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- PDB-3e5u: OCPA complexed CprK (C200S) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e5u
タイトルOCPA complexed CprK (C200S)
要素Cyclic nucleotide-binding protein
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION / CprK / Halorespiration / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain ...Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(3-CHLORO-4-HYDROXYPHENYL)ACETIC ACID / PHOSPHATE ION / Cyclic nucleotide-binding protein / :
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Levy, C.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Molecular basis of halorespiration control by CprK, a CRP-FNR type transcriptional regulator
著者: Levy, C. / Pike, K. / Heyes, D.J. / Joyce, M.G. / Gabor, K. / Smidt, H. / van der Oost, J. / Leys, D.
履歴
登録2008年8月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Cyclic nucleotide-binding protein
A: Cyclic nucleotide-binding protein
D: Cyclic nucleotide-binding protein
B: Cyclic nucleotide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,75913
ポリマ－113,5184
非ポリマー1,2419
水14,484804
1
C: Cyclic nucleotide-binding protein
D: Cyclic nucleotide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3226
ポリマ－56,7592
非ポリマー5634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6160 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area19130 Å2
手法PISA
2
A: Cyclic nucleotide-binding protein
B: Cyclic nucleotide-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4377
ポリマ－56,7592
非ポリマー6785
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5830 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area18980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.141, 117.170, 84.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.65, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Cyclic nucleotide-binding protein / CprK


分子量: 28379.617 Da / 分子数: 4 / 変異: C200S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
株: DCB-2 / 遺伝子: Dhaf_0678 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q18R04, UniProt: B8FW11*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-3C4 / (3-CHLORO-4-HYDROXYPHENYL)ACETIC ACID / 3-クロロ-4-ヒドロキシフェニル酢酸


分子量: 186.592 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H7ClO3
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 200mM sodium chloride, 100mM sodium acetate, 20% PEG 6000, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.83→19.21 Å / Num. all: 99029 / Num. obs: 88661 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 7.5

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.83→19.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 5.289 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22664 4666 5 %RANDOM
Rwork0.18244 ---
obs0.18467 88661 97.09 %-
all-88661 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.702 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å2-0.39 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→19.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6954 0 76 804 7834
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0227189
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9031.9869710
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.074312061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0455869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44923.681307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.911151320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.4361544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21097
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027829
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021493
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21385
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1930.24957
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.23367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.23658
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2562
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.040.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2590.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3210.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it11.54363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3541.51773
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65427047
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9232904
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2864.52657
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.83→1.877 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 360 -
Rwork0.235 6623 -
obs--98.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2501-3.8672-2.63414.494-0.93244.58520.40330.31580.25170.1632-0.0288-0.0848-0.6626-0.0943-0.37460.05360.04570.0694-0.06970.0248-0.18363.077-3.846-46.02
22.2522-0.70171.0363.0475-1.22933.3110.12250.1101-0.1389-0.4472-0.04070.05780.3656-0.0301-0.08180.09210.0317-0.0335-0.1309-0.0268-0.12343.839-35.407-20.407
33.94081.4599-2.04473.8374-1.76724.52630.06930.12390.3270.22240.15990.0383-0.3274-0.1165-0.2292-0.0031-0.0234-0.0126-0.17520.0059-0.060723.046-0.3087.925
44.3917-0.12631.25420.52250.86815.81590.2282-0.2513-0.4360.2407-0.0085-0.04940.6999-0.1333-0.21970.0509-0.0396-0.1244-0.07150.0073-0.053324.6-26.41639.824
50.6674-0.121-0.12381.11690.38850.90470.0441-0.00290.05060.00510.0312-0.13960.00420.0696-0.0753-0.0344-0.0058-0.0025-0.0660.0009-0.05244.912-1.548-18.402
60.8091-0.4067-0.31171.55030.64011.61910.05120.0343-0.04330.1147-0.10860.16440.1812-0.23370.0574-0.0152-0.0533-0.0005-0.05780.0031-0.0817-11.959-13.302-17.251
70.52920.24440.41851.3380.59491.2366-0.0251-0.11540.0757-0.0706-0.07720.0885-0.1457-0.15470.1022-0.0230.0402-0.0063-0.0391-0.0036-0.07347.573-21.88411.505
80.7481-0.00930.14561.20170.31320.77060.0123-0.0673-0.00110.03190.0061-0.17820.02460.0624-0.0184-0.04750.0147-0.0055-0.04660.0214-0.045224.421-33.43214.431
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AB150 - 227150 - 227
2X-RAY DIFFRACTION2BD150 - 226150 - 226
3X-RAY DIFFRACTION3CA150 - 227150 - 227
4X-RAY DIFFRACTION4DC150 - 228150 - 228
5X-RAY DIFFRACTION5AB9 - 1499 - 149
6X-RAY DIFFRACTION6BD9 - 1499 - 149
7X-RAY DIFFRACTION7CA9 - 1499 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8DC9 - 1499 - 149

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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