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- PDB-3e35: Actinobacteria-specific protein of unknown function, SCO1997 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3.0E+35
タイトルActinobacteria-specific protein of unknown function, SCO1997
要素Uncharacterized protein SCO1997
キーワードUNKNOWN FUNCTION / alpha/beta/alpha Structure / Actinobacteria-Specific protein / Conserved Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Rv2714-like / PAC-like subunit / Helix Hairpins - #100 / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...Rv2714-like / PAC-like subunit / Helix Hairpins - #100 / Proteasome assembly chaperone 2 / Proteasome assembly chaperone 2 superfamily / PAC2 family / Helix Hairpins / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PAC2 family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces coelicolor (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gao, B. / Gupta, R.S. / Sugiman-Marangos, S. / Junop, M.S.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural and phylogenetic analysis of a conserved actinobacteria-specific protein (ASP1; SCO1997) from Streptomyces coelicolor.
著者: Gao, B. / Sugiman-Marangos, S. / Junop, M.S. / Gupta, R.S.
履歴
登録2008年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein SCO1997
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0693
ポリマ－36,0201
非ポリマー492
水4,143230
1
A: Uncharacterized protein SCO1997
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein SCO1997
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein SCO1997
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,2079
ポリマ－108,0613
非ポリマー1466
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area6920 Å2
ΔGint-28.1 kcal/mol
Surface area36100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.083, 135.083, 135.083
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-326-

MG

21A-327-

MG

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein SCO1997


分子量: 36020.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (バクテリア)
株: A3(2) / 遺伝子: SCO1997 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9S2K6
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.89 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M MES pH 6.5, 0.55M Magnesium formate, 1.5% Glycerol, 0.25% N-octyl-beta-D-glucoside, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
PH範囲: 7.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月3日
詳細: Pt-coated toroidal Si mirror for horizontal and vertical focusing followed by double flat Si crystal monochromator
放射モノクロメーター: Flat Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. all: 27763 / Num. obs: 27763 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.1 % / Biso Wilson estimate: 35.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 37.98
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 22.2 % / Rmerge(I) obs: 0.895 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→95.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 8.303 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23401 1010 5 %RANDOM
Rwork0.17458 ---
obs0.17747 19088 95.77 %-
all-25482 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.305 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→95.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2086 0 2 230 2318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0212136
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4221.9542919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg14.9855267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.76723.714105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.58615318
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1341517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.210.2329
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0211675
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2120.2982
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21474
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2199
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0150.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3450.269
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1160.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.31.51340
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.11922158
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9873796
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.8954.5761
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 78 -
Rwork0.203 1491 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.98990.73141.92072.79861.68925.10250.03440.02340.0833-0.06740.1941-0.44330.10360.6678-0.2286-0.01520.0639-0.02160.1237-0.05220.0559-5.108-36.941-30.191
24.147-0.0496-1.27390.05190.28491.8091-0.04-0.1779-0.4250.34580.0447-0.02470.40760.2241-0.00480.08390.0477-0.04090.0012-0.00030.0341-18.654-41.135-20
34.1312-1.96360.66373.1194-0.47312.79290.0474-0.11630.03120.01090.1027-0.22450.14360.4759-0.1501-0.0930.0221-0.02720.0476-0.0617-0.0406-8.08-34.679-29.147
40.24180.3264-0.07932.92020.44910.8582-0.05420.36120.223-0.68710.16010.0260.01360.4527-0.1060.08720.033-0.00560.1624-0.02960.015-9.435-39.922-46.034
510.2107-1.1555-0.88244.4246-0.42712.17120.03651.5146-0.1141-0.71270.0356-0.3311-0.07670.298-0.07210.1075-0.05490.08050.3106-0.03980.0492-8.447-28.68-45.062
63.44881.4461.60324.9276-0.27295.1950.19070.1541-0.3089-0.23520.2845-0.20210.85860.5538-0.47520.21090.1514-0.09440.0845-0.0704-0.0128-10.101-48.628-44.296
751.424112.304726.149215.16795.597833.43740.80620.2151-1.09630.55230.5353-0.08812.9738-0.1003-1.34150.796-0.0085-0.2017-0.02240.04940.1363-21.304-60.237-48.661
812.83240.0933-0.0998.2553-1.66237.37580.16120.3944-0.5644-0.09650.21540.32861.088-0.4551-0.37670.5224-0.0746-0.20420.09430.0473-0.0136-24.555-51.825-60.878
90.7835-0.1797-0.07380.7340.20261.52010.04850.02280.0153-0.10410.0723-0.09150.21290.2559-0.12080.16940.0397-0.03870.1607-0.00070.1718-11.696-39.739-35.87
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 53
2X-RAY DIFFRACTION2A54 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3A90 - 131
4X-RAY DIFFRACTION4A132 - 161
5X-RAY DIFFRACTION5A162 - 197
6X-RAY DIFFRACTION6A198 - 242
7X-RAY DIFFRACTION7A243 - 255
8X-RAY DIFFRACTION8A256 - 276
9X-RAY DIFFRACTION9A328 - 554

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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