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- PDB-3e7d: Crystal Structure of Precorrin-8X Methyl Mutase CbiC/CobH from Br... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e7d
タイトルCrystal Structure of Precorrin-8X Methyl Mutase CbiC/CobH from Brucella melitensis
要素CobH, precorrin-8X methylmutase
キーワードISOMERASE / SSGCID / deCODE / BrabA00006a / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


precorrin-8X methylmutase / precorrin-8X methylmutase activity / cobalamin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Cobalamin biosynthesis CobH/CbiC, precorrin-8X methylmutase / Cobalamin biosynthesis precorrin-8X methylmutase CobH/CbiC / Precorrin-8X methylmutase CobH/CbiC superfamily / Precorrin-8X methylmutase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Precorrin-8X methylmutase CbiC/CobH / CobH, precorrin-8X methylmutase
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Precorrin-8X Methyl Mutase CbiC/CobH from Brucella melitensis
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2008年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CobH, precorrin-8X methylmutase
B: CobH, precorrin-8X methylmutase
C: CobH, precorrin-8X methylmutase
D: CobH, precorrin-8X methylmutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,8384
ポリマ－88,8384
非ポリマー00
水11,674648
1
A: CobH, precorrin-8X methylmutase
B: CobH, precorrin-8X methylmutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4192
ポリマ－44,4192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15900 Å2
手法PISA
2
C: CobH, precorrin-8X methylmutase
D: CobH, precorrin-8X methylmutase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4192
ポリマ－44,4192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2660 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.724, 68.927, 103.196
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: TYR / Beg label comp-ID: TYR / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 4 - 202 / Label seq-ID: 8 - 206

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD

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要素

#1: タンパク質
CobH, precorrin-8X methylmutase


分子量: 22209.492 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella abortus (ウシ流産菌) / 株: Brucella melitensis biovar abotrus 2308 / 遺伝子: cobH, BruAb1_1288 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57CK9, UniProt: Q2YRF5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE TARGET ID DOES NOT EXIST IN TARGETDB AT THE TIME OF PROCESSING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.49 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: JCSG+ condition A2, 20% PEG3000, 0.1 M Na citrate pH 5.5, 0.4/0.4 uL drops, Crystal ID 10993a2, 20 mg/mL protein in 20 mM HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 5% glycerol, 2 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: JCSG+ condition A2, 20% PEG3000, 0.1 M Na citrate pH 5.5, 0.4/0.4 uL drops, Crystal ID 10993a2, 20 mg/mL protein in 20 mM HEPES pH 7.0, 0.3 M NaCl, 5% glycerol, 2 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 67776 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.136 / Χ2: 1.696 / Net I/σ(I): 21.7
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.501 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 6377 / Χ2: 1.408 / % possible all: 86.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMACrefmac_5.4.0067精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1F2V

1f2v


解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / WRfactor Rfree: 0.287 / WRfactor Rwork: 0.257 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 7.102 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 3309 4.9 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.234 67763 91.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.66 Å2 / Biso mean: 26.486 Å2 / Biso min: 12.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.51 Å20 Å21.76 Å2
2---1.07 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5909 0 0 648 6557
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0226007
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3181.988165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.40539812
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2535809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.8322.335227
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.22315929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9631562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2960
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0216845
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4731.54033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1871.51650
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.83626383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.46831974
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4944.51782
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 2369 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.340.5
BMEDIUM POSITIONAL0.440.5
CMEDIUM POSITIONAL0.490.5
DMEDIUM POSITIONAL0.40.5
AMEDIUM THERMAL0.732
BMEDIUM THERMAL0.832
CMEDIUM THERMAL0.522
DMEDIUM THERMAL1.242
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.803-1.850.3912170.3154053545578.277
1.85-1.9010.3622350.3024716530893.274
1.901-1.9560.32460.2844680520994.567
1.956-2.0160.292470.2594542503895.058
2.016-2.0820.3022300.2554380487194.642
2.082-2.1550.2722180.2514280474894.735
2.155-2.2370.3022240.2444097456494.676
2.237-2.3280.2551900.2333930438094.064
2.328-2.4310.2532130.2383778423094.35
2.431-2.550.2571640.2393586400693.61
2.55-2.6880.2551700.2413454385793.959
2.688-2.8510.2491650.2383220362393.431
2.851-3.0470.2681550.2383026344992.23
3.047-3.2910.2591300.2332782317491.745
3.291-3.6050.2481310.2132518295889.554
3.605-4.030.2391300.2032191265587.42
4.03-4.6520.201930.1891855235182.858
4.652-5.6950.197760.1951609200783.956
5.695-8.0420.269460.2311241156082.5
8.042-102.5980.278290.2251689760.758
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.1561-1.085111.6801
231.3693-11.02657.9483
3-0.6932-30.629328.8229
43.453-19.291650.6551
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 2058 - 209
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 2078 - 211
3X-RAY DIFFRACTION3CC4 - 2058 - 209
4X-RAY DIFFRACTION4DD4 - 2078 - 211

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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