PDB-3e0n: The X-ray structure of Human Prostasin in complex with DFFR-chlor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3e0n

タイトル

The X-ray structure of Human Prostasin in complex with DFFR-chloromethyl ketone inhibitor

要素

DPN-PHE-ARM
Prostasin heavy chain

キーワード

HYDROLASE / PROSTASIN / PROTEASE / chloromethyl-ketone / Channel / ENaC / Cell membrane / Glycoprotein / Membrane / Secreted / Serine protease / Transmembrane / Zymogen

機能・相同性

機能・相同性情報

Formation of the cornified envelope / positive regulation of sodium ion transport / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / serine-type peptidase activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Spraggon, G. / Hornsby, M. / Shipway, A. / Harris, J.L. / Lesley, S.A.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Active site conformational changes of prostasin provide a new mechanism of protease regulation by divalent cations.
著者: Spraggon, G. / Hornsby, M. / Shipway, A. / Tully, D.C. / Bursulaya, B. / Danahay, H. / Harris, J.L. / Lesley, S.A.

履歴

登録	2008年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年6月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年2月22日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3e0n.cif.gz	117.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3e0n.ent.gz	87.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e0n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e0n_validation.pdf.gz	460.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e0n_full_validation.pdf.gz	462.8 KB	表示
XML形式データ	3e0n_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	3e0n_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e0n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e0n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3e1xC 3fvfC 3gylC 3gymC 1a0lS 3e0p 3e16 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5y57-2 1zpz-d 4mys-2 5tku-d 4d7f-d 4myd-1 1zhm-d 1zm8-d 5e2o-d 5nlr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Prostasin heavy chain

A: DPN-PHE-ARM

ヘテロ分子

30.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.677, 75.880, 79.179
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Prostasin heavy chain 分子量: 29608.002 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 45-305 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRSS8 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q16651
#2: タンパク質・ペプチド	DPN-PHE-ARM タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 466.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct / 参照: BIRD: PRD_002526
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.65 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月28日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 28770 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.096 / R_sym value: 0.096 / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.491 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3727 / R_sym value: 0.491 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1A0L

1a0l

解像度: 1.7→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2015	2331	5.01 %	RANDOM
R_work	0.1571	-	-	-
all	0.1593	46524	-	-
obs	0.1593	28770	96.42 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.1819 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3115 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1309 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1909	0	62	245	2216

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.7347 Å /

	R_factor	反射数
R_free	0.3092	115
R_work	0.2414	-
obs	-	2132

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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