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- PDB-3dwp: Crystal structure of the B-subunit of the AB5 toxin from E. Coli ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dwp
タイトルCrystal structure of the B-subunit of the AB5 toxin from E. Coli with Neu5Gc
要素Subtilase cytotoxin, subunit B
キーワードTOXIN
機能・相同性OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #110 / Enterotoxin / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta / identical protein binding / N-glycolyl-alpha-neuraminic acid / Subtilase SubB
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Byres, E. / Paton, A.W. / Paton, J.C. / Lofling, J.C. / Smith, D.F. / Wilce, M.C.J. / Talbot, U.M. / Chong, D.C. / Yu, H. / Huang, S. ...Byres, E. / Paton, A.W. / Paton, J.C. / Lofling, J.C. / Smith, D.F. / Wilce, M.C.J. / Talbot, U.M. / Chong, D.C. / Yu, H. / Huang, S. / Chen, X. / Varki, N.M. / Varki, A. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2008
タイトル: Incorporation of a non-human glycan mediates human susceptibility to a bacterial toxin
著者: Byres, E. / Paton, A.W. / Paton, J.C. / Lofling, J.C. / Smith, D.F. / Wilce, M.C.J. / Talbot, U.M. / Chong, D.C. / Yu, H. / Huang, S. / Chen, X. / Varki, N.M. / Varki, A. / Rossjohn, J. / Beddoe, T.
履歴
登録2008年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Subtilase cytotoxin, subunit B
B: Subtilase cytotoxin, subunit B
C: Subtilase cytotoxin, subunit B
D: Subtilase cytotoxin, subunit B
E: Subtilase cytotoxin, subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,98615
ポリマ－70,1685
非ポリマー2,81810
水8,647480
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13160 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area21860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.900, 96.900, 165.622
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 115 / Label seq-ID: 1 - 115

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE

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要素

#1: タンパク質
Subtilase cytotoxin, subunit B / SubB


分子量: 14033.598 Da / 分子数: 5 / 断片: residues in database 24-141 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: subB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ZTX8
#2: 糖
ChemComp-NGC / N-glycolyl-alpha-neuraminic acid / N-glycolylneuraminic acid / sialic acid / 3,5-dideoxy-5-[(hydroxyacetyl)amino]-D-glycero-alpha-D-galacto-non-2-ulopyranosonic acid / N-グリコリル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 325.269 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO10
識別子タイププログラム
DNeup5GcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-glycolyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5GcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5GcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 16% PEG 3350, 100mM sodium cacodylate, 200mM ammonium fluoride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→83.92 Å / Num. obs: 39693
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→23.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 5.134 / SU ML: 0.131 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23992 2019 5.1 %RANDOM
Rwork0.18818 ---
obs0.19081 37666 89.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.463 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å2-0.3 Å20 Å2
2---0.6 Å20 Å2
3---0.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→23.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4532 0 190 480 5202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224857
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4681.9656589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1625581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.92223.814194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.07815703
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3771515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.22340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.23295
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2040.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2030.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7041.52959
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.20524685
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62932205
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5694.51904
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 884 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Amedium positional0.330.5
2Bmedium positional0.40.5
3Cmedium positional0.360.5
4Dmedium positional0.40.5
5Emedium positional0.370.5
1Amedium thermal0.922
2Bmedium thermal0.912
3Cmedium thermal0.862
4Dmedium thermal0.822
5Emedium thermal0.782
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 160 -
Rwork0.233 2905 -
obs--93.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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