PDB-3e1j: Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) with an unocc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e1j

タイトル

Crystal structure of E. coli Bacterioferritin (BFR) with an unoccupied ferroxidase centre (APO-BFR).

要素

Bacterioferritin

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / RHOMBIC DODECAHEDRAL SUPERSTRUCTURE. APO-BFR. / HEME / IRON / IRON STORAGE / METAL-BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

iron ion sequestering activity / ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / protein homodimerization activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Crow, A. / Lawson, T. / Lewin, A. / Moore, G.R. / Le Brun, N.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for iron mineralization by bacterioferritin
著者: Crow, A. / Lawson, T.L. / Lewin, A. / Moore, G.R. / Le Brun, N.E.

履歴

登録	2008年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年5月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e1j.cif.gz	398.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e1j.ent.gz	329.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e1j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e1/3e1j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e1lC 3e1mC 3e1nC 3e1oC 3e1pC 1bcfS 3e1q C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4toa-d 5d8y-d 1bcf-1 3e1p-1 6p8k-1 5zur-1 3e1o-1 2y3q-1 3gvy-1 3ghq-1 3e1n-1 3is8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (6) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

I: Bacterioferritin

J: Bacterioferritin

K: Bacterioferritin

L: Bacterioferritin

ヘテロ分子

227 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

I: Bacterioferritin

J: Bacterioferritin

K: Bacterioferritin

L: Bacterioferritin

ヘテロ分子

A: Bacterioferritin

B: Bacterioferritin

C: Bacterioferritin

D: Bacterioferritin

E: Bacterioferritin

F: Bacterioferritin

G: Bacterioferritin

H: Bacterioferritin

I: Bacterioferritin

J: Bacterioferritin

K: Bacterioferritin

L: Bacterioferritin

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
455 kDa, 24 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	208.216, 208.216, 142.457
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
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7	1	1	MET	MET	ARG	ARG	G	G	1 - 102	1 - 102
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10	1	1	MET	MET	ARG	ARG	J	J	1 - 102	1 - 102
11	1	1	MET	MET	ARG	ARG	K	K	1 - 102	1 - 102
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8	1	2	MET	MET	ARG	ARG	H	H	1 - 102	1 - 102
9	1	2	MET	MET	ARG	ARG	I	I	1 - 102	1 - 102
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11	1	2	MET	MET	ARG	ARG	K	K	1 - 102	1 - 102
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16	2	2	ALA	ALA	GLY	GLY	D	D	104 - 158	104 - 158
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18	2	2	ALA	ALA	GLY	GLY	F	F	104 - 158	104 - 158
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23	2	4	ALA	ALA	GLY	GLY	K	K	104 - 158	104 - 158
24	2	4	ALA	ALA	GLY	GLY	L	L	104 - 158	104 - 158
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5	1	5	MET	MET	ARG	ARG	D	D	1 - 102	1 - 102
6	1	5	MET	MET	ARG	ARG	F	F	1 - 102	1 - 102
7	1	5	MET	MET	ARG	ARG	G	G	1 - 102	1 - 102
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9	1	5	MET	MET	ARG	ARG	I	I	1 - 102	1 - 102
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11	1	5	MET	MET	ARG	ARG	K	K	1 - 102	1 - 102
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16	2	5	ALA	ALA	GLY	GLY	C	C	104 - 158	104 - 158
17	2	5	ALA	ALA	GLY	GLY	D	D	104 - 158	104 - 158
18	2	5	ALA	ALA	GLY	GLY	F	F	104 - 158	104 - 158
19	2	5	ALA	ALA	GLY	GLY	G	G	104 - 158	104 - 158
20	2	5	ALA	ALA	GLY	GLY	H	H	104 - 158	104 - 158
21	2	5	ALA	ALA	GLY	GLY	I	I	104 - 158	104 - 158
22	2	5	ALA	ALA	GLY	GLY	J	J	104 - 158	104 - 158
23	2	5	ALA	ALA	GLY	GLY	K	K	104 - 158	104 - 158
24	2	5	ALA	ALA	GLY	GLY	L	L	104 - 158	104 - 158
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32	3	5	SO4	SO4	SO4	SO4	H	AA	250
33	3	5	SO4	SO4	SO4	SO4	I	CA	250
34	3	5	SO4	SO4	SO4	SO4	J	DA	250
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17	2	12	ALA	ALA	GLY	GLY	D	D	104 - 158	104 - 158
18	2	12	ALA	ALA	GLY	GLY	E	E	104 - 158	104 - 158
19	2	12	ALA	ALA	GLY	GLY	F	F	104 - 158	104 - 158
20	2	12	ALA	ALA	GLY	GLY	G	G	104 - 158	104 - 158
21	2	12	ALA	ALA	GLY	GLY	H	H	104 - 158	104 - 158
22	2	12	ALA	ALA	GLY	GLY	I	I	104 - 158	104 - 158
23	2	12	ALA	ALA	GLY	GLY	J	J	104 - 158	104 - 158
24	2	12	ALA	ALA	GLY	GLY	K	K	104 - 158	104 - 158
25	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	L	GA	250
26	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	A	M	250
27	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	B	O	250
28	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	C	R	250
29	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	D	T	250
30	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	E	U	250
31	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	F	V	250
32	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	G	Y	250
33	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	H	AA	250
34	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	I	CA	250
35	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	J	DA	250
36	3	12	SO4	SO4	SO4	SO4	K	FA	250
1	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	B	Q	200
2	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	C	S	200
3	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	F	X	200
4	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	H	BA	200
5	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	J	EA	200
6	1	13	HEM	HEM	HEM	HEM	L	HA	200
1	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	C	S	200
2	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	B	Q	200
3	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	F	X	200
4	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	H	BA	200
5	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	J	EA	200
6	1	14	HEM	HEM	HEM	HEM	L	HA	200
1	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	F	X	200
2	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	B	Q	200
3	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	C	S	200
4	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	H	BA	200
5	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	J	EA	200
6	1	15	HEM	HEM	HEM	HEM	L	HA	200
1	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	H	BA	200
2	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	B	Q	200
3	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	C	S	200
4	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	F	X	200
5	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	J	EA	200
6	1	16	HEM	HEM	HEM	HEM	L	HA	200
1	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	J	EA	200
2	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	B	Q	200
3	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	C	S	200
4	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	F	X	200
5	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	H	BA	200
6	1	17	HEM	HEM	HEM	HEM	L	HA	200
1	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	L	HA	200
2	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	B	Q	200
3	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	C	S	200
4	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	F	X	200
5	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	H	BA	200
6	1	18	HEM	HEM	HEM	HEM	J	EA	200

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Bacterioferritin / BFR / Cytochrome b-1 / Cytochrome b-557 分子量: 18518.016 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: bfr, b3336, JW3298 / プラスミド: PALN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ABD3
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 399 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.59 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 1.8 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI- SODIUM CITRATE PH 5.0. CRYSTALS LATER SOAKED IN CRYOPROTECTANT AT PH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 289K, pH 5.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.072
検出器	日付: 2006年1月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→35 Å / Num. obs: 84897 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.5 % / R_sym value: 0.101 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5 / R_sym value: 0.202 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BCF

1bcf

解像度: 2.7→35.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 9.995 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.728 / ESU R Free: 0.33 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	4239	5 %	RANDOM
R_work	0.242	-	-	-
obs	0.243	80604	98.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 6.29 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→35.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15912	0	338	399	16649

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.021	16552
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.817	2.021	22392
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.689	5	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.763	24.805	924
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.104	15	3168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.581	15	132
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.17	0.2	2328
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	12648
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	8197
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.316	0.2	11275
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	628
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.226	0.2	150
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.227	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.757	1.5	9863
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.138	2	15240
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.07	3	7627
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.354	4.5	7128
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1322	tight positional	0.01	0.05
1	2	B	1322	tight positional	0.01	0.05
1	3	C	1322	tight positional	0.01	0.05
1	4	D	1322	tight positional	0.01	0.05
1	5	E	1322	tight positional	0.01	0.05
1	6	F	1322	tight positional	0.01	0.05
1	7	G	1322	tight positional	0.01	0.05
1	8	H	1322	tight positional	0.01	0.05
1	9	I	1322	tight positional	0.01	0.05
1	10	J	1322	tight positional	0.01	0.05
1	11	K	1322	tight positional	0.01	0.05
1	12	L	1322	tight positional	0.01	0.05
2	1	B	1322	tight positional	0.01	0.05
2	2	A	1322	tight positional	0.01	0.05
2	3	C	1322	tight positional	0.01	0.05
2	4	D	1322	tight positional	0.01	0.05
2	5	E	1322	tight positional	0.01	0.05
2	6	F	1322	tight positional	0.01	0.05
2	7	G	1322	tight positional	0.01	0.05
2	8	H	1322	tight positional	0.01	0.05
2	9	I	1322	tight positional	0.01	0.05
2	10	J	1322	tight positional	0.01	0.05
2	11	K	1322	tight positional	0.01	0.05
2	12	L	1322	tight positional	0.01	0.05
3	1	C	1327	tight positional	0.01	0.05
3	2	A	1327	tight positional	0.01	0.05
3	3	B	1327	tight positional	0.01	0.05
3	4	D	1327	tight positional	0.01	0.05
3	5	E	1327	tight positional	0.01	0.05
3	6	F	1327	tight positional	0.01	0.05
3	7	G	1327	tight positional	0.01	0.05
3	8	H	1327	tight positional	0.01	0.05
3	9	I	1327	tight positional	0.01	0.05
3	10	J	1327	tight positional	0.01	0.05
3	11	K	1327	tight positional	0.01	0.05
3	12	L	1327	tight positional	0.01	0.05
4	1	D	1322	tight positional	0.01	0.05
4	2	A	1322	tight positional	0.01	0.05
4	3	B	1322	tight positional	0.01	0.05
4	4	C	1322	tight positional	0.01	0.05
4	5	E	1322	tight positional	0.01	0.05
4	6	F	1322	tight positional	0.01	0.05
4	7	G	1322	tight positional	0.01	0.05
4	8	H	1322	tight positional	0.01	0.05
4	9	I	1322	tight positional	0.01	0.05
4	10	J	1322	tight positional	0.01	0.05
4	11	K	1322	tight positional	0.01	0.05
4	12	L	1322	tight positional	0.01	0.05
5	1	E	1322	tight positional	0.01	0.05
5	2	A	1322	tight positional	0.01	0.05
5	3	B	1322	tight positional	0.01	0.05
5	4	C	1322	tight positional	0.01	0.05
5	5	D	1322	tight positional	0.01	0.05
5	6	F	1322	tight positional	0.01	0.05
5	7	G	1322	tight positional	0.01	0.05
5	8	H	1322	tight positional	0.01	0.05
5	9	I	1322	tight positional	0.01	0.05
5	10	J	1322	tight positional	0.01	0.05
5	11	K	1322	tight positional	0.01	0.05
5	12	L	1322	tight positional	0.01	0.05
6	1	F	1322	tight positional	0.01	0.05
6	2	A	1322	tight positional	0.01	0.05
6	3	B	1322	tight positional	0.01	0.05
6	4	C	1322	tight positional	0.01	0.05
6	5	D	1322	tight positional	0.01	0.05
6	6	E	1322	tight positional	0.01	0.05
6	7	G	1322	tight positional	0.01	0.05
6	8	H	1322	tight positional	0.01	0.05
6	9	I	1322	tight positional	0.01	0.05
6	10	J	1322	tight positional	0.01	0.05
6	11	K	1322	tight positional	0.01	0.05
6	12	L	1322	tight positional	0.01	0.05
7	1	G	1322	tight positional	0.01	0.05
7	2	A	1322	tight positional	0.01	0.05
7	3	B	1322	tight positional	0.01	0.05
7	4	C	1322	tight positional	0.01	0.05
7	5	D	1322	tight positional	0.01	0.05
7	6	E	1322	tight positional	0.01	0.05
7	7	F	1322	tight positional	0.01	0.05
7	8	H	1322	tight positional	0.01	0.05
7	9	I	1322	tight positional	0.01	0.05
7	10	J	1322	tight positional	0.01	0.05
7	11	K	1322	tight positional	0.01	0.05
7	12	L	1322	tight positional	0.01	0.05
8	1	H	1322	tight positional	0.01	0.05
8	2	A	1322	tight positional	0.01	0.05
8	3	B	1322	tight positional	0.01	0.05
8	4	C	1322	tight positional	0.01	0.05
8	5	D	1322	tight positional	0.01	0.05
8	6	E	1322	tight positional	0.01	0.05
8	7	F	1322	tight positional	0.01	0.05
8	8	G	1322	tight positional	0.01	0.05
8	9	I	1322	tight positional	0.01	0.05
8	10	J	1322	tight positional	0.01	0.05
8	11	K	1322	tight positional	0.01	0.05
8	12	L	1322	tight positional	0.01	0.05
9	1	I	1322	tight positional	0.01	0.05
9	2	A	1322	tight positional	0.01	0.05
9	3	B	1322	tight positional	0.01	0.05
9	4	C	1322	tight positional	0.01	0.05
9	5	D	1322	tight positional	0.01	0.05
9	6	E	1322	tight positional	0.01	0.05
9	7	F	1322	tight positional	0.01	0.05
9	8	G	1322	tight positional	0.01	0.05
9	9	H	1322	tight positional	0.01	0.05
9	10	J	1322	tight positional	0.01	0.05
9	11	K	1322	tight positional	0.01	0.05
9	12	L	1322	tight positional	0.01	0.05
10	1	J	1322	tight positional	0.01	0.05
10	2	A	1322	tight positional	0.01	0.05
10	3	B	1322	tight positional	0.01	0.05
10	4	C	1322	tight positional	0.01	0.05
10	5	D	1322	tight positional	0.01	0.05
10	6	E	1322	tight positional	0.01	0.05
10	7	F	1322	tight positional	0.01	0.05
10	8	G	1322	tight positional	0.01	0.05
10	9	H	1322	tight positional	0.01	0.05
10	10	I	1322	tight positional	0.01	0.05
10	11	K	1322	tight positional	0.01	0.05
10	12	L	1322	tight positional	0.01	0.05
11	1	K	1322	tight positional	0.01	0.05
11	2	A	1322	tight positional	0.01	0.05
11	3	B	1322	tight positional	0.01	0.05
11	4	C	1322	tight positional	0.01	0.05
11	5	D	1322	tight positional	0.01	0.05
11	6	E	1322	tight positional	0.01	0.05
11	7	F	1322	tight positional	0.01	0.05
11	8	G	1322	tight positional	0.01	0.05
11	9	H	1322	tight positional	0.01	0.05
11	10	I	1322	tight positional	0.01	0.05
11	1	K	1322	tight positional	0.01	0.05
11	12	L	1322	tight positional	0.01	0.05
12	1	L	1322	tight positional	0.01	0.05
12	2	A	1322	tight positional	0.01	0.05
12	3	B	1322	tight positional	0.01	0.05
12	4	C	1322	tight positional	0.01	0.05
12	5	D	1322	tight positional	0.01	0.05
12	6	E	1322	tight positional	0.01	0.05
12	7	F	1322	tight positional	0.01	0.05
12	8	G	1322	tight positional	0.01	0.05
12	9	H	1322	tight positional	0.01	0.05
12	10	I	1322	tight positional	0.01	0.05
12	11	J	1322	tight positional	0.01	0.05
12	12	K	1322	tight positional	0.01	0.05
13	1	B	43	tight positional	0	0.05
13	13	D	43	tight positional	0	0.05
13	3	F	43	tight positional	0	0.05
13	4	H	43	tight positional	0	0.05
13	5	J	43	tight positional	0	0.05
13	6	L	43	tight positional	0	0.05
14	14	D	43	tight positional	0	0.05
14	2	B	43	tight positional	0	0.05
14	3	F	43	tight positional	0	0.05
14	4	H	43	tight positional	0	0.05
14	5	J	43	tight positional	0	0.05
14	6	L	43	tight positional	0	0.05
15	1	F	43	tight positional	0	0.05
15	2	B	43	tight positional	0	0.05
15	15	D	43	tight positional	0	0.05
15	4	H	43	tight positional	0	0.05
15	5	J	43	tight positional	0	0.05
15	6	L	43	tight positional	0	0.05
16	1	H	43	tight positional	0	0.05
16	2	B	43	tight positional	0	0.05
16	16	D	43	tight positional	0	0.05
16	4	F	43	tight positional	0	0.05
16	5	J	43	tight positional	0	0.05
16	6	L	43	tight positional	0	0.05
17	1	J	43	tight positional	0	0.05
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11	10	I	1322	tight thermal	0.01	0.5
11	1	K	1322	tight thermal	0.01	0.5
11	12	L	1322	tight thermal	0.01	0.5
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16	6	L	43	tight thermal	0	0.5
17	1	J	43	tight thermal	0	0.5
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18	4	F	43	tight thermal	0	0.5
18	5	H	43	tight thermal	0	0.5
18	6	J	43	tight thermal	0	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	276	-
R_work	0.346	5357	-
obs	-	-	90.11 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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