PDB-3e5x: OCPA complexed CprK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e5x

タイトル

OCPA complexed CprK

要素

Cyclic nucleotide-binding protein

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATION / CprK / Halorespiration / transcriptional regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.999 Å

データ登録者

Levy, C.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Molecular basis of halorespiration control by CprK, a CRP-FNR type transcriptional regulator
著者: Levy, C. / Pike, K. / Heyes, D.J. / Joyce, M.G. / Gabor, K. / Smidt, H. / van der Oost, J. / Leys, D.

履歴

登録	2008年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e5x.cif.gz	195.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e5x.ent.gz	156 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e5x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e5x_validation.pdf.gz	439.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e5x_full_validation.pdf.gz	453 KB	表示
XML形式データ	3e5x_validation.xml.gz	21.4 KB	表示
CIF形式データ	3e5x_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/3e5x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/3e5x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e5qC 3e5uC 3e6bC 3e6cC 3e6dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e5u-1 5mu3-2 3e5u-2 5mu3-1 3lb8-2 4r8h-d 4dg8-d 6b20-2 3cls-d 3rdi-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (7) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Cyclic nucleotide-binding protein

C: Cyclic nucleotide-binding protein

B: Cyclic nucleotide-binding protein

D: Cyclic nucleotide-binding protein

ヘテロ分子

115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cyclic nucleotide-binding protein

B: Cyclic nucleotide-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Cyclic nucleotide-binding protein

D: Cyclic nucleotide-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.700, 118.380, 87.460
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.68, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cyclic nucleotide-binding protein / CprK 分子量: 28395.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア) 株: DCB-2 / 遺伝子: Dhaf_0678 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q18R04, UniProt: B8FW11*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-3C4 / (3-CHLORO-4-HYDROXYPHENYL)ACETIC ACID / 3-クロロ-4-ヒドロキシフェニル酢酸分子量: 186.592 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇ClO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 553 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 100mM sodium chloride, 100mM sodium acetate, 20% PEG 6000, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.999→35.94 Å / Num. all: 70919 / Num. obs: 75930

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.999→35.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 8.238 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.172 / ESU R Free: 0.16 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23761	3754	5 %	RANDOM
R_work	0.19289	-	-	-
all	0.19517	70919	-	-
obs	0.19517	70919	96.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.452 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.11 Å²	0 Å²	-0.21 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.999→35.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6964	0	60	553	7577

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	7166
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	4958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.903	1.983	9669
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.097	3	12086
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.308	5	864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.498	23.77	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.887	15	1328
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.288	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1490
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.198	0.2	4993
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.183	0.2	3367
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.09	0.2	3711
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	405
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.184	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.288	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.195	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.211	1.5	4936
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.328	1.5	1762
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.554	2	6998
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.696	3	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.708	4.5	2660
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.999→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	283	-
R_work	0.23	5238	-
obs	-	-	96.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.0486	0.2642	-2.5618	13.4027	-0.2628	9.2019	0.2086	-0.8572	1.7877	1.026	-0.0963	0.1373	-1.462	-0.0645	-0.1122	0.2544	0.0374	0.0734	-0.3466	-0.1824	0.248	0.206	44.839	30.829
2	5.975	-1.1118	1.6134	2.7425	-1.1949	6.1285	0.4249	0.1811	-0.4611	-0.3429	-0.1573	0.1292	0.6659	0.2198	-0.2676	0.0131	0.0682	-0.1229	-0.0727	0.0296	-0.0839	-0.067	17.269	0.494
3	4.0998	2.1321	3.55	5.5817	2.1605	13.7687	0.1587	-0.1095	-0.2079	0.642	-0.1887	-0.285	0.7634	-0.1529	0.03	0.0932	-0.0734	-0.0879	-0.2154	0.0677	-0.179	18.898	9.999	62.294
4	8.1871	4.1333	-2.7405	4.2775	-1.0726	7.7091	0.3991	-0.2163	0.541	0.1706	-0.0926	0.2634	-0.8872	-0.0032	-0.3065	0.019	-0.0436	0.061	-0.0898	0.0118	-0.128	19.365	40.067	89.651
5	1.1546	-0.0971	0.3389	1.5956	-0.9202	1.7555	0.0477	0.0267	0.1503	0.2045	-0.131	-0.0819	-0.3039	0.2992	0.0833	-0.0222	-0.0863	-0.0044	-0.0286	-0.0171	-0.0706	16.372	23.077	29.381
6	1.1412	0.2255	0.1718	1.3621	-0.5525	1.5589	0.0778	0.0564	0.04	0.0004	0.026	0.2317	0.0384	-0.0771	-0.1038	-0.0677	-0.0205	-0.002	-0.0481	-0.0226	-0.034	-0.267	11.341	26.471
7	1.1326	0.2336	-0.1742	1.7779	-0.9318	2.5297	0.0365	-0.0063	-0.0956	-0.2858	-0.151	-0.2423	0.4094	0.4055	0.1145	-0.001	0.0958	0.0077	-0.0441	-0.0091	-0.0729	35.287	31.9	60.678
8	1.0314	0.0785	-0.1124	1.8628	-0.9315	1.6597	0.0648	0.0165	0.0289	-0.0281	0.0701	0.2442	-0.0107	-0.1165	-0.1349	-0.0546	0.0084	-0.0215	-0.0649	-0.0086	-0.0419	18.564	43.771	62.411

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	150 - 222	150 - 222
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	C	150 - 227	150 - 227
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	B	150 - 222	150 - 222
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	150 - 228	150 - 228
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	9 - 149	9 - 149
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	C	9 - 149	9 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	B	9 - 149	9 - 149
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	9 - 149	9 - 149

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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