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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dy4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of yeast 20S proteasome in complex with spirolactacystin | ||||||
![]() | (Proteasome component ...) x 14 | ||||||
![]() | HYDROLASE / Proteasome / Inhibitor / Protein Degradation / Ubiquitin-Proteasome-Pathway / Nucleus / Protease / Threonine protease / Phosphoprotein / Zymogen | ||||||
機能・相同性 | ![]() proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / endopeptidase activator activity / proteasome assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / mRNA binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Groll, M. / Balskus, E. / Jacobsen, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural analysis of spiro beta-lactone proteasome inhibitors. 著者: Groll, M. / Balskus, E.P. / Jacobsen, E.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1005.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Proteasome component ... , 14種, 28分子 AOBPCQDRESFTGUHVIWJXKYLZM1N2
#1: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 27050.416 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 2-245 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 26903.330 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 3-243 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 26544.789 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 9-250 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() #5: タンパク質 | 分子量: 25502.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 26892.482 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 5-248 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() #7: タンパク質 | 分子量: 27316.037 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 10-252 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 23987.254 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 30-251 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 22496.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() #10: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() #11: タンパク質 | 分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 76-287 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() #12: タンパク質 | 分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 20-241 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() #13: タンパク質 | 分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 34-266 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() #14: タンパク質 | 分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 20-215 / 由来タイプ: 天然 詳細: 20S proteasome was prepared from yeast under native conditions 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 2種, 984分子 ![](data/chem/img/SLA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#15: 化合物 | ChemComp-SLA / #16: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
非ポリマーの詳細 | SPIROLACTA配列の詳細 | PROTEASOME | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.02 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 0.1 M MES, 10 % MPD, 20 mM MgAc2, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2007年6月30日 |
放射 | モノクロメーター: LN2 cooled fixed-exit Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→99 Å / Num. all: 259827 / Num. obs: 254111 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.142 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1RYP 解像度: 2.8→15 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 3377439.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 35.0638 Å2 / ksol: 0.353509 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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