PDB-3e7h: The crystal structure of the beta subunit of the DNA-directed RNA...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e7h

タイトル

The crystal structure of the beta subunit of the DNA-directed RNA polymerase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor

要素

DNA-directed RNA polymerase subunit beta

キーワード

TRANSFERASE / DNA-directed RNA polymerase / Structural genomics / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / Nucleotidyltransferase / Transcription

機能・相同性

機能・相同性情報

ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Zhang, R. / Wu, R. / Freeman, L. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the beta subunit of the DNA-directed RNA polymerase from Vibrio cholerae O1 biovar eltor
著者: Zhang, R. / Wu, R. / Freeman, L. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年8月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e7h.cif.gz	100.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e7h.ent.gz	79.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e7h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e7h_validation.pdf.gz	423.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e7h_full_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示
XML形式データ	3e7h_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	3e7h_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/3e7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e7/3e7h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4caj-d 3dte-2 1svc-d 6giw-d 1wqs-d 3vzi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC87466.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (4) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (4)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

22.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

B: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.9 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.035, 65.035, 115.981
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

詳細

This protein existed as tetramer A2B2. The second part of the biological assembly of Mol. A/B is generated by the operation: y,x,-z+1

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / Transcriptase subunit beta / RNA polymerase subunit beta 分子量: 11463.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: str. N16961 chromosome I / 遺伝子: rpoB, VC_0328 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9KV30, DNA-directed RNA polymerase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / Transcriptase subunit beta / RNA polymerase subunit beta

分子量: 11463.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Vibrio cholerae (コレラ菌) / 株: str. N16961 chromosome I / 遺伝子: rpoB, VC_0328 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9KV30, DNA-directed RNA polymerase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.01 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG3350, 0.1M Bis-tris, pH6.5, 0.2M NaCl , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月23日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→45.98 Å / Num. all: 26726 / Num. obs: 26715 / % possible obs: 0.9996 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 18.5 % / B_iso Wilson estimate: 21 Å² / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 50.5
反射シェル	解像度: 1.7→1.744 Å / 冗長度: 17.5 % / R_merge(I) obs: 0.727 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / Num. unique all: 2029 / % possible all: 0.995

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→45.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 4.122 / SU ML: 0.063 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.135 / ESU R Free: 0.104
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22906	1414	5 %	RANDOM
R_work	0.18071	-	-	-
obs	0.18301	26715	99.96 %	-
all	-	26726	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.758 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→45.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1595	0	0	263	1858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	1611
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.471	1.969	2175
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.909	3	2647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.081	5	201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.569	25.25	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.598	15	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.118	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1789
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	303
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	262
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.199	0.2	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	780
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.23	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.272	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.331	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.824	1.5	1303
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.876	1.5	412
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.3	2	1625
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.096	3	680
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.823	4.5	550

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	108	-
R_work	0.178	1920	-
obs	-	2028	99.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 36.347 Å / Origin y: 25.038 Å / Origin z: 44.166 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.009 Å²	-0.004 Å²	-0.0131 Å²	-	-0.0077 Å²	0.002 Å²	-	-	-0.0479 Å²
L	0.1883 °²	-0.0014 °²	-0.0149 °²	-	0.2098 °²	0.0469 °²	-	-	0.1915 °²
S	-0.016 Å °	0.0192 Å °	0.0016 Å °	0.0004 Å °	0.0029 Å °	-0.0267 Å °	0.0063 Å °	-0.0259 Å °	0.0131 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	0 - 100	1 - 101
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	0 - 100	1 - 101

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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