PDB-3e3c: Structure of GrlR-lipid complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e3c

タイトル

Structure of GrlR-lipid complex

要素

L0044

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / GrlR / LEE regulator / lipid binding

機能・相同性

T3SS negative regulator GrlR / T3SS negative regulator GrlR domain superfamily / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta / (2R)-2-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)PROPYL HEXANOATE / L0044 / GrlR

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Jobichen, C. / Sivaraman, J.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2009
タイトル: Identification and characterization of the lipid binding property of GrlR, a locus of enterocyte effacement regulator.
著者: Jobichen, C. / Fernandis, A.Z. / Velazquez-Campoy, A. / Leung, K.Y. / Mok, Y.K. / Wenk, M.R. / Sivaraman, J.

履歴

登録	2008年8月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年4月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e3c.cif.gz	64.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e3c.ent.gz	47.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e3/3e3c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ovsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2ovs-2 1kg7-d 6uk1-2 5d82-d 2qlx-d 6ljf-d 5ot8-2 6lje-d 2ovs-d 2pzf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L0044

B: L0044

ヘテロ分子

27 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.729, 66.015, 83.462
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	L0044 分子量: 13235.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: ECs4578 / プラスミド: pETM32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O85638, UniProt: Q7DB61*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-HHG / (2R)-2-HYDROXY-3-(PHOSPHONOOXY)PROPYL HEXANOATE / 1-MONOHEXANOYL-2-HYDROXY-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE 分子量: 270.217 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₉O₇P
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 264 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 25% ethylene Glycol, 4% Tertiary Butanol, 4% triflouroethanol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月26日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→15 Å / Num. all: 8751 / Num. obs: 8472 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.248 / Num. unique all: 781 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
CNS		精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2OVS

2ovs

解像度: 2.5→15 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2775	507	-	Random
R_work	0.2309	-	-	-
obs	0.2309	8472	97 %	-
all	-	8751	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1836	0	34	264	2134

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.7
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.01

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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