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万見
- PDB-3e56: The 2.0 Angstrom Resolution Crystal Structure of NpR1517, a Putat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3.0E+56
タイトルThe 2.0 Angstrom Resolution Crystal Structure of NpR1517, a Putative Heterocyst Differentiation Inhibitor from Nostoc punctiforme
要素Putative uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / alpha-beta sandwich / interlocked homodimer / ASR1734
機能・相同性Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin-like (UB roll) - #10 / Npun R1517 / Npun R1517 / Other non-globular / Special / Npun R1517 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Nostoc punctiforme (バクテリア)
手法X線回折 / sulfur anomalous scattering / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Kennedy, M.A. / Ni, S. / Smola, M.J.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Npun_R1517, a putative negative regulator of heterocyst differentiation from Nostoc punctiforme PCC 73102.
著者: Ni, S. / Benning, M.M. / Smola, M.J. / Feldmann, E.A. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2008年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9171
ポリマ－12,9171
非ポリマー00
水1,06359
1
A: Putative uncharacterized protein

A: Putative uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8332
ポリマ－25,8332
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_465y-1,x+1,-z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area9320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.336, 56.336, 56.491
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-123-

HOH

21A-149-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein


分子量: 12916.604 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-88 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cytosolic / 由来: (組換発現) Nostoc punctiforme (バクテリア) / 株: PCC 73102 / 遺伝子: Npun_R1517 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: B2IZS7
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 29.11 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: .02M HEPES, 20% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Layered Montel mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→39.9 Å / Num. all: 6345 / Num. obs: 6345 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 105.86 % / Biso Wilson estimate: 24.37 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 76.22
反射 シェル解像度: 2.01→2.05 Å / 冗長度: 19.53 % / Mean I/σ(I) obs: 9.15 / Num. unique all: 1604 / Rsym value: 0.28 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
PROTEUM2version 2データ収集
SAINTデータ削減
SADABSデータスケーリング
SHELXS位相決定
精密化構造決定の手法: sulfur anomalous scattering / 解像度: 2.01→39.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.475 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 3 / ESU R: 2.082 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23683 291 4.6 %RANDOM
Rwork0.18795 ---
obs0.19007 6053 98.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.854 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.31 Å20 Å2
3----0.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→39.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数611 0 0 59 670
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.022616
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5962.001825
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.272574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.224.68832
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.70215128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.471156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02449
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.2412
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1250.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3511.5387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1652599
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6443250
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.5414.5226
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.5373637
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free6.058359
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.0613611
LS精密化 シェル解像度: 2.01→2.063 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 21 -
Rwork0.191 389 -
obs-389 91.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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