PDB-3e1l: Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) soaked in pho...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e1l

タイトル

Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) soaked in phosphate with an alternative conformation of the unoccupied Ferroxidase centre (APO-BFR II).

要素

BACTERIOFERRITIN

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / BACTERIOFERRITIN. RHOMBIC DODECAHEDRAL SUPERSTRUCTURE / HEME / IRON / IRON STORAGE / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Crow, A. / Lawson, T. / Lewin, A. / Moore, G.R. / Le Brun, N.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for iron mineralization by bacterioferritin
著者: Crow, A. / Lawson, T.L. / Lewin, A. / Moore, G.R. / Le Brun, N.E.

履歴

登録	2008年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3e1l.ent.gz	331.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3e1l_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e1l_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	3e1l_validation.xml.gz	72 KB	表示
CIF形式データ	3e1l_validation.cif.gz	93.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3e1jC 3e1mC 3e1nC 3e1oC 3e1pC 2qp7 PDB 未公開エントリS 3e1q C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7k5e-1 6nlk-1 3is7-d 7k5h-1 3e1o-1 5zur-1 4tog-1 4toa-d 4xkt-1 5d8q-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: BACTERIOFERRITIN

B: BACTERIOFERRITIN

C: BACTERIOFERRITIN

D: BACTERIOFERRITIN

E: BACTERIOFERRITIN

F: BACTERIOFERRITIN

G: BACTERIOFERRITIN

H: BACTERIOFERRITIN

I: BACTERIOFERRITIN

J: BACTERIOFERRITIN

K: BACTERIOFERRITIN

L: BACTERIOFERRITIN

ヘテロ分子

227 kDa, 12 ポリマー
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1

A: BACTERIOFERRITIN

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J: BACTERIOFERRITIN

K: BACTERIOFERRITIN

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ヘテロ分子

A: BACTERIOFERRITIN

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C: BACTERIOFERRITIN

D: BACTERIOFERRITIN

E: BACTERIOFERRITIN

F: BACTERIOFERRITIN

G: BACTERIOFERRITIN

H: BACTERIOFERRITIN

I: BACTERIOFERRITIN

J: BACTERIOFERRITIN

K: BACTERIOFERRITIN

L: BACTERIOFERRITIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
455 kDa, 24 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	208.082, 208.082, 143.107
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: SO4 / End label comp-ID: SO4 / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 1 - 250 / Label seq-ID: 1

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12

#1: タンパク質	BACTERIOFERRITIN / BFR / CYTOCHROME B-1 / CYTOCHROME B-557 分子量: 18518.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: BFR / プラスミド: PALN1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ABD3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 496 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.71 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.8 M AMMOMIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. SUBSEQUENTLY, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN A CRYO-PROTECTANT BUFFER CONTAINING PHOSPHATE BUFFERED WITH MOPS PH 7 INSTEAD OF CITRATE. ...詳細: 1.8 M AMMOMIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. SUBSEQUENTLY, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN A CRYO-PROTECTANT BUFFER CONTAINING PHOSPHATE BUFFERED WITH MOPS PH 7 INSTEAD OF CITRATE. SEE PAPER FOR FULL DETAILS., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 5.00

結晶

マシュー密度: 3.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.71 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: 1.8 M AMMOMIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. SUBSEQUENTLY, THE CRYSTALS WERE SOAKED IN A CRYO-PROTECTANT BUFFER CONTAINING PHOSPHATE BUFFERED WITH MOPS PH 7 INSTEAD OF CITRATE. ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 1.739
検出器	検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.739 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→34.2 Å / Num. obs: 104275 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.9 % / R_sym value: 0.101 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 5.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.2 / R_sym value: 0.251 / % possible all: 80.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QP7

2qp7
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.5→34 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 7.19 / SU ML: 0.163 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.437 / ESU R Free: 0.262 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	5157	4.9 %	EXTENDED FROM THE VALIDATION SET USED IN 2QP7.
R_work	0.236	-	-	-
obs	0.236	99059	96.2 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.67 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→34 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15876	0	337	496	16709

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.021	16514
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.368	2.019	22351
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.248	5	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.119	25.065	924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.307	15	3144
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.406	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.123	0.2	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12634
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	8123
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	11219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	682
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.224	0.2	144
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.17	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.728	1.5	9867
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.122	2	15240
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.237	3	7569
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.493	4.5	7087
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

数: 1328 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rms dev position: 0.01 Å

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Weight position
1	1	A	tight positional	0.05
1	2	B	tight positional	0.05
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6	10	J	tight thermal	0.5
6	11	K	tight thermal	0.5
6	12	L	tight thermal	0.5
7	1	G	tight thermal	0.5
7	2	A	tight thermal	0.5
7	3	B	tight thermal	0.5
7	4	C	tight thermal	0.5
7	5	D	tight thermal	0.5
7	6	E	tight thermal	0.5
7	7	F	tight thermal	0.5
7	8	H	tight thermal	0.5
7	9	I	tight thermal	0.5
7	10	J	tight thermal	0.5
7	11	K	tight thermal	0.5
7	12	L	tight thermal	0.5
8	1	H	tight thermal	0.5
8	2	A	tight thermal	0.5
8	3	B	tight thermal	0.5
8	4	C	tight thermal	0.5
8	5	D	tight thermal	0.5
8	6	E	tight thermal	0.5
8	7	F	tight thermal	0.5
8	8	G	tight thermal	0.5
8	9	I	tight thermal	0.5
8	10	J	tight thermal	0.5
8	11	K	tight thermal	0.5
8	12	L	tight thermal	0.5
9	1	I	tight thermal	0.5
9	2	A	tight thermal	0.5
9	3	B	tight thermal	0.5
9	4	C	tight thermal	0.5
9	5	D	tight thermal	0.5
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9	8	G	tight thermal	0.5
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9	10	J	tight thermal	0.5
9	11	K	tight thermal	0.5
9	12	L	tight thermal	0.5
10	1	J	tight thermal	0.5
10	2	A	tight thermal	0.5
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10	11	K	tight thermal	0.5
10	12	L	tight thermal	0.5
11	1	K	tight thermal	0.5
11	2	A	tight thermal	0.5
11	3	B	tight thermal	0.5
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11	8	G	tight thermal	0.5
11	9	H	tight thermal	0.5
11	10	I	tight thermal	0.5
11	11	J	tight thermal	0.5
11	12	L	tight thermal	0.5
12	1	L	tight thermal	0.5
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12	3	B	tight thermal	0.5
12	4	C	tight thermal	0.5
12	5	D	tight thermal	0.5
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12	7	F	tight thermal	0.5
12	8	G	tight thermal	0.5
12	9	H	tight thermal	0.5
12	10	I	tight thermal	0.5
12	11	J	tight thermal	0.5
12	12	K	tight thermal	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	273	-
R_work	0.313	5693	-
obs	-	-	75.7 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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