PDB-3e57: Crystal structure of Tm1382, a putative Nudix hydrolase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3.0E+57

タイトル

Crystal structure of Tm1382, a putative Nudix hydrolase

要素

uncharacterized protein Tm1382

キーワード

structural genomics / unknown function / Nudix hydrolase / Tm1382 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Integrated Center for Structure and Function Innovation / ISFI

機能・相同性

Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / Nudix hydrolase domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Thermotoga maritima (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.89 Å

データ登録者

Choi, W. / Cooper, D.R. / Derewenda, Z.S. / Integrated Center for Structure and Function Innovation (ISFI)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Tm1382, a putative Nudix hydrolase
著者: Choi, W. / Cooper, D.R. / Derewenda, Z.S.

履歴

登録	2008年8月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年9月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e57.cif.gz	90.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e57.ent.gz	69 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e57.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e57_validation.pdf.gz	437 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e57_full_validation.pdf.gz	439.4 KB	表示
XML形式データ	3e57_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	3e57_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/3e57 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e5/3e57	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5k44-d 7cav-2 5xk9-2 3r38-d 13pk-4 5xk6-2 2vzx-3 4h08-1 4ap6-2 13pk-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ISFI338

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (4) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: uncharacterized protein Tm1382

B: uncharacterized protein Tm1382

49.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.589, 62.879, 73.896
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.370, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

Authors state that the biological unit is the same as asymmetric unit.

#1: タンパク質	uncharacterized protein Tm1382 分子量: 24568.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア) 遺伝子: TM_1382 / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9X1A2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M Trisodium Citrate pH 5.5, PEG 3000, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-BM	1	0.97933
シンクロトロン	ALS	5.0.2	2	1

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 225 mm CCD	1	CCD	2008年4月1日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2008年7月17日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Liquid nitrogen cooled dual crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Liquid nitrogen cooled dual crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97933	1
2	1	1

Reflection

冗長度: 3.4 % / Av σ(I) over netI: 19.2 / 数: 60740 / R_merge(I) obs: 0.078 / Χ²: 1.75 / D res high: 2.3 Å / D res low: 40 Å / Num. obs: 17618 / % possible obs: 90.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.95	40	99.7	1	0.048	2.732	3.6
3.93	4.95	99.9	1	0.062	2.859	3.8
3.44	3.93	100	1	0.07	2.029	3.8
3.12	3.44	100	1	0.096	1.474	3.8
2.9	3.12	99.9	1	0.134	1.261	3.7
2.73	2.9	98.5	1	0.166	1.294	3.4
2.59	2.73	91.9	1	0.207	1.223	3.2
2.48	2.59	79.6	1	0.236	1.247	3
2.38	2.48	70.3	1	0.24	1.191	2.9
2.3	2.38	67.3	1	0.265	1.197	2.6

反射

解像度: 1.89→50 Å / Num. obs: 34267 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Χ²: 1.136

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.97	3.7	0.387	3396	1.275	1,2	100
1.97-2.05	3.7	0.267	3411	1.151	1,2	99.9
2.05-2.14	3.7	0.19	3398	1.066	1,2	100
2.14-2.25	3.7	0.138	3438	1.13	1,2	100
2.25-2.39	3.7	0.112	3404	1.132	1,2	100
2.39-2.58	3.7	0.095	3396	1.118	1,2	100
2.58-2.84	3.7	0.082	3444	1.262	1,2	100
2.84-3.25	3.7	0.067	3439	1.245	1,2	100
3.25-4.09	3.6	0.044	3450	1.038	1,2	99.9
4.09-50	3.7	0.038	3491	0.942	1,2	99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	23.236	0.631	0.541	0.227	0.457
2	Se	25.709	0.974	0.814	0.22	0.444
3	Se	36.476	0.895	0.459	0.299	0.313
4	Se	60	0.63	0.009	0.054	0.495
5	Se	34.04	0.955	0.81	0.26	0.286
6	Se	36.796	0.565	0.802	0.036	0.222

Phasing dm

FOM : 0.82 / FOM acentric: 0.83 / FOM centric: 0.76 / 反射: 17594 / Reflection acentric: 16712 / Reflection centric: 882

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.6-36.867	0.91	0.92	0.84	865	743	122
4.1-6.6	0.91	0.91	0.83	2605	2407	198
3.3-4.1	0.88	0.88	0.81	3251	3068	183
2.9-3.3	0.81	0.81	0.7	3275	3122	153
2.5-2.9	0.76	0.77	0.65	5155	4970	185
2.3-2.5	0.79	0.79	0.68	2443	2402	41

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.89→40 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / WR_factor R_free: 0.25 / WR_factor R_work: 0.203 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.836 / SU B: 6.763 / SU ML: 0.1 / SU R Cruickshank DPI: 0.148 / SU R_free: 0.14 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.155 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24	1714	5 %	RANDOM
R_work	0.199	-	-	-
obs	0.201	34212	99.23 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 72.22 Å² / B_iso mean: 32.51 Å² / B_iso min: 15.99 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.68 Å²	0 Å²	-0.17 Å²
2-	-	-0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.89→40 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2972	0	0	220	3192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3027
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2129
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.216	1.965	4061
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.798	3	5135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.907	5	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.955	23.889	162
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.02	15	558
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.211	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	438
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3357
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	683
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	533
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	2157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.181	0.2	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.085	0.2	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.169	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.192	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.235	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.247	1.5	2356
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.163	1.5	752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.342	2	2858
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.08	3	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.863	4.5	1203

LS精密化シェル

解像度: 1.894→1.943 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	115	-
R_work	0.227	2211	-
all	-	2326	-
obs	-	-	92.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8575	0.4107	0.1232	0.7548	0.2885	0.1774	0.0002	-0.0259	0.0546	0.0118	-0.0233	-0.0524	0.0533	-0.0187	0.0232	-0.0259	0.0053	-0.0114	-0.0545	0.0083	0.0283	-3.1213	21.4266	72.92
2	0.9548	-0.2556	0.0199	1.1583	-0.183	0.5421	0.0631	0.3185	-0.0481	-0.0581	0.0075	-0.0675	-0.0469	0.0443	-0.0706	-0.0325	-0.0033	-0.0009	0.0797	-0.0001	-0.0725	4.5669	9.6333	45.7731

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	4 - 195	16 - 207
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	4 - 195	16 - 207

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