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万見
- PDB-3dvv: Crystal structure of HIV-1 subtype F DIS extended duplex RNA boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dvv
タイトルCrystal structure of HIV-1 subtype F DIS extended duplex RNA bound to ribostamycin (U267OMe)
要素HIV-1 genomic RNA
キーワードRNA / HIV-1 / antibiotic / aminoglycoside
機能・相同性: / RIBOSTAMYCIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Ennifar, E. / Dumas, P. / Olieric, V.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: A fast strategy for Selenium derivatization and phasing of RNA structures
著者: Olieric, V. / Rieder, U. / Lang, K. / Serganov, A. / Schulze-Brise, C. / Micura, R. / Dumas, P. / Ennifar, E.
履歴
登録2008年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 genomic RNA
B: HIV-1 genomic RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9029
ポリマ－14,8012
非ポリマー1,1017
水79344
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area8360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.703, 30.489, 58.004
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 HIV-1 genomic RNA


分子量: 7400.499 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-RIO / RIBOSTAMYCIN / 5-AMINO-2-AMINOMETHYL-6-[4,6-DIAMINO-2-(3,4-DIHYDROXY-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-2-YLOXY)-3-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY ]-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4-DIOL / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-hydroxy-2-(beta-D-ribofuranosyloxy)cyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranoside


分子量: 454.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H34N4O10 / コメント: 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.17 %
結晶化温度: 310 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: MPD, cacodylate, MgCl2, KCl, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 310K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2cacodylate11
3MgCl211
4KCl11
5MPD12
6cacodylate'12
7MgCl212
8KCl12

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 10096 / Num. obs: 9829 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 29
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 8 % / Mean I/σ(I) obs: 9.8 / Num. unique all: 971 / Rsym value: 0.309 / % possible all: 91.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3C3Z

3c3z


解像度: 2→18.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Data cutoff high absF: 741857.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 795 8.1 %RANDOM
Rwork0.268 ---
obs0.268 9635 96.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.979 Å2 / ksol: 0.358534 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.14 Å20 Å21.36 Å2
2--14.78 Å20 Å2
3----12.64 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.43 Å0.4 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→18.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 980 67 44 1091
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d12.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d5.59
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 121 7.5 %
Rwork0.425 1488 -
obs--96.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION2luc.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4OMU_xplor.paramOMU_xplor.top
X-RAY DIFFRACTION5ribostamycine.paramribostamycine.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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