PDB-3dwp: Crystal structure of the B-subunit of the AB5 toxin from E. Coli ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dwp

タイトル

Crystal structure of the B-subunit of the AB5 toxin from E. Coli with Neu5Gc

要素

Subtilase cytotoxin, subunit B

キーワード

TOXIN

機能・相同性

OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta / identical protein binding / N-glycolyl-alpha-neuraminic acid / Subtilase SubB

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Byres, E. / Paton, A.W. / Paton, J.C. / Lofling, J.C. / Smith, D.F. / Wilce, M.C.J. / Talbot, U.M. / Chong, D.C. / Yu, H. / Huang, S. ...

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Incorporation of a non-human glycan mediates human susceptibility to a bacterial toxin
著者: Byres, E. / Paton, A.W. / Paton, J.C. / Lofling, J.C. / Smith, D.F. / Wilce, M.C.J. / Talbot, U.M. / Chong, D.C. / Yu, H. / Huang, S. / Chen, X. / Varki, N.M. / Varki, A. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.

履歴

登録	2008年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年11月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dwp.cif.gz	132.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dwp.ent.gz	108.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dwp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/3dwp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/3dwp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dwaC 3dwqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3dwa-d 3dwq-d 5whu-2 5deq-d 3e4q-d 6p4r-d 5whv-2 7o21-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Subtilase cytotoxin, subunit B

B: Subtilase cytotoxin, subunit B

C: Subtilase cytotoxin, subunit B

D: Subtilase cytotoxin, subunit B

E: Subtilase cytotoxin, subunit B

ヘテロ分子

73 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	96.900, 96.900, 165.622
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: GLU / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 115 / Label seq-ID: 1 - 115

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D
5	E	E

#1: タンパク質

Subtilase cytotoxin, subunit B / SubB

分子量: 14033.598 Da / 分子数: 5 / 断片: residues in database 24-141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: subB / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ZTX8

#2: 糖

ChemComp-NGC / N-glycolyl-alpha-neuraminic acid / N-glycolylneuraminic acid / N-グリコリル-α-ノイラミン酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 325.269 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₁H₁₉NO₁₀

識別子	タイプ	プログラム
DNeup5Gca	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-glycolyl-a-D-neuraminic acid	COMMON NAME	GMML 1.0
a-D-Neup5Gc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
Neu5Gc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 化合物

ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル

分子量: 238.278 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.55 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 16% PEG 3350, 100mM sodium cacodylate, 200mM ammonium fluoride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.2→83.92 Å / Num. obs: 39693
反射シェル	解像度: 2.2→2.32 Å

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.2→23.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / SU B: 5.134 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23992	2019	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18818	-	-	-
obs	0.19081	37666	89.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.463 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	-0.3 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.9 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4532	0	190	480	5202

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	4857
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.468	1.965	6589
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.162	5	581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.922	23.814	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.078	15	703
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.377	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3625
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	2340
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.303	0.2	3295
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.204	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.203	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.704	1.5	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.205	2	4685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.629	3	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.569	4.5	1904
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 884 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	medium positional	0.33	0.5
2	B	medium positional	0.4	0.5
3	C	medium positional	0.36	0.5
4	D	medium positional	0.4	0.5
5	E	medium positional	0.37	0.5
1	A	medium thermal	0.92	2
2	B	medium thermal	0.91	2
3	C	medium thermal	0.86	2
4	D	medium thermal	0.82	2
5	E	medium thermal	0.78	2

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.298	160	-
R_work	0.233	2905	-
obs	-	-	93.19 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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