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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dwm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis CysO, an antigen | ||||||
要素 | 9.5 kDa culture filtrate antigen cfp10A | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / Ubiquitin like / Sulfur carrier protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Cysteine synthesis from O-phosphoserine / cysteine biosynthetic process / protein-containing complex / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.69 Å | ||||||
データ登録者 | Jurgenson, C.T. / Burns, K.E. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008 タイトル: Crystal structure of a sulfur carrier protein complex found in the cysteine biosynthetic pathway of Mycobacterium tuberculosis. 著者: Jurgenson, C.T. / Burns, K.E. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dwm.cif.gz | 43.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dwm.ent.gz | 30.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dwm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/3dwm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dw/3dwm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Refine code: 2
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9564.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: cfp10A, Rv1335, MT1376.1, MTCY130.20 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A646, UniProt: P9WP33*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.83 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M NaNO3, 20% w/v PEG 3350, plus Rv3206 in a 1:1 mass ratio, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年3月14日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.69→39.97 Å / Num. obs: 5022 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.145 / Net I/σ(I): 14.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.69→2.76 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Rsym value: 0.392 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 3DWG, chain C 解像度: 2.69→39.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 13.295 / SU ML: 0.264 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.359 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.931 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.69→39.97 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.69→2.76 Å / Total num. of bins used: 20
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