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- PDB-3dwl: Crystal Structure of Fission Yeast Arp2/3 Complex Lacking the Arp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dwl
タイトルCrystal Structure of Fission Yeast Arp2/3 Complex Lacking the Arp2 Subunit
要素
  • (Actin-related protein 2/3 complex subunit ...) x 5
  • Actin-related protein 3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PROPELLOR / Actin-binding / ATP-binding / Cytoskeleton / Nucleotide-binding / WD repeat
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch organization / Neutrophil degranulation / cell cortex of cell tip / actin cortical patch assembly / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cell tip ...Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Clathrin-mediated endocytosis / actin cortical patch organization / Neutrophil degranulation / cell cortex of cell tip / actin cortical patch assembly / Arp2/3 protein complex / Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / cell tip / actin cortical patch / regulation of actin filament polymerization / mating projection tip / cortical actin cytoskeleton organization / establishment or maintenance of cell polarity / cell division site / mitotic cytokinesis / actin filament polymerization / structural constituent of cytoskeleton / endocytosis / actin filament binding / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Yope Regulator; Chain: A, - #20 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / ARP2/3 complex 16 kDa subunit (p16-Arc) / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 superfamily / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #160 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Yope Regulator; Chain: A, - #20 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / ARP2/3 complex 16 kDa subunit (p16-Arc) / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 superfamily / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / Arp2/3 complex subunit 2/4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 superfamily / Arp2/3 complex, 34 kD subunit p34-Arc / ARP2/3 complex ARPC3 (21 kDa) subunit / ARP2/3 complex 20 kDa subunit (ARPC4) / Yope Regulator; Chain: A, / Arc Repressor Mutant, subunit A / ATPase, substrate binding domain, subdomain 4 / Actin; Chain A, domain 4 / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / ATPase, nucleotide binding domain / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / Actin/actin-like conserved site / Actins and actin-related proteins signature. / Actin / Actin family / Actin / Helix non-globular / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Special / ATPase, nucleotide binding domain / Alpha Horseshoe / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Actin-related protein 3 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Nolen, B.J. / Pollard, T.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure and biochemical properties of fission yeast arp2/3 complex lacking the arp2 subunit.
著者: Nolen, B.J. / Pollard, T.D.
履歴
登録2008年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Actin-related protein 3
C: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1
D: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2
E: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
F: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4
G: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5
B: Actin-related protein 3
H: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1
I: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2
J: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
K: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4
L: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)366,05714
ポリマ－365,04312
非ポリマー1,0142
水00
1
A: Actin-related protein 3
C: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1
D: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2
E: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
F: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4
G: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,0297
ポリマ－182,5216
非ポリマー5071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11770 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area54020 Å2
手法PISA
2
B: Actin-related protein 3
H: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1
I: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2
J: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3
K: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4
L: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,0297
ポリマ－182,5216
非ポリマー5071
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11850 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area53970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)218.967, 218.967, 315.049
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22H
13D
23I
14E
24J
15F
25K
16G
26L

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERILEILEAA3 - 4223 - 422
21SERSERILEILEBG3 - 4223 - 422
12ALAALALEULEUCB2 - 3772 - 377
22ALAALALEULEUHH2 - 3772 - 377
13METMETGLUGLUDC1 - 3031 - 303
23METMETGLUGLUII1 - 3031 - 303
14ILEILELYSLYSED44 - 17244 - 172
24ILEILELYSLYSJJ44 - 17244 - 172
15ASNASNPHEPHEFE3 - 1683 - 168
25ASNASNPHEPHEKK3 - 1683 - 168
16VALVALARGARGGF32 - 14932 - 149
26VALVALARGARGLL32 - 14932 - 149

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
Actin-related protein 2/3 complex subunit ... , 5種, 10分子 CHDIEJFKGL

#2: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 1 / Arp2/3 complex 41 kDa subunit / p41-ARC


分子量: 41643.465 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: TM011 / 参照: UniProt: P78774
#3: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 2 / Arp2/3 complex 34 kDa subunit / p34-ARC


分子量: 37025.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: TM011 / 参照: UniProt: O14241
#4: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 3 / Arp2/3 complex 21 kDa subunit / p21-ARC


分子量: 19865.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: TM011 / 参照: UniProt: Q9Y7J4
#5: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 4 / Arp2/3 complex 20 kDa / p20-ARC


分子量: 19637.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: TM011 / 参照: UniProt: Q92352
#6: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 5 / Arp2/3 complex 16 kDa subunit / p16-ARC


分子量: 16922.059 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: TM011 / 参照: UniProt: Q10316

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Actin-related protein 3 / Actin-like protein 3


分子量: 47427.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 株: TM011 / 参照: UniProt: P32390
#7: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.22 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 750 mM ammonium sulfate 50 mM sodium citrate 7 % glycerol, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.78→29 Å / Num. all: 73308 / Num. obs: 72502 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Rsym value: 0.198 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 3.775→3.872 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.495 / % possible all: 92.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1k8k

1k8k


解像度: 3.78→29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.807 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.789 / SU B: 89.208 / SU ML: 0.611 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.673 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.34367 3847 5 %RANDOM
Rwork0.3237 ---
obs0.32469 72502 98.94 %-
all-73308 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.78→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18643 0 62 0 18705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02219089
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0421.92526106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.15252563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.88423.878735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.758152406
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8991584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.23083
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0214676
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.28172
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.213045
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2556
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3230.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2470.23
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4331.513206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.797220300
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.84536712
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5054.55806
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A2556tight positional0.020.05
2C2261tight positional0.010.05
3D2029tight positional0.020.05
4E398tight positional0.010.05
5F1293tight positional0.020.05
6G791tight positional0.020.05
1A2556tight thermal0.020.5
2C2261tight thermal0.090.5
3D2029tight thermal0.020.5
4E398tight thermal0.020.5
5F1293tight thermal0.030.5
6G791tight thermal0.020.5
LS精密化 シェル解像度: 3.775→3.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.374 254 -
Rwork0.36 4843 -
obs--92.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8469-1.7594-0.82092.37370.30752.9797-0.0604-0.1347-0.14360.28370.08210.2489-0.1289-0.8065-0.0217-0.49540.06070.01710.1789-0.0103-0.368354.042-86.807-6.68
24.92731.2239-0.71441.5894-0.12231.40650.25640.02170.4643-0.0873-0.08040.3288-0.1982-0.1605-0.176-0.30080.1365-0.0129-0.1215-0.0258-0.242534.808-106.239-73.534
32.6721-0.51190.89313.2302-1.12484.11910.0964-0.511-0.5946-0.0012-0.0160.56580.3697-0.4696-0.0804-0.4299-0.05630.0358-0.15040.1758-0.09442.564-142.441-41.278
42.36960.1591.02341.03410.28211.6583-0.07670.03510.1422-0.03830.1908-0.08520.06390.1549-0.1141-0.45150.0137-0.0151-0.10540.0089-0.369588.151-86.72-12.266
53.12710.7704-0.20260.1898-0.04990.01310.46260.38270.8329-0.7804-1.2750.5474-0.61970.17540.81240.45381.0380.14521.54470.01940.578919.508-60.916-10.419
63.22693.80341.96427.58883.56191.69610.0632-0.36-0.08240.2850.0344-0.0550.03390.1723-0.0976-0.48380.17170.004-0.08880.0497-0.437271.094-120-32.4
716.0577-4.6582-3.01455.68822.05193.6496-0.1022-0.0615-0.6051-0.12830.367-0.34450.7995-0.2247-0.2648-0.29360.0679-0.0575-0.3538-0.0581-0.453781.427-140.123-49.637
82.6054-0.37760.212.20760.01255.74940.43340.34940.4586-0.1881-0.0620.3988-2.0459-1.6488-0.37140.72911.04890.33760.61920.19070.048243.788-50.165-39.19
91.82680.093-0.16051.87081.62553.5362-0.03260.02150.0399-0.28710.1595-0.3672-0.22670.2859-0.1268-0.21830.16380.0648-0.20970.0115-0.218967.732-107.754-87.091
106.504-1.0485-5.77182.7233-0.00345.46350.3297-0.5654-0.66490.21420.33280.13410.3469-0.3244-0.6626-0.3934-0.0998-0.10760.65330.51750.36812.859-128.145-52.733
111.3328-0.9789-1.87286.0726.13736.86750.26990.34310.3061-0.51170.2242-0.3235-0.6211-0.3364-0.4941-0.14420.17640.15010.05660.0671-0.254665.613-75.01-60.575
1214.79643.1929-5.44533.9725-2.517210.73850.3355-0.52220.63080.3349-0.3332-1.1347-1.84891.4494-0.00230.4023-0.23620.29050.1767-0.22860.047482.985-54.999-51.148
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 4223 - 422
2X-RAY DIFFRACTION2BG4 - 4224 - 422
3X-RAY DIFFRACTION3CB6 - 3756 - 375
4X-RAY DIFFRACTION4DC1 - 3011 - 301
5X-RAY DIFFRACTION5ED44 - 17244 - 172
6X-RAY DIFFRACTION6FE3 - 1683 - 168
7X-RAY DIFFRACTION7GF32 - 14832 - 148
8X-RAY DIFFRACTION8HH13 - 36913 - 369
9X-RAY DIFFRACTION9II1 - 3001 - 300
10X-RAY DIFFRACTION10JJ44 - 17244 - 172
11X-RAY DIFFRACTION11KK3 - 1683 - 168
12X-RAY DIFFRACTION12LL38 - 14838 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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