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万見
- PDB-3e78: Structure determination of the cancer-associated Mycoplasma hyorh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3.0E+78
タイトルStructure determination of the cancer-associated Mycoplasma hyorhinis protein Mh-p37
要素High affinity transport system protein p37
キーワードTPP Binding Protein / Mycoplasma / p37 / TPP / Cell membrane / Lipoprotein / Membrane / Palmitate / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of cell migration / regulation of protein phosphorylation / host cell cytoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cypl, domain I / CypI, domain 2 / Extracytoplasmic thiamine-binding lipoprotein / Thiamine-binding lipoprotein, domain I / Extracytoplasmic thiamine-binding lipoprotein, domain II / Extracytoplasmic thiamine-binding lipoprotein / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THIAMINE DIPHOSPHATE / High affinity transport system protein p37
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasma hyorhinis (バクテリア)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Sippel, K.H. / Robbins, A.H. / Reutzel, R. / Domsic, J. / McKenna, R.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure determination of the cancer-associated Mycoplasma hyorhinis protein Mh-p37.
著者: Sippel, K.H. / Robbins, A.H. / Reutzel, R. / Domsic, J. / Boehlein, S.K. / Govindasamy, L. / Agbandje-McKenna, M. / Rosser, C.J. / McKenna, R.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: A magic triangle for experimental phasing of macromolecules
著者: Beck, T. / Krasauskas, A. / Gruene, T. / Sheldrick, G.M.
履歴
登録2008年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: High affinity transport system protein p37
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6194
ポリマ－46,1181
非ポリマー5013
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.445, 68.761, 60.024
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.04, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 High affinity transport system protein p37


分子量: 46117.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycoplasma hyorhinis (バクテリア)
遺伝子: p37 / プラスミド: pET31p37 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P15363
#2: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.69 %
結晶化温度: 298 K / 手法: バッチ法 / pH: 3
詳細: 0.1 M Ammonium Bromide, O.1 M Citric Acid, 40% PEG 4000, 9% N-decyl-beta-D-maltoside detergent , pH 3.0, Batch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年5月5日 / 詳細: Osmic mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. obs: 29894 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 26.427 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.98 Å / 冗長度: 3.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 2860 / Rsym value: 0.376 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
CrystalClearデータ収集
SHELXEモデル構築
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.9→25 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Used weighted full matrix least squares procedure
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24 1495 -Random
obs0.186 29894 96.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.694 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2977 0 28 147 3152
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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