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- PDB-3e1s: Structure of an N-terminal truncation of Deinococcus radiodurans RecD2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3e1s
タイトルStructure of an N-terminal truncation of Deinococcus radiodurans RecD2
要素Exodeoxyribonuclease V, subunit RecD
キーワードHYDROLASE / alpha and beta protein / ATP-binding / Nucleotide-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease V complex / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / isomerase activity / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity ...exodeoxyribonuclease V complex / DNA 5'-3' helicase / single-stranded DNA helicase activity / ATP-dependent activity, acting on DNA / isomerase activity / 5'-3' DNA helicase activity / DNA recombination / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2220 / SH3 type barrels. - #940 / RecD-like DNA helicase / RecD helicase-like helix-hairpin-helix domain / RecD-like DNA helicase, SH3 domain / : / ATP-dependent RecD2 DNA helicase HHH domain / ATP-dependent RecD-like DNA helicase SH3 domain / ATP-dependent DNA helicase YrrC, OB-fold domain / UvrD-like helicase C-terminal domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2220 / SH3 type barrels. - #940 / RecD-like DNA helicase / RecD helicase-like helix-hairpin-helix domain / RecD-like DNA helicase, SH3 domain / : / ATP-dependent RecD2 DNA helicase HHH domain / ATP-dependent RecD-like DNA helicase SH3 domain / ATP-dependent DNA helicase YrrC, OB-fold domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD-like helicase C-terminal domain / AAA domain / Helix-hairpin-helix domain / SH3 type barrels. / : / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RecD2 DNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Saikrishnan, K. / Griffiths, S.P. / Cook, N. / Court, R. / Wigley, D.B.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: DNA binding to RecD: role of the 1B domain in SF1B helicase activity.
著者: Saikrishnan, K. / Griffiths, S.P. / Cook, N. / Court, R. / Wigley, D.B.
履歴
登録2008年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease V, subunit RecD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,4661
ポリマ－61,4661
非ポリマー00
水4,774265
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.630, 89.630, 131.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease V, subunit RecD


分子量: 61465.914 Da / 分子数: 1
断片: N-terminus deletion mutant of RecD2, UNP residues 151-715
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
遺伝子: recD / プラスミド: pET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9RT63
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 13-18% ethanol, 100mM Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.07225 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月3日
放射モノクロメーター: Single Silicon (111) monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07225 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 33616 / Num. obs: 32947 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.038 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 2.25 % / Rmerge(I) obs: 0.321 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 4035 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
DNAデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.2→20.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 16.458 / SU ML: 0.219 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.242 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28744 2668 8.1 %RANDOM
Rwork0.2308 ---
all0.23541 32946 --
obs0.23541 30278 98.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.288 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.38 Å20 Å20 Å2
2---4.09 Å20 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3889 0 0 265 4154
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213962
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022671
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2461.9725382
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88936493
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7595513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.96322.934167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.94215636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7191537
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024463
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02789
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2971
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.20.22870
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1690.21906
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.22177
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.205
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.146
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.263
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.092
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.607
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.004
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.515
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 181 -
Rwork0.284 2161 -
obs--97.54 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.22641.0467-1.64145.48653.785713.32980.0301-0.40770.75220.2057-0.25860.353-1.8931-1.3040.22850.30330.1817-0.1215-0.1632-0.025-0.0828-2.4868-7.529547.6344
21.94082.0984.28556.63044.800612.38980.189-0.1575-0.3672-0.0020.1279-0.37291.12690.1461-0.3169-0.0913-0.0071-0.0558-0.2290.0578-0.1636-0.6743-27.244934.5342
31.19560.48660.81865.0759-0.86984.35480.05370.0378-0.0794-0.79440.25220.33230.9875-0.5318-0.3059-0.0187-0.164-0.1371-0.19330.0557-0.1889-11.0239-23.860315.6866
43.7022-0.2033-0.15376.84740.27273.7087-0.11940.08780.1685-0.7578-0.1354-0.2767-0.03190.1920.2547-0.2771-0.0673-0.0015-0.23040.0564-0.2425-2.45422.53811.9518
57.45151.29761.201314.7457-1.5065.57370.2555-0.59940.21440.3567-0.22651.1295-0.169-0.7545-0.0291-0.35640.01370.02690.2383-0.0980.1674-25.77523.012122.3798
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA193 - 27444 - 125
2X-RAY DIFFRACTION2AA275 - 322126 - 173
3X-RAY DIFFRACTION2AA704 - 720555 - 571
4X-RAY DIFFRACTION3AA339 - 491190 - 342
5X-RAY DIFFRACTION4AA492 - 574343 - 425
6X-RAY DIFFRACTION4AA640 - 703491 - 554
7X-RAY DIFFRACTION5AA575 - 639426 - 490

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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