105
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	C	103 - 138	106 - 141
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	D	-1 - 34	2 - 37
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	D	35 - 88	38 - 91
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	D	89 - 106	92 - 109
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	D	107 - 139	110 - 142
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	E	-1 - 23	2 - 26
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	E	24 - 54	27 - 57
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	E	55 - 120	58 - 123
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	E	121 - 138	124 - 141
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	F	-1 - 9	2 - 12
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	F	10 - 36	13 - 39
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	F	37 - 97	40 - 100
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	F	98 - 138	101 - 141
25	X-RAY DIFFRACTION	25	G	G	-1 - 17	2 - 20
26	X-RAY DIFFRACTION	26	G	G	18 - 75	21 - 78
27	X-RAY DIFFRACTION	27	G	G	76 - 89	79 - 92
28	X-RAY DIFFRACTION	28	G	G	90 - 137	93 - 140
29	X-RAY DIFFRACTION	29	H	H	-1 - 18	2 - 21
30	X-RAY DIFFRACTION	30	H	H	19 - 53	22 - 56
31	X-RAY DIFFRACTION	31	H	H	54 - 102	57 - 105
32	X-RAY DIFFRACTION	32	H	H	103 - 137	106 - 140
33	X-RAY DIFFRACTION	33	I	I	-1 - 36	2 - 39
34	X-RAY DIFFRACTION	34	I	I	37 - 64	40 - 67
35	X-RAY DIFFRACTION	35	I	I	65 - 95	68 - 98
36	X-RAY DIFFRACTION	36	I	I	96 - 137	99 - 140
37	X-RAY DIFFRACTION	37	J	J	-1 - 9	2 - 12
38	X-RAY DIFFRACTION	38	J	J	10 - 26	13 - 29
39	X-RAY DIFFRACTION	39	J	J	27 - 58	30 - 61
40	X-RAY DIFFRACTION	40	J	J	59 - 138	62 - 141
41	X-RAY DIFFRACTION	41	K	K	-1 - 20	2 - 23
42	X-RAY DIFFRACTION	42	K	K	21 - 64	24 - 67
43	X-RAY DIFFRACTION	43	K	K	65 - 111	68 - 114
44	X-RAY DIFFRACTION	44	K	K	112 - 138	115 - 141
45	X-RAY DIFFRACTION	45	L	L	-1 - 37	2 - 40
46	X-RAY DIFFRACTION	46	L	L	38 - 67	41 - 70
47	X-RAY DIFFRACTION	47	L	L	68 - 108	71 - 111
48	X-RAY DIFFRACTION	48	L	L	109 - 137	112 - 140
49	X-RAY DIFFRACTION	49	M	M	-1 - 16	2 - 19
50	X-RAY DIFFRACTION	50	M	M	17 - 64	20 - 67
51	X-RAY DIFFRACTION	51	M	M	65 - 109	68 - 112
52	X-RAY DIFFRACTION	52	M	M	110 - 138	113 - 141
53	X-RAY DIFFRACTION	53	N	N	-1 - 11	2 - 14
54	X-RAY DIFFRACTION	54	N	N	12 - 65	15 - 68
55	X-RAY DIFFRACTION	55	N	N	66 - 92	69 - 95
56	X-RAY DIFFRACTION	56	N	N	93 - 137	96 - 140
57	X-RAY DIFFRACTION	57	O	O	-1 - 22	2 - 25
58	X-RAY DIFFRACTION	58	O	O	23 - 64	26 - 67
59	X-RAY DIFFRACTION	59	O	O	65 - 108	68 - 111
60	X-RAY DIFFRACTION	60	O	O	109 - 138	112 - 141

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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