PDB-3e5u: OCPA complexed CprK (C200S)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e5u

タイトル

OCPA complexed CprK (C200S)

要素

Cyclic nucleotide-binding protein

キーワード

TRANSCRIPTION REGULATION / CprK / Halorespiration / transcriptional regulator

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Levy, C.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Molecular basis of halorespiration control by CprK, a CRP-FNR type transcriptional regulator
著者: Levy, C. / Pike, K. / Heyes, D.J. / Joyce, M.G. / Gabor, K. / Smidt, H. / van der Oost, J. / Leys, D.

履歴

登録	2008年8月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e5u.cif.gz	204.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e5u.ent.gz	161.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e5u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e5u_validation.pdf.gz	491 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e5u_full_validation.pdf.gz	510 KB	表示
XML形式データ	3e5u_validation.xml.gz	44.4 KB	表示
CIF形式データ	3e5u_validation.cif.gz	63.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/3e5u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/3e5u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e5qC 3e5xC 3e6bC 3e6cC 3e6dC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e5x-2 3e5x-1 3ftf-d 6o03-1 6o03-2 3lb8-2 5mu3-1 4dg8-d 5mu3-2 3lb8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (7) #152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (4) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (4)

登録構造単位

C: Cyclic nucleotide-binding protein

A: Cyclic nucleotide-binding protein

D: Cyclic nucleotide-binding protein

B: Cyclic nucleotide-binding protein

ヘテロ分子

115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: Cyclic nucleotide-binding protein

D: Cyclic nucleotide-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Cyclic nucleotide-binding protein

B: Cyclic nucleotide-binding protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.141, 117.170, 84.876
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.65, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cyclic nucleotide-binding protein / CprK 分子量: 28379.617 Da / 分子数: 4 / 変異: C200S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア) 株: DCB-2 / 遺伝子: Dhaf_0678 / プラスミド: pTrc99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q18R04, UniProt: B8FW11*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-3C4 / (3-CHLORO-4-HYDROXYPHENYL)ACETIC ACID / 3-クロロ-4-ヒドロキシフェニル酢酸分子量: 186.592 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₇ClO₃
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.82 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 200mM sodium chloride, 100mM sodium acetate, 20% PEG 6000, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 1.83→19.21 Å / Num. all: 99029 / Num. obs: 88661 / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 7.5

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.83→19.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 5.289 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22664	4666	5 %	RANDOM
R_work	0.18244	-	-	-
obs	0.18467	88661	97.09 %	-
all	-	88661	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.702 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.06 Å²	0 Å²	-0.39 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→19.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6954	0	76	804	7834

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.022	7189
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4945
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.903	1.986	9710
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.074	3	12061
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.045	5	869
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.449	23.681	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.911	15	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.436	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	1097
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7829
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.193	0.2	4957
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	3367
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	3658
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	562
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.04	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.259	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.321	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.181	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1	1.5	4363
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.354	1.5	1773
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.654	2	7047
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.92	3	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.286	4.5	2657
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.83→1.877 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	360	-
R_work	0.235	6623	-
obs	-	-	98.88 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.2501	-3.8672	-2.6341	4.494	-0.9324	4.5852	0.4033	0.3158	0.2517	0.1632	-0.0288	-0.0848	-0.6626	-0.0943	-0.3746	0.0536	0.0457	0.0694	-0.0697	0.0248	-0.1836	3.077	-3.846	-46.02
2	2.2522	-0.7017	1.036	3.0475	-1.2293	3.311	0.1225	0.1101	-0.1389	-0.4472	-0.0407	0.0578	0.3656	-0.0301	-0.0818	0.0921	0.0317	-0.0335	-0.1309	-0.0268	-0.1234	3.839	-35.407	-20.407
3	3.9408	1.4599	-2.0447	3.8374	-1.7672	4.5263	0.0693	0.1239	0.327	0.2224	0.1599	0.0383	-0.3274	-0.1165	-0.2292	-0.0031	-0.0234	-0.0126	-0.1752	0.0059	-0.0607	23.046	-0.308	7.925
4	4.3917	-0.1263	1.2542	0.5225	0.8681	5.8159	0.2282	-0.2513	-0.436	0.2407	-0.0085	-0.0494	0.6999	-0.1333	-0.2197	0.0509	-0.0396	-0.1244	-0.0715	0.0073	-0.0533	24.6	-26.416	39.824
5	0.6674	-0.121	-0.1238	1.1169	0.3885	0.9047	0.0441	-0.0029	0.0506	0.0051	0.0312	-0.1396	0.0042	0.0696	-0.0753	-0.0344	-0.0058	-0.0025	-0.066	0.0009	-0.0524	4.912	-1.548	-18.402
6	0.8091	-0.4067	-0.3117	1.5503	0.6401	1.6191	0.0512	0.0343	-0.0433	0.1147	-0.1086	0.1644	0.1812	-0.2337	0.0574	-0.0152	-0.0533	-0.0005	-0.0578	0.0031	-0.0817	-11.959	-13.302	-17.251
7	0.5292	0.2444	0.4185	1.338	0.5949	1.2366	-0.0251	-0.1154	0.0757	-0.0706	-0.0772	0.0885	-0.1457	-0.1547	0.1022	-0.023	0.0402	-0.0063	-0.0391	-0.0036	-0.0734	7.573	-21.884	11.505
8	0.7481	-0.0093	0.1456	1.2017	0.3132	0.7706	0.0123	-0.0673	-0.0011	0.0319	0.0061	-0.1782	0.0246	0.0624	-0.0184	-0.0475	0.0147	-0.0055	-0.0466	0.0214	-0.0452	24.421	-33.432	14.431

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	B	150 - 227	150 - 227
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	D	150 - 226	150 - 226
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	A	150 - 227	150 - 227
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	C	150 - 228	150 - 228
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	B	9 - 149	9 - 149
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	D	9 - 149	9 - 149
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	A	9 - 149	9 - 149
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	C	9 - 149	9 - 149

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