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万見
- PDB-3dvu: Crystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 B... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dvu
タイトルCrystal structure of the complex of murine gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11 and the Beclin 1 BH3 domain
要素
  • Beclin-1
  • V-bcl-2
キーワードViral Protein/apoptosis / AUTOPHAGY / PROTEIN-PROTEIN COMPLEX / VIRAL BCL-2 / BECLIN 1 / APOPTOSIS / M11 / ANTIVIRAL DEFENSE / BH3 DOMAIN / Coiled coil / Cytoplasm / Golgi apparatus / Membrane / Polymorphism / Viral Protein-apoptosis COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to aluminum ion / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of lysosome organization / engulfment of apoptotic cell ...cellular response to aluminum ion / positive regulation of stress granule assembly / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III / cellular response to oxygen-glucose deprivation / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type II / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class III, type I / response to mitochondrial depolarisation / positive regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of lysosome organization / engulfment of apoptotic cell / positive regulation of autophagosome assembly / symbiont-mediated suppression of host autophagy / early endosome to late endosome transport / cytoplasmic side of mitochondrial outer membrane / negative regulation of autophagosome assembly / symbiont-mediated suppression of host apoptosis / receptor catabolic process / protein targeting to lysosome / SMAD protein signal transduction / late endosome to vacuole transport / phagophore assembly site / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / cellular response to nitrogen starvation / negative regulation of programmed cell death / lysosome organization / response to vitamin E / mitotic metaphase chromosome alignment / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / Macroautophagy / response to iron(II) ion / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / RSV-host interactions / p38MAPK cascade / autophagosome assembly / autophagosome maturation / amyloid-beta metabolic process / regulation of macroautophagy / neuron development / cellular defense response / phosphatidylinositol 3-kinase binding / cellular response to glucose starvation / mitophagy / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / phagocytic vesicle / JNK cascade / positive regulation of autophagy / autophagosome / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to amino acid starvation / cellular response to copper ion / regulation of cytokinesis / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / macroautophagy / trans-Golgi network / circadian rhythm / response to lead ion / ISG15 antiviral mechanism / autophagy / cellular response to hydrogen peroxide / GTPase binding / protein-containing complex assembly / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / regulation of apoptotic process / protein-macromolecule adaptor activity / defense response to virus / molecular adaptor activity / host cell cytoplasm / response to hypoxia / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / regulation of autophagy / nuclear body / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / cell division / apoptotic process / dendrite / ubiquitin protein ligase binding / protein kinase binding / endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of apoptotic process / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / endoplasmic reticulum / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator M11 / Apoptosis regulator M11, B cell 2 leukaemia/lymphoma like / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region ...Apoptosis regulator M11 / Apoptosis regulator M11, B cell 2 leukaemia/lymphoma like / Beclin-1, BH3 domain / Beclin-1 BH3 domain, Bcl-2-interacting / Atg6/Beclin / Atg6/Beclin C-terminal domain superfamily / Atg6, BARA domain / Atg6/beclin, coiled-coil domain / Apg6 BARA domain / Apg6 coiled-coil region / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator Bcl-2 homolog / Beclin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Sinha, S.
引用ジャーナル: Autophagy / 年: 2008
タイトル: Molecular basis of the regulation of Beclin 1-dependent autophagy by the gamma-herpesvirus 68 Bcl-2 homolog M11.
著者: Sinha, S. / Colbert, C.L. / Becker, N. / Wei, Y. / Levine, B.
履歴
登録2008年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: V-bcl-2
B: V-bcl-2
C: Beclin-1
D: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9964
ポリマ－38,9964
非ポリマー00
水1,69394
1
A: V-bcl-2
C: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4982
ポリマ－19,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area7940 Å2
手法PISA
2
B: V-bcl-2
D: Beclin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,4982
ポリマ－19,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area7840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.424, 53.134, 64.059
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.67, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 V-bcl-2 / Bcl-2 homolog / Gene 16? / M11


分子量: 16652.883 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 2-136 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murid herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: v-bcl-2, GAMMAHV.M11, M11 / プラスミド: pET21(d+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P89884
#2: タンパク質・ペプチド Beclin-1 / Coiled-coil myosin-like BCL2-interacting protein / Protein GT197


分子量: 2845.193 Da / 分子数: 2 / 断片: BH3 domain, residues 105-130 / 由来タイプ: 合成
詳細: Peptide synthesis; The peptide corresponding to human Beclin 1 residues 105-130 was chemically synthesized.
参照: UniProt: Q14457
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 20% PEG 3350, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, 10mM magnesium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97874 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97874 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 22424 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 33.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rsym value: 0.156 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 1394 / Rsym value: 0.42

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2ABO with residues 52-73 removed.

2abo


解像度: 2.5→19.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.011 / Data cutoff high absF: 1493683.82 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 551 5.5 %RANDOM
Rwork0.226 ---
obs0.226 9936 95.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.2445 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 66.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.35 Å20 Å2-24.67 Å2
2---4.67 Å20 Å2
3----12.69 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.33 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2484 0 0 94 2578
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.88
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.362.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it4.023
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.613
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.494.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.036 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 96 6.7 %
Rwork0.33 1335 -
obs-1911 82.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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