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万見
- PDB-3e5v: Crystal Structure Analysis of eqFP611 Double Mutant T122R, N143S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e5v
タイトルCrystal Structure Analysis of eqFP611 Double Mutant T122R, N143S
要素Red fluorescent protein eqFP611
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Chromophore / Luminescence / Photoprotein / d2RFP630 / cis-trans isomer / red fluorescent protein
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Red fluorescent protein eqFP611
機能・相同性情報
生物種Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
手法X線回折 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nar, H. / Nienhaus, K. / Nienhaus, U. / Wiedenmann, J.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: Trans-cis isomerization is responsible for the red-shifted fluorescence in variants of the red fluorescent protein eqFP611.
著者: Nienhaus, K. / Nar, H. / Heilker, R. / Wiedenmann, J. / Nienhaus, G.U.
履歴
登録2008年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月23日Group: Structure summary
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Red fluorescent protein eqFP611


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6621
ポリマ－27,6621
非ポリマー00
水1,35175
1
A: Red fluorescent protein eqFP611

A: Red fluorescent protein eqFP611


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3232
ポリマ－55,3232
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/61
Buried area4940 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.536, 62.536, 208.022
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Red fluorescent protein eqFP611 / GFP-like chromoprotein / FP611


分子量: 27661.570 Da / 分子数: 1 / 変異: T122R, N143S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entacmaea quadricolor (イソギンチャク)
解説: synonymous source organism name Parasicyonis actinostoloides
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15pREP4 / 参照: UniProt: Q8ISF8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年12月20日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 13944 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.288 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 1185 / Χ2: 1.811 / % possible all: 81.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
TNT精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
BUSTER-TNT2.1.1精密化
精密化開始モデル: 1UIS

1uis


解像度: 2.1→13.89 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.278 695 5.01 %RANDOM
Rwork0.226 ---
all0.228 13944 --
obs0.228 13873 93.28 %-
原子変位パラメータBiso max: 109.45 Å2 / Biso mean: 48.961 Å2 / Biso min: 30.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.746 Å20 Å20 Å2
2---0.746 Å20 Å2
3---1.492 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→13.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1826 0 0 75 1901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00318982
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.74225422
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d22.2813790
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.004562
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.012805
X-RAY DIFFRACTIONt_it0.906189820
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.013195
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 127 6.15 %
Rwork0.251 1938 -
all0.254 2065 -
obs--93.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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