PDB-3e6q: Putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase from Pseudom...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e6q

タイトル

Putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase from Pseudomonas aeruginosa.

要素

putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

キーワード

ISOMERASE / structural genomics / APC7683 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase activity / :
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase from Pseudomonas aeruginosa.
著者: Osipiuk, J. / Xu, X. / Cui, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2008年8月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2020年5月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn Item: _audit_author.name / _citation_author.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e6q.cif.gz	363.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e6q.ent.gz	312.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e6q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/3e6q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e6/3e6q	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	1p19-1 1p18-d 4hhz-2 4rhx-2 1sq9-d 1i0l-d 1i0i-d 6tr7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7683

類似構造データ

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その他のデータベース

TargetDB: APC7683

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

B: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

C: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

D: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

E: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

F: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

G: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

H: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

I: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

J: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

K: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

L: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

ヘテロ分子

193 kDa, 12 ポリマー
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1

A: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

B: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

C: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 3 ポリマー
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2

D: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

E: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

F: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.2 kDa, 3 ポリマー
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3

G: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

H: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

I: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.4 kDa, 3 ポリマー
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4

J: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

K: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

L: putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.3 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	172.796, 145.243, 122.252
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 134.910, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

authors state that the biological unit is putative trimer

-
タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL

#1: タンパク質	putative 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase 分子量: 15878.224 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA1966 / プラスミド: pET15b modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I2D8

-
非ポリマー , 7種, 1910分子

#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1863 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.86 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate, 3.5 M sodium formate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月22日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→45 Å / Num. all: 213832 / Num. obs: 213832 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / B_iso Wilson estimate: 29.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Χ²: 1.799 / Net I/σ(I): 24.6
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.862 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique all: 10486 / Χ²: 1.016 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定
SOLVE		位相決定
RESOLVE		位相決定
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.75→45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.975 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.966 / WR_factor R_free: 0.19 / WR_factor R_work: 0.176 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.923 / SU B: 3.033 / SU ML: 0.05 / SU R Cruickshank DPI: 0.103 / SU R_free: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.078 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.164	10707	5 %	RANDOM
R_work	0.136	-	-	-
all	0.137	213261	-	-
obs	0.137	213261	99.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.3 Å² / B_iso mean: 22.368 Å² / B_iso min: 8.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.58 Å²	0 Å²	0.57 Å²
2-	-	-0.39 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11406	0	177	1863	13446

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	12716
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	8696
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.586	1.975	17316
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.074	3	21203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.163	5	1779
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.803	23.896	652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.808	15	2178
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.074	15	137
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	1951
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	14854
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2701
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	2387
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.23	0.2	10061
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	5903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	7158
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.22	0.2	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.152	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.258	0.2	85
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.183	0.2	65
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.938	1.5	7999
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.306	1.5	3323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.595	2	12727
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.515	3	4769
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.063	4.5	4452

LS精密化シェル

解像度: 1.749→1.794 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.261	755	-
R_work	0.213	14230	-
all	-	14985	-
obs	-	14985	94.76 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2721	-0.5681	0.218	1.3741	-0.5699	0.2797	-0.0187	0.1686	-0.0208	-0.1489	-0.0076	0.0048	-0.0009	-0.0652	0.0263	-0.0356	0.0043	-0.0016	-0.0188	-0.0212	-0.0285	74.4647	-34.7822	31.378
2	0.0043	-0.0207	0.0094	0.1001	-0.0456	0.0208	-0.0201	0.0317	-0.0616	-0.017	0.0113	0.0008	0.0257	-0.0065	0.0088	-0.0381	0.0169	-0.022	-0.0126	-0.0083	-0.0307	72.2837	-30.2742	36.4971
3	1.0902	0.0257	0.2498	0.0168	0.0319	0.0989	-0.0524	0.0705	-0.1123	0.0346	0.0259	0.0174	0.0468	-0.124	0.0265	-0.0434	0.0036	-0.0178	-0.0448	0.0096	-0.0291	69.0198	-37.2196	41.5028
4	0.2936	-0.1674	0.0828	0.5705	-0.2292	0.0931	0.0072	0.0461	-0.021	-0.0391	0.0395	0.0288	0.0745	0.0253	-0.0467	-0.0353	0.0176	-0.0104	-0.0276	0.0061	-0.0381	69.7518	-23.6451	36.3192
5	14.1012	-0.9572	-2.0762	18.0325	5.0967	17.3504	-0.2388	0.5545	-0.7172	-0.8991	0.1174	-0.156	0.3975	0.7825	0.1214	0.0403	0.0007	-0.0336	0.035	-0.0127	-0.0764	74.9974	-23.0944	12.894
6	1.4024	-0.4928	0.5143	0.8394	0.3828	0.6653	0.047	0.0148	-0.0575	0.0708	0.0426	-0.0047	0.041	-0.0875	-0.0897	-0.0459	0.0193	-0.0088	-0.0588	-0.0017	-0.0166	85.9892	-23.7384	47.8588
7	0.0738	0.085	0.0127	0.2345	-0.045	0.0283	-0.0111	0.025	0.0581	-0.0445	0.0309	-0.097	0.0162	0.0471	-0.0198	-0.0492	0.0124	0.0113	-0.0392	0.0002	-0.0204	82.9855	-17.9915	45.2598
8	2.8149	0.5023	-0.7631	0.6159	0.1188	0.8593	0.0372	0.0524	0.2219	-0.0602	0.0575	-0.0617	-0.0475	0.035	-0.0947	-0.0549	0.0038	-0.0064	-0.0669	-0.0039	-0.0016	91.0347	-12.2737	47.4212
9	0.5279	-0.2386	0.0821	0.1078	-0.0371	0.0128	-0.0347	0.0633	-0.0253	-0.0148	0.0349	-0.165	-0.0359	0.0113	-0.0002	-0.0422	0.01	-0.0075	-0.0431	-0.0042	-0.0272	74.6665	-17.5078	43.4572
10	13.9674	-3.5896	-0.5851	19.9762	6.6938	6.2161	-0.2887	-0.7933	-0.6047	0.4694	0.682	-0.4144	0.5804	-0.2332	-0.3933	-0.0939	-0.0254	0.0012	-0.0509	0.048	-0.0217	71.1917	-39.2643	49.618
11	0.7589	-0.4707	-0.4297	1.0945	-0.3665	0.9899	0.0343	0.0307	0.0301	-0.0693	-0.0206	-0.1246	-0.0548	0.0758	-0.0138	-0.0331	0.0115	0.0212	-0.0069	-0.0017	-0.0054	87.0724	-16.3279	26.0195
12	0.0067	-0.0027	-0.0434	0.0011	0.0177	0.2821	0.0502	0.1153	-0.0611	-0.0858	-0.0388	-0.0306	-0.0054	-0.0514	-0.0114	-0.009	0.0194	0.0091	-0.0279	-0.0178	-0.0064	80.5123	-17.4494	26.6702
13	0.2409	-0.3077	0.1052	0.4915	-0.3276	0.425	-0.0022	0.1647	-0.0123	-0.1419	0.0117	-0.0712	0.025	-0.0419	-0.0094	0.0091	0.0056	0.0218	0.0019	-0.0228	-0.0463	77.8007	-17.0415	18.3991
14	0.1527	0.034	-0.098	0.0075	-0.0218	0.0629	0.0852	0.1502	-0.0111	-0.0583	0.0514	-0.1204	0.0188	0.0293	-0.1366	-0.0107	0.0164	0.0084	-0.0341	-0.0077	-0.0346	76.1714	-12.859	33.7659
15	32.0142	3.5479	-7.6485	18.4695	-0.9696	33.3898	0.6493	-0.4348	-0.014	0.1434	-0.5513	-1.391	0.0801	1.8814	-0.098	-0.0441	-0.0305	-0.0333	-0.0298	-0.0294	0.059	96.1466	-7.0603	44.8332
16	6.7788	-1.83	0.9209	0.9192	-1.2033	2.2685	-0.2897	-0.0819	-0.206	0.1554	0.141	0.3288	-0.1177	-0.589	0.1487	0.0092	0.0224	-0.0482	0.1213	-0.0784	0.0606	56.9348	32.9579	30.8874
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59	0.9944	-0.1357	-0.3039	0.4174	0.2103	0.1643	-0.003	-0.2002	-0.0643	0.1488	0.1186	-0.0128	-0.1312	-0.149	-0.1156	-0.0167	-0.0254	-0.028	-0.0263	-0.0167	-0.0233	47.9253	-22.4646	16.0225
60	0.3168	-0.1681	-0.5085	0.0892	0.2698	0.8162	-0.0122	-0.1533	-0.0217	0.0353	0.0253	-0.0034	-0.0929	0.0315	-0.013	-0.0529	-0.0196	-0.0123	-0.0486	-0.0238	-0.0722	53.9142	-24.3297	4.8049
61	0.2591	0.0028	-0.1611	0	-0.0017	0.1002	0.0355	-0.0663	0.0388	-0.0373	0.0251	-0.0088	-0.083	0.016	-0.0606	-0.0137	-0.0111	-0.016	-0.025	-0.0131	-0.045	48.0103	-16.3579	13.5793
62	0.8048	0.0579	0.094	0.0053	-0.0632	4.1342	0.0621	-0.1211	0.075	0.0014	0.0033	-0.057	-0.2237	0.1345	-0.0654	-0.0422	-0.0198	0.0053	-0.0579	-0.0129	-0.0619	54.4936	-13.3374	7.0119
63	0.3918	-0.1591	-0.1815	0.0932	0.0942	0.0988	0.0649	-0.0822	0.1095	-0.0515	0.0427	0.0188	-0.0122	0.0177	-0.1076	-0.0303	-0.0187	-0.0019	-0.004	-0.0181	-0.036	44.8419	-14.8973	20.1196
64	25.3391	5.6833	3.3148	2.9787	0.6202	32.832	-0.514	0.0982	-2.1526	0.0666	0.5726	-0.3199	2.1604	0.3432	-0.0586	0.0587	0.0223	0.0676	-0.0186	0.0575	0.0942	42.0256	-38.3667	26.6354

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	78 - 97
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	98 - 115
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	116 - 121
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	-4 - 23
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	24 - 79
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	80 - 98
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	99 - 115
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	116 - 121
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	-4 - 24
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	25 - 76
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	77 - 98
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	99 - 116
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	117 - 121
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	-5 - 5
17	X-RAY DIFFRACTION	17	D	6 - 37
18	X-RAY DIFFRACTION	18	D	38 - 79
19	X-RAY DIFFRACTION	19	D	80 - 97
20	X-RAY DIFFRACTION	20	D	98 - 116
21	X-RAY DIFFRACTION	21	D	117 - 122
22	X-RAY DIFFRACTION	22	E	-5 - 23
23	X-RAY DIFFRACTION	23	E	24 - 58
24	X-RAY DIFFRACTION	24	E	59 - 73
25	X-RAY DIFFRACTION	25	E	74 - 98
26	X-RAY DIFFRACTION	26	E	99 - 121
27	X-RAY DIFFRACTION	27	F	-6 - -1
28	X-RAY DIFFRACTION	28	F	0 - 19
29	X-RAY DIFFRACTION	29	F	20 - 24
30	X-RAY DIFFRACTION	30	F	25 - 79
31	X-RAY DIFFRACTION	31	F	80 - 110
32	X-RAY DIFFRACTION	32	F	111 - 121
33	X-RAY DIFFRACTION	33	G	-4 - 24
34	X-RAY DIFFRACTION	34	G	25 - 76
35	X-RAY DIFFRACTION	35	G	77 - 98
36	X-RAY DIFFRACTION	36	G	99 - 115
37	X-RAY DIFFRACTION	37	G	116 - 121
38	X-RAY DIFFRACTION	38	H	-4 - 22
39	X-RAY DIFFRACTION	39	H	23 - 71
40	X-RAY DIFFRACTION	40	H	72 - 83
41	X-RAY DIFFRACTION	41	H	84 - 115
42	X-RAY DIFFRACTION	42	H	116 - 121
43	X-RAY DIFFRACTION	43	I	-4 - 36
44	X-RAY DIFFRACTION	44	I	37 - 65
45	X-RAY DIFFRACTION	45	I	66 - 83
46	X-RAY DIFFRACTION	46	I	84 - 110
47	X-RAY DIFFRACTION	47	I	111 - 121
48	X-RAY DIFFRACTION	48	J	-5 - 0
49	X-RAY DIFFRACTION	49	J	1 - 44
50	X-RAY DIFFRACTION	50	J	45 - 61
51	X-RAY DIFFRACTION	51	J	62 - 74
52	X-RAY DIFFRACTION	52	J	75 - 96
53	X-RAY DIFFRACTION	53	J	97 - 121
54	X-RAY DIFFRACTION	54	K	-5 - 14
55	X-RAY DIFFRACTION	55	K	15 - 79
56	X-RAY DIFFRACTION	56	K	80 - 98
57	X-RAY DIFFRACTION	57	K	99 - 116
58	X-RAY DIFFRACTION	58	K	117 - 121
59	X-RAY DIFFRACTION	59	L	-5 - 13
60	X-RAY DIFFRACTION	60	L	14 - 24
61	X-RAY DIFFRACTION	61	L	25 - 79
62	X-RAY DIFFRACTION	62	L	80 - 97
63	X-RAY DIFFRACTION	63	L	98 - 116
64	X-RAY DIFFRACTION	64	L	117 - 121

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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