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- PDB-3e4u: Crystal Structure of the Wild-Type Human BCL6 BTB/POZ Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e4u
タイトルCrystal Structure of the Wild-Type Human BCL6 BTB/POZ Domain
要素B-cell lymphoma 6 protein
キーワードTRANSCRIPTION / BTB/POZ Protein Interaction Domain / Activator / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Proto-oncogene / Repressor / Transcription regulation / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation ...regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / plasma cell differentiation / paraspeckles / germinal center formation / pyramidal neuron differentiation / regulation of immune system process / type 2 immune response / positive regulation of regulatory T cell differentiation / T-helper 2 cell differentiation / negative regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of cell motility / negative regulation of Rho protein signal transduction / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of cell-matrix adhesion / regulation of T cell proliferation / negative regulation of Notch signaling pathway / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / B cell proliferation / regulation of cell differentiation / negative regulation of cellular senescence / Rho protein signal transduction / regulation of immune response / erythrocyte development / heterochromatin formation / positive regulation of B cell proliferation / regulation of cytokine production / positive regulation of neuron differentiation / cell-matrix adhesion / transcription corepressor binding / cell motility / cell morphogenesis / protein localization / negative regulation of cell growth / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / sequence-specific double-stranded DNA binding / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / actin cytoskeleton organization / spermatogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / inflammatory response / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / nucleolus / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
B-cell lymphoma 6 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Stead, M.A. / Rosbrook, G.O. / Hadden, J.M. / Trinh, C.H. / Carr, S.B. / Wright, S.C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Structure of the wild-type human BCL6 POZ domain.
著者: Stead, M.A. / Rosbrook, G.O. / Hadden, J.M. / Trinh, C.H. / Carr, S.B. / Wright, S.C.
履歴
登録2008年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Database references
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein
C: B-cell lymphoma 6 protein
D: B-cell lymphoma 6 protein
E: B-cell lymphoma 6 protein
F: B-cell lymphoma 6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4236
ポリマ－88,4236
非ポリマー00
水4,612256
1
A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4742
ポリマ－29,4742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12590 Å2
手法PISA
2
C: B-cell lymphoma 6 protein
D: B-cell lymphoma 6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4742
ポリマ－29,4742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3330 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area12610 Å2
手法PISA
3
E: B-cell lymphoma 6 protein
F: B-cell lymphoma 6 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4742
ポリマ－29,4742
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.209, 59.209, 158.971
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質
B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / Zinc finger protein 51 / LAZ-3 protein / BCL-5 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27


分子量: 14737.150 Da / 分子数: 6 / 断片: BTB Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: P41182
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 2.5 M sodium nitrate, 100 mM sodium acetate (pH 4.5), 40 mM spermidine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.972 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月5日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Sagitally focused Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.972 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→36.86 Å / Num. obs: 36195 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 31.082 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. measured all: 20521 / Num. unique all: 5312 / Rsym value: 0.157 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.399 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.59 / Cor.coef. Io to Ic: 0.595

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→36.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / WRfactor Rfree: 0.275 / WRfactor Rwork: 0.24 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.826 / SU R Cruickshank DPI: 0.072 / SU Rfree: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 1887 5.2 %RANDOM
Rwork0.219 ---
all0.221 36419 --
obs0.221 36147 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.86 Å2 / Biso mean: 33.169 Å2 / Biso min: 12.22 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.16 Å20 Å20 Å2
2--11.16 Å20 Å2
3----22.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5571 0 0 256 5827
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0225631
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.9597569
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.23739201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2185677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.61223.176255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.938151059
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6391549
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2923
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.026041
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021176
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5911.53456
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other01.51403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.05125593
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.54732175
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2424.51976
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 124 -
Rwork0.152 2558 -
all-2682 -
obs-2558 99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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