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万見
- PDB-3e5w: Crystal Structure Analysis of FP611 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e5w
タイトルCrystal Structure Analysis of FP611
要素Red fluorescent protein eqFP611
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Chromophore / Luminescence / Photoprotein / RFP639 / eqFP611 / cis trans isomer / red fluorescent protein
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Red fluorescent protein eqFP611
機能・相同性情報
生物種Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Nienhaus, K. / Nar, H. / Heilker, R. / Wiedenmann, J. / Nienhaus, G.U.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Trans-cis isomerization is responsible for the red-shifted fluorescence in variants of the red fluorescent protein eqFP611.
著者: Nienhaus, K. / Nar, H. / Heilker, R. / Wiedenmann, J. / Nienhaus, G.U.
履歴
登録2008年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年10月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.02026年3月18日Group: Polymer sequence / Structure summary
カテゴリ: entity_poly / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Red fluorescent protein eqFP611
B: Red fluorescent protein eqFP611
C: Red fluorescent protein eqFP611
D: Red fluorescent protein eqFP611


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,7904
ポリマ－110,7904
非ポリマー00
水20,1231117
1
A: Red fluorescent protein eqFP611
D: Red fluorescent protein eqFP611


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3952
ポリマ－55,3952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
2
B: Red fluorescent protein eqFP611
C: Red fluorescent protein eqFP611


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3952
ポリマ－55,3952
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area18450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.250, 104.460, 133.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Red fluorescent protein eqFP611 / GFP-like chromoprotein / FP611


分子量: 27697.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
解説: synonymous source organism name Parasicyonis actinostoloides
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15pREP4 / 参照: UniProt: Q8ISF8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 8000, pH 4.6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.96 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→62.8 Å / Num. all: 106391 / Num. obs: 106080 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 26.71 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 17.8
反射 シェル解像度: 1.71→1.78 Å / Rmerge(I) obs: 0.748 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. measured obs: 80783 / Num. unique obs: 11797 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEdata processing
TNT精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER-TNT2.1.1精密化
精密化開始モデル: 1UIS

1uis


解像度: 1.71→62.8 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.209 4986 4.7 %RANDOM
Rwork0.183 ---
all0.186 106391 --
obs0.184 106079 98.06 %-
原子変位パラメータBiso max: 91.8 Å2 / Biso mean: 25.702 Å2 / Biso min: 10.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.088 Å20 Å20 Å2
2---9.403 Å20 Å2
3---5.315 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→62.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7252 0 0 1117 8369
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00474402
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.91699682
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d18.25914920
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0051762
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.01510885
X-RAY DIFFRACTIONt_it1.014744020
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.02605
LS精密化 シェル解像度: 1.71→1.81 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 784 4.7 %
Rwork0.226 15889 -
all0.227 16673 -
obs--98.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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