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万見
- PDB-3e12: Cu2+ substituted Aquifex aeolicus KDO8PS in complex with KDO8P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3000000000000
タイトルCu2+ substituted Aquifex aeolicus KDO8PS in complex with KDO8P
要素2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
キーワードTRANSFERASE / KDO / KDO8PS / Copper / PEP / metal geometry / cytoplasm / Lipopolysaccharide biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


monosaccharide biosynthetic process / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase activity / keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase / DAHP synthetase I/KDSA / DAHP synthetase I family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COPPER (II) ION / 3-deoxy-8-O-phosphono-D-manno-oct-2-ulosonic acid / PHOSPHATE ION / 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Gatti, D.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Electronic structure of the metal center in the Cd(2+), Zn(2+), and Cu(2+) substituted forms of KDO8P synthase: implications for catalysis.
著者: Kona, F. / Tao, P. / Martin, P. / Xu, X. / Gatti, D.L.
履歴
登録2008年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年5月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,5619
ポリマ－59,5492
非ポリマー1,0127
水9,782543
1
A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子

A: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
B: 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,12218
ポリマ－119,0984
非ポリマー2,02514
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area14560 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area33640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.747, 84.747, 160.309
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase / E.C.2.5.1.55 / Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate ...Phospho-2-dehydro-3-deoxyoctonate aldolase / 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8-phosphate synthetase / KDO-8-phosphate synthetase / KDO 8-P synthase / KDOPS


分子量: 29774.406 Da / 分子数: 2 / 断片: KDO8PS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (バクテリア) / 遺伝子: kdsA, aq_085 / プラスミド: PET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O66496, 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase

-
非ポリマー , 5種, 550分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-KD0 / 3-deoxy-8-O-phosphono-D-manno-oct-2-ulosonic acid / 3-デオキシ-D-manno-2-オクツロソン酸8-りん酸


分子量: 318.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15O11P
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 543 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.92 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.9
詳細: PEG 4000, NA ACETATE, pH 4.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月21日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→22.3 Å / Num. all: 73917 / Num. obs: 73254 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 21.2 % / Biso Wilson estimate: 20.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 23.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 1FWW

1fww


解像度: 1.7→22.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.567 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19559 3697 5 %RANDOM
Rwork0.16659 ---
all0.16804 69526 --
obs0.16804 69526 98.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.589 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20.33 Å20 Å2
2--0.66 Å20 Å2
3----1 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.089 Å0.09 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4224 0 56 545 4825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224387
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5241.985970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3175570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.48224.316190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.15115811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.2781524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8721.52651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56424309
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.54931736
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.1394.51634
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 273 -
Rwork0.279 4625 -
obs--91.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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