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- PDB-3e1o: Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) with two ZN(I... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e1o

タイトル

Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) with two ZN(II) ION sites at the Ferroxidase centre (ZN-BFR).

要素

BACTERIOFERRITIN

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / BACTERIOFERRITIN. RHOMBIC DODECAHEDRAL SUPERSTRUCTURE. / HEME / IRON / IRON STORAGE / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / intracellular sequestering of iron ion / ferric iron binding / iron ion transport / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Crow, A. / Lawson, T. / Lewin, A. / Moore, G.R. / Le Brun, N.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for iron mineralization by bacterioferritin
著者: Crow, A. / Lawson, T.L. / Lewin, A. / Moore, G.R. / Le Brun, N.E.

履歴

登録	2008年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e1o.cif.gz	399.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e1o.ent.gz	326.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e1o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3e1o_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e1o_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	3e1o_validation.xml.gz	71.1 KB	表示
CIF形式データ	3e1o_validation.cif.gz	89.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1o	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e1jC 3e1lC 3e1mC 3e1nC 3e1pC 2qp7 PDB 未公開エントリS 3e1q C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4toa-d 3is8-d 4xkt-1 5d8o-1 5d8y-d 3e1n-1 3is7-d 2fl0-1 5d8q-1 3e1j-1 7k5e-1 5zur-1 3e1l-1 4tof-1 5d8r-1 6nlf-1 2y3q-1 7k5g-1 1nf4-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

-
集合体

登録構造単位

A: BACTERIOFERRITIN

B: BACTERIOFERRITIN

C: BACTERIOFERRITIN

D: BACTERIOFERRITIN

E: BACTERIOFERRITIN

F: BACTERIOFERRITIN

G: BACTERIOFERRITIN

H: BACTERIOFERRITIN

I: BACTERIOFERRITIN

J: BACTERIOFERRITIN

K: BACTERIOFERRITIN

L: BACTERIOFERRITIN

ヘテロ分子

229 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

A: BACTERIOFERRITIN

B: BACTERIOFERRITIN

C: BACTERIOFERRITIN

D: BACTERIOFERRITIN

E: BACTERIOFERRITIN

F: BACTERIOFERRITIN

G: BACTERIOFERRITIN

H: BACTERIOFERRITIN

I: BACTERIOFERRITIN

J: BACTERIOFERRITIN

K: BACTERIOFERRITIN

L: BACTERIOFERRITIN

ヘテロ分子

A: BACTERIOFERRITIN

B: BACTERIOFERRITIN

C: BACTERIOFERRITIN

D: BACTERIOFERRITIN

E: BACTERIOFERRITIN

F: BACTERIOFERRITIN

G: BACTERIOFERRITIN

H: BACTERIOFERRITIN

I: BACTERIOFERRITIN

J: BACTERIOFERRITIN

K: BACTERIOFERRITIN

L: BACTERIOFERRITIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
458 kDa, 24 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	207.867, 207.867, 142.432
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F
7	1	G
8	1	H
9	1	I
10	1	J
11	1	K
12	1	L
13	1	A
14	1	B
15	1	C
16	1	D
17	1	E
18	1	F
19	1	G
20	1	H
21	1	I
22	1	J
23	1	K
24	1	L
25	1	A
26	1	B
27	1	C
28	1	D
29	1	E
30	1	F
31	1	G
32	1	H
33	1	I
34	1	J
35	1	K
36	1	L
37	1	A
38	1	B
39	1	C
40	1	D
41	1	E
42	1	F
43	1	G
44	1	H
45	1	I
46	1	J
47	1	K
48	1	L
1	2	B
2	2	A
3	2	C
4	2	D
5	2	E
6	2	F
7	2	G
8	2	H
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10	2	J
11	2	K
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13	2	B
14	2	A
15	2	C
16	2	D
17	2	E
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19	2	G
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26	2	A
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28	2	D
29	2	E
30	2	F
31	2	G
32	2	H
33	2	I
34	2	J
35	2	K
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37	2	B
38	2	A
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41	2	E
42	2	F
43	2	G
44	2	H
45	2	I
46	2	J
47	2	K
48	2	L
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2	3	A
3	3	B
4	3	D
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8	3	H
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10	3	J
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13	3	C
14	3	A
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16	3	D
17	3	E
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19	3	G
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22	3	J
23	3	K
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26	3	A
27	3	B
28	3	D
29	3	E
30	3	F
31	3	G
32	3	H
33	3	I
34	3	J
35	3	K
36	3	L
37	3	C
38	3	A
39	3	B
40	3	D
41	3	E
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44	3	H
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18	4	F
19	4	G
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21	4	I
22	4	J
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25	4	D
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42	4	F
43	4	G
44	4	H
45	4	I
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1	5	E
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8	5	H
9	5	I
10	5	J
11	5	K
12	5	L
13	5	E
14	5	A
15	5	B
16	5	C
17	5	D
18	5	F
19	5	G
20	5	H
21	5	I
22	5	J
23	5	K
24	5	L
25	5	E
26	5	A
27	5	B
28	5	C
29	5	D
30	5	F
31	5	G
32	5	H
33	5	I
34	5	J
35	5	K
36	5	L
37	5	E
38	5	A
39	5	B
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41	5	D
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43	5	G
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31	9	F
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41	9	D
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2	13	D
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1	14	D
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4	14	H
5	14	J
6	14	L
1	15	F
2	15	B
3	15	D
4	15	H
5	15	J
6	15	L
1	16	H
2	16	B
3	16	D
4	16	F
5	16	J
6	16	L
1	17	J
2	17	B
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41	4	10	ZN	ZN	ZN	ZN	D	Z - AA	300 - 301
42	4	10	ZN	ZN	ZN	ZN	E	DA - EA	300 - 301
43	4	10	ZN	ZN	ZN	ZN	F	HA - IA	300 - 301
44	4	10	ZN	ZN	ZN	ZN	G	LA - MA	300 - 301
45	4	10	ZN	ZN	ZN	ZN	H	PA - QA	300 - 301
46	4	10	ZN	ZN	ZN	ZN	I	TA - UA	300 - 301
47	4	10	ZN	ZN	ZN	ZN	K	AB - BB	300 - 301
48	4	10	ZN	ZN	ZN	ZN	L	EB - FB	300 - 301
1	1	11	MET	MET	ARG	ARG	K	K	1 - 102	1 - 102
2	1	11	MET	MET	ARG	ARG	A	A	1 - 102	1 - 102
3	1	11	MET	MET	ARG	ARG	B	B	1 - 102	1 - 102
4	1	11	MET	MET	ARG	ARG	C	C	1 - 102	1 - 102
5	1	11	MET	MET	ARG	ARG	D	D	1 - 102	1 - 102
6	1	11	MET	MET	ARG	ARG	E	E	1 - 102	1 - 102
7	1	11	MET	MET	ARG	ARG	F	F	1 - 102	1 - 102
8	1	11	MET	MET	ARG	ARG	G	G	1 - 102	1 - 102
9	1	11	MET	MET	ARG	ARG	H	H	1 - 102	1 - 102
10	1	11	MET	MET	ARG	ARG	I	I	1 - 102	1 - 102
11	1	11	MET	MET	ARG	ARG	J	J	1 - 102	1 - 102
12	1	11	MET	MET	ARG	ARG	L	L	1 - 102	1 - 102
13	2	11	ALA	ALA	GLU	GLU	K	K	104 - 156	104 - 156
14	2	11	ALA	ALA	GLU	GLU	A	A	104 - 156	104 - 156
15	2	11	ALA	ALA	GLU	GLU	B	B	104 - 156	104 - 156
16	2	11	ALA	ALA	GLU	GLU	C	C	104 - 156	104 - 156
17	2	11	ALA	ALA	GLU	GLU	D	D	104 - 156	104 - 156
18	2	11	ALA	ALA	GLU	GLU	E	E	104 - 156	104 - 156
19	2	11	ALA	ALA	GLU	GLU	F	F	104 - 156	104 - 156
20	2	11	ALA	ALA	GLU	GLU	G	G	104 - 156	104 - 156
21	2	11	ALA	ALA	GLU	GLU	H	H	104 - 156	104 - 156
22	2	11	ALA	ALA	GLU	GLU	I	I	104 - 156	104 - 156
23	2	11	ALA	ALA	GLU	GLU	J	J	104 - 156	104 - 156
24	2	11	ALA	ALA	GLU	GLU	L	L	104 - 156	104 - 156
25	3	11	SO4	SO4	SO4	SO4	K	ZA	250
26	3	11	SO4	SO4	SO4	SO4	A	M	250
27	3	11	SO4	SO4	SO4	SO4	B	R	250
28	3	11	SO4	SO4	SO4	SO4	C	U	250
29	3	11	SO4	SO4	SO4	SO4	D	Y	250
30	3	11	SO4	SO4	SO4	SO4	E	CA	250
31	3	11	SO4	SO4	SO4	SO4	F	GA	250
32	3	11	SO4	SO4	SO4	SO4	G	KA	250
33	3	11	SO4	SO4	SO4	SO4	H	OA	250
34	3	11	SO4	SO4	SO4	SO4	I	SA	250
35	3	11	SO4	SO4	SO4	SO4	J	WA	250
36	3	11	SO4	SO4	SO4	SO4	L	DB	250
37	4	11	ZN	ZN	ZN	ZN	K	AB - BB	300 - 301
38	4	11	ZN	ZN	ZN	ZN	A	N - O	300 - 301
39	4	11	ZN	ZN	ZN	ZN	B	S - T	300 - 301
40	4	11	ZN	ZN	ZN	ZN	C	V - W	300 - 301
41	4	11	ZN	ZN	ZN	ZN	D	Z - AA	300 - 301
42	4	11	ZN	ZN	ZN	ZN	E	DA - EA	300 - 301
43	4	11	ZN	ZN	ZN	ZN	F	HA - IA	300 - 301
44	4	11	ZN	ZN	ZN	ZN	G	LA - MA	300 - 301
45	4	11	ZN	ZN	ZN	ZN	H	PA - QA	300 - 301
46	4	11	ZN	ZN	ZN	ZN	I	TA - UA	300 - 301
47	4	11	ZN	ZN	ZN	ZN	J	XA - YA	300 - 301
48	4	11	ZN	ZN	ZN	ZN	L	EB - FB	300 - 301
1	1	12	MET	MET	ARG	ARG	L	L	1 - 102	1 - 102
2	1	12	MET	MET	ARG	ARG	A	A	1 - 102	1 - 102
3	1	12	MET	MET	ARG	ARG	B	B	1 - 102	1 - 102
4	1	12	MET	MET	ARG	ARG	C	C	1 - 102	1 - 102
5	1	12	MET	MET	ARG	ARG	D	D	1 - 102	1 - 102
6	1	12	MET	MET	ARG	ARG	E	E	1 - 102	1 - 102
7	1	12	MET	MET	ARG	ARG	F	F	1 - 102	1 - 102
8	1	12	MET	MET	ARG	ARG	G	G	1 - 102	1 - 102
9	1	12	MET	MET	ARG	ARG	H	H	1 - 102	1 - 102
10	1	12	MET	MET	ARG	ARG	I	I	1 - 102	1 - 102
11	1	12	MET	MET	ARG	ARG	J	J	1 - 102	1 - 102
12	1	12	MET	MET	ARG	ARG	K	K	1 - 102	1 - 102
13	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	L	L	104 - 156	104 - 156
14	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	A	A	104 - 156	104 - 156
15	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	B	B	104 - 156	104 - 156
16	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	C	C	104 - 156	104 - 156
17	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	D	D	104 - 156	104 - 156
18	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	E	E	104 - 156	104 - 156
19	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	F	F	104 - 156	104 - 156
20	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	G	G	104 - 156	104 - 156
21	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	H	H	104 - 156	104 - 156
22	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	I	I	104 - 156	104 - 156
23	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	J	J	104 - 156	104 - 156
24	2	12	ALA	ALA	GLU	GLU	K	K	104 - 156	104 - 156
25	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	L	DB	250
26	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	A	M	250
27	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	B	R	250
28	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	C	U	250
29	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	D	Y	250
30	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	E	CA	250
31	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	F	GA	250
32	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	G	KA	250
33	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	H	OA	250
34	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	I	SA	250
35	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	J	WA	250
36	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	K	ZA	250
37	4	12	ZN	ZN	ZN	ZN	L	EB - FB	300 - 301
38	4	12	ZN	ZN	ZN	ZN	A	N - O	300 - 301
39	4	12	ZN	ZN	ZN	ZN	B	S - T	300 - 301
40	4	12	ZN	ZN	ZN	ZN	C	V - W	300 - 301
41	4	12	ZN	ZN	ZN	ZN	D	Z - AA	300 - 301
42	4	12	ZN	ZN	ZN	ZN	E	DA - EA	300 - 301
43	4	12	ZN	ZN	ZN	ZN	F	HA - IA	300 - 301
44	4	12	ZN	ZN	ZN	ZN	G	LA - MA	300 - 301
45	4	12	ZN	ZN	ZN	ZN	H	PA - QA	300 - 301
46	4	12	ZN	ZN	ZN	ZN	I	TA - UA	300 - 301
47	4	12	ZN	ZN	ZN	ZN	J	XA - YA	300 - 301
48	4	12	ZN	ZN	ZN	ZN	K	AB - BB	300 - 301
1	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	A	Q	200
2	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	D	BA	200
3	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	E	FA	200
4	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	H	RA	200
5	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	I	VA	200
6	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	K	CB	200
1	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	D	BA	200
2	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	A	Q	200
3	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	E	FA	200
4	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	H	RA	200
5	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	I	VA	200
6	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	K	CB	200
1	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	E	FA	200
2	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	A	Q	200
3	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	D	BA	200
4	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	H	RA	200
5	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	I	VA	200
6	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	K	CB	200
1	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	H	RA	200
2	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	A	Q	200
3	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	D	BA	200
4	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	E	FA	200
5	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	I	VA	200
6	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	K	CB	200
1	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	I	VA	200
2	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	A	Q	200
3	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	D	BA	200
4	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	E	FA	200
5	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	H	RA	200
6	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	K	CB	200
1	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	K	CB	200
2	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	A	Q	200
3	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	D	BA	200
4	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	E	FA	200
5	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	H	RA	200
6	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	I	VA	200

NCSアンサンブル:

-
要素

#1: タンパク質	BACTERIOFERRITIN / BFR / CYTOCHROME B-1 / CYTOCHROME B-557 分子量: 18518.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: BFR / プラスミド: PALN1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ABD3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	... ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験情報

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.47 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: APO-BFR CRYSTALIZED IN 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH 5.0. CRYSTAL WAS THEN SOAKED IN A CRYOPROTECTANT CONTAINING ZN2+ IONS AND BUFFERED WITH MOPS PH 7 INSTEAD OF CITRATE. ...詳細: APO-BFR CRYSTALIZED IN 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH 5.0. CRYSTAL WAS THEN SOAKED IN A CRYOPROTECTANT CONTAINING ZN2+ IONS AND BUFFERED WITH MOPS PH 7 INSTEAD OF CITRATE. PLEASE SEE PAPER FO FULL DETAILS., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 5.00

結晶

マシュー密度: 3.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.47 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: APO-BFR CRYSTALIZED IN 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH 5.0. CRYSTAL WAS THEN SOAKED IN A CRYOPROTECTANT CONTAINING ZN2+ IONS AND BUFFERED WITH MOPS PH 7 INSTEAD OF CITRATE. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.2818
検出器	検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2818 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→45 Å / Num. obs: 58778 / % possible obs: 89.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.1 % / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 20.9
反射シェル	解像度: 2.95→3.11 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / R_sym value: 0.168 / % possible all: 89.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QP7

2qp7
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.95→44.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 13.18 / SU ML: 0.253 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.423 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	2964	5 %	COPIED AND EXTENDED FROM 2QP7.
R_work	0.229	-	-	-
obs	0.23	55780	89 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 7.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.37 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→44.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15636	0	362	214	16212

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	16361
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.941	2.022	21996
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.879	5	1908
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.961	24.933	900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.371	15	3108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.014	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.162	0.2	2304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	12348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	8088
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.323	0.2	11093
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	515
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.18	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.249	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.264	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.704	1.5	9587
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.181	2	14964
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.13	3	7623
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.482	4.5	7008
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1301	tight positional	0.01	0.05
1	2	B	1301	tight positional	0.01	0.05
1	3	C	1301	tight positional	0.01	0.05
1	4	D	1301	tight positional	0.01	0.05
1	5	E	1301	tight positional	0.01	0.05
1	6	F	1301	tight positional	0.01	0.05
1	7	G	1301	tight positional	0.01	0.05
1	8	H	1301	tight positional	0.01	0.05
1	9	I	1301	tight positional	0.01	0.05
1	10	J	1301	tight positional	0.01	0.05
1	11	K	1301	tight positional	0.01	0.05
1	12	L	1301	tight positional	0.01	0.05
2	1	B	1301	tight positional	0.01	0.05
2	2	A	1301	tight positional	0.01	0.05
2	3	C	1301	tight positional	0.01	0.05
2	4	D	1301	tight positional	0.01	0.05
2	5	E	1301	tight positional	0.01	0.05
2	6	F	1301	tight positional	0.01	0.05
2	7	G	1301	tight positional	0.01	0.05
2	8	H	1301	tight positional	0.01	0.05
2	9	I	1301	tight positional	0.01	0.05
2	10	J	1301	tight positional	0.01	0.05
2	11	K	1301	tight positional	0.01	0.05
2	12	L	1301	tight positional	0.01	0.05
3	1	C	1301	tight positional	0.01	0.05
3	2	A	1301	tight positional	0.01	0.05
3	3	B	1301	tight positional	0.01	0.05
3	4	D	1301	tight positional	0.01	0.05
3	5	E	1301	tight positional	0.01	0.05
3	6	F	1301	tight positional	0.01	0.05
3	7	G	1301	tight positional	0.01	0.05
3	8	H	1301	tight positional	0.01	0.05
3	9	I	1301	tight positional	0.01	0.05
3	10	J	1301	tight positional	0.01	0.05
3	11	K	1301	tight positional	0.01	0.05
3	12	L	1301	tight positional	0.01	0.05
4	1	D	1301	tight positional	0.01	0.05
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LS精密化シェル

解像度: 2.95→3.03 Å / Total num. of bins used: 20

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R_work	0.321	2403	-
obs	-	-	52.33 %

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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