PDB-3dyb: proteinase K- digalacturonic acid complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dyb

タイトル

proteinase K- digalacturonic acid complex

要素

Proteinase K

キーワード

HYDROLASE / proteinase K / HEPES / digalacturonic acid / silverbullets / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Center for High-Throughput Structural Biology / CHTSB / Metal-binding / Protease / Serine protease / Zymogen

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Engyodontium album (菌類)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.32 Å

データ登録者

Larson, S.B. / Day, J.S. / McPherson, A. / Cudney, R. / Nguyen, C. / Center for High-Throughput Structural Biology (CHTSB)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2009
タイトル: High-resolution structure of proteinase K cocrystallized with digalacturonic acid.
著者: Larson, S.B. / Day, J.S. / Nguyen, C. / Cudney, R. / McPherson, A.

履歴

登録	2008年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年10月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Atomic model / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年11月17日	Group: Advisory / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_keywords Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_keywords.text
改定 2.2	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dyb.cif.gz	179.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dyb.ent.gz	144.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dyb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dyb_validation.pdf.gz	514.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dyb_full_validation.pdf.gz	517.2 KB	表示
XML形式データ	3dyb_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	3dyb_validation.cif.gz	26.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/3dyb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/3dyb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3prkS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6clb-d 5wjh-d 6cla-d 2g4v-d 4woc-d 3uz5-1 2dqk-d 3de6-d 5wrc-d 5amx-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#184 - 2015年4月グルカゴン (Glucagon) 類似性 (11) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (14)

登録構造単位

A: Proteinase K

ヘテロ分子

29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.720, 67.720, 101.890
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-841- HOH

#1: タンパク質

Proteinase K / Tritirachium alkaline proteinase / Endopeptidase K

分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Engyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K

#2: 多糖

alpha-D-galactopyranuronic acid-(1-4)-alpha-D-galactopyranuronic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 370.263 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGalpAa1-4DGalpAa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2112A-1a_1-5]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-GalpA]{[(4+1)][a-D-GalpA]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

#4: 化合物

ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES

分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

配列の詳細

AUTHORS STATE THAT ACCORDING TO THE ELECTRON DENSITY MAPS, RESIDUE 207 SHOULD BE AN ASP. THIS IS ...

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.02 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5% PEG 3350, 0.1 M HEPES; reservoir of 25% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54178 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月26日 / 詳細: Osmic Mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.32→32.14 Å / Num. all: 53100 / Num. obs: 53026 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 5.33 % / B_iso Wilson estimate: 15.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 11.5
反射シェル	解像度: 1.32→1.37 Å / 冗長度: 1.5 % / R_merge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 2566 / % possible all: 46.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0069	精密化
d*TREK		データ削減
d*TREK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3PRK

3prk

解像度: 1.32→30.36 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.977 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.964 / SU B: 2.839 / SU ML: 0.049 / Isotropic thermal model: ANISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS FOR ALL NON-WATER MOLECULES HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITION AND ADJUSTED TO AVOID STERIC PROBLEMS. OCCUPANCIES FOR HYDROGENS WERE SET TO THE OCCUPANCY OF THE ATOM TO WHICH ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20669	2646	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1579	-	-	-
all	0.16036	49454	-	-
obs	0.16036	49454	92.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.875 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.32→30.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2032	0	42	341	2415

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	2199
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	2067
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.265	1.951	3015
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.674	3	4665
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.234	5	311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.854	23.736	91
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.819	15	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.321	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	335
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	537
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.568	2	1422
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.262	2	601
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.353	4	2281
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.085	4	777
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.315	6	717
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.377	3	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	8.481	3	380
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	4.871	3	2140

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.319-1.353	0.475	67	0.456	1119	0.457	4114	28.83
1.353-1.39	0.474	163	0.394	2876	0.399	3990	76.16
1.39-1.431	0.425	185	0.376	3445	0.379	3874	93.7
1.431-1.475	0.4	198	0.331	3589	0.334	3812	99.34
1.475-1.523	0.406	185	0.297	3441	0.303	3644	99.51
1.523-1.576	0.307	152	0.255	3394	0.257	3560	99.61
1.576-1.636	0.306	162	0.211	3254	0.216	3429	99.62
1.636-1.702	0.266	170	0.177	3139	0.182	3323	99.58
1.702-1.778	0.222	172	0.148	3002	0.152	3188	99.56
1.778-1.864	0.217	157	0.126	2869	0.131	3044	99.41
1.864-1.964	0.178	137	0.115	2755	0.118	2905	99.55
1.964-2.083	0.176	132	0.113	2622	0.116	2764	99.64
2.083-2.226	0.175	142	0.115	2455	0.118	2611	99.46
2.226-2.403	0.145	141	0.117	2279	0.119	2425	99.79
2.403-2.631	0.169	113	0.118	2124	0.12	2248	99.51
2.631-2.939	0.157	108	0.123	1947	0.125	2062	99.66
2.939-3.388	0.159	97	0.118	1730	0.12	1836	99.51
3.388-4.137	0.145	76	0.112	1482	0.114	1563	99.68
4.137-5.797	0.18	50	0.163	1203	0.164	1257	99.68
5.797-30.359	0.179	39	0.224	729	0.222	776	98.97

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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