PDB-3e05: CRYSTAL STRUCTURE OF Precorrin-6y C5,15-methyltransferase FROM Ge...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 300000

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF Precorrin-6y C5,15-methyltransferase FROM Geobacter metallireducens GS-15

要素

Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

キーワード

TRANSFERASE / Porphyrin METABOLISM / S-ADENOSYL-METHIONINE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / METHYLTRANSFERASE / DECARBOXYLASE / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

protein methyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacter metallireducens (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Patskovsky, Y. / Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Dickey, M. / Hu, S. / Maletic, M. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF Precorrin-6y C5,15-methyltransferase from Geobacter metallireducens
著者: Patskovsky, Y. / Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Dickey, M. / Hu, S. / Maletic, M. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2008年7月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2018年11月14日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb3e05.ent.gz	255.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3e05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3e05_validation.pdf.gz	497 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3e05_full_validation.pdf.gz	506.6 KB	表示
XML形式データ	3e05_validation.xml.gz	56.8 KB	表示
CIF形式データ	3e05_validation.cif.gz	80.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e0/3e05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6ath-d 5n6p-1 4c9u-2 3l9w-d 1ibs-d 1ova-2 4pim-d 3qlu-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11113e

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

B: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

C: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

D: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

E: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

F: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

G: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

H: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

ヘテロ分子

182 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

D: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

E: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

G: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.2 kDa, 4 ポリマー
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2

B: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

C: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

F: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

H: Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
91.2 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	124.710, 83.451, 149.056
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.72, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	LYS	LYS	A	A	215 - 379	7 - 171
2	1	PRO	PRO	LYS	LYS	B	B	215 - 379	7 - 171
3	1	PRO	PRO	LYS	LYS	C	C	215 - 379	7 - 171
4	1	PRO	PRO	LYS	LYS	D	D	215 - 379	7 - 171
5	1	PRO	PRO	LYS	LYS	E	E	215 - 379	7 - 171
6	1	PRO	PRO	LYS	LYS	F	F	215 - 379	7 - 171
7	1	PRO	PRO	LYS	LYS	G	G	215 - 379	7 - 171
8	1	LEU	LEU	LYS	LYS	H	H	211 - 379	3 - 171
1	2	LYS	LYS	TRP	TRP	A	A	387 - 401	179 - 193
2	2	LYS	LYS	TRP	TRP	B	B	387 - 401	179 - 193
3	2	LYS	LYS	TRP	TRP	C	C	387 - 401	179 - 193
4	2	LYS	LYS	TRP	TRP	D	D	387 - 401	179 - 193
5	2	LYS	LYS	TRP	TRP	E	E	387 - 401	179 - 193
6	2	LYS	LYS	TRP	TRP	F	F	387 - 401	179 - 193
7	2	LYS	LYS	TRP	TRP	G	G	387 - 401	179 - 193
8	2	LYS	LYS	TRP	TRP	H	H	387 - 401	179 - 193

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Precorrin-6Y C5,15-methyltransferase (Decarboxylating) 分子量: 22733.916 Da / 分子数: 8 / 断片: C-terminal domain, residues 211-405 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacter metallireducens (バクテリア) 株: GS-15 / 遺伝子: Gmet_0481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q39YF0, precorrin-6B C5,15-methyltransferase (decarboxylating)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1800MM AMMONIUM TRI-CITRATE, PH 7.0, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K, pH 7.00

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月19日 / 詳細: MIRRORS
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 151124 / % possible obs: 92.3 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 32.206 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7.4
反射シェル	解像度: 1.76→1.82 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.91 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / R_sym value: 0.91 / % possible all: 57.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SHELX		モデル構築
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.941 / SU B: 4.103 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.15 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26179	4038	3 %	RANDOM
R_work	0.21572	-	-	-
obs	0.2171	130412	95.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.223 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.66 Å²	0 Å²	0.46 Å²
2-	-	1.72 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.97 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11831	0	20	537	12388

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	12283
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.309	1.974	16678
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.202	5	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.905	24.674	552
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.96	15	2201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.2	15	77
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	9165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.161	0.3	5532
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.5	8345
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.5	1307
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.134	0.3	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.185	0.5	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.115	2	7881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.409	3	12393
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.84	3	4950
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.973	5	4251
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1155	medium positional	0.22	0.3
1	2	B	1155	medium positional	0.24	0.3
1	3	C	1155	medium positional	0.24	0.3
1	4	D	1155	medium positional	0.23	0.3
1	5	E	1155	medium positional	0.25	0.3
1	6	F	1155	medium positional	0.19	0.3
1	7	G	1155	medium positional	0.26	0.3
1	8	H	1155	medium positional	0.28	0.3
2	1	A	129	medium positional	0.19	0.3
2	2	B	129	medium positional	0.17	0.3
2	3	C	129	medium positional	0.19	0.3
2	4	D	129	medium positional	0.19	0.3
2	5	E	129	medium positional	0.8	0.3
2	6	F	129	medium positional	0.3	0.3
2	7	G	129	medium positional	0.19	0.3
2	8	H	129	medium positional	0.25	0.3
1	1	A	1155	medium thermal	1.54	2.5
1	2	B	1155	medium thermal	2.12	2.5
1	3	C	1155	medium thermal	2.39	2.5
1	4	D	1155	medium thermal	1.4	2.5
1	5	E	1155	medium thermal	1.45	2.5
1	6	F	1155	medium thermal	1.61	2.5
1	7	G	1155	medium thermal	1.48	2.5
1	8	H	1155	medium thermal	2.36	2.5
2	1	A	129	medium thermal	2.05	2.5
2	2	B	129	medium thermal	1.74	2.5
2	3	C	129	medium thermal	1.72	2.5
2	4	D	129	medium thermal	1.34	2.5
2	5	E	129	medium thermal	1.57	2.5
2	6	F	129	medium thermal	1.91	2.5
2	7	G	129	medium thermal	2.19	2.5
2	8	H	129	medium thermal	2.27	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	201	-
R_work	0.331	6967	-
obs	-	-	69.62 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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