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万見
- PDB-3dug: Crystal structure of zn-dependent arginine carboxypeptidase compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dug
タイトルCrystal structure of zn-dependent arginine carboxypeptidase complexed with zinc
要素ZN-DEPENDENT ARGININE CARBOXYPEPTIDASE
キーワードHYDROLASE / UNKNOWN SOURCE / AMIDOHYDROLASE / SARGASSO SEA / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Metal-dependent hydrolases / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta / ARGININE
機能・相同性情報
生物種unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Freeman, J. / Iizuka, M. / Bain, K. / Rodgers, L. / Raushel, F. / Sauder, J.M. ...Patskovsky, Y. / Ramagopal, U.A. / Toro, R. / Meyer, A.J. / Freeman, J. / Iizuka, M. / Bain, K. / Rodgers, L. / Raushel, F. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Functional identification of incorrectly annotated prolidases from the amidohydrolase superfamily of enzymes.
著者: Xiang, D.F. / Patskovsky, Y. / Xu, C. / Meyer, A.J. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / Raushel, F.M.
履歴
登録2008年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22018年11月14日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ZN-DEPENDENT ARGININE CARBOXYPEPTIDASE
B: ZN-DEPENDENT ARGININE CARBOXYPEPTIDASE
C: ZN-DEPENDENT ARGININE CARBOXYPEPTIDASE
D: ZN-DEPENDENT ARGININE CARBOXYPEPTIDASE
E: ZN-DEPENDENT ARGININE CARBOXYPEPTIDASE
F: ZN-DEPENDENT ARGININE CARBOXYPEPTIDASE
G: ZN-DEPENDENT ARGININE CARBOXYPEPTIDASE
H: ZN-DEPENDENT ARGININE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,30858
ポリマ－355,8928
非ポリマー4,41650
水5,152286
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30490 Å2
ΔGint-863 kcal/mol
Surface area108870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.325, 146.040, 255.646
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F
71G
81H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 56 - 398 / Label seq-ID: 58 - 400

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
3CC
4DD
5EE
6FF
7GG
8HH

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要素

#1: タンパク質
ZN-DEPENDENT ARGININE CARBOXYPEPTIDASE


分子量: 44486.523 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義)
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 286 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.73 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100MM SUCCINIC ACID PH 7.0, 15% PEG 3350, 5MM ZINC SULFATE, 10% GLYCEROL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, REMARK TEMPERATURE 294K, pH 7.00

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月21日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.62→50 Å / Num. obs: 127892 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 4.1
反射 シェル解像度: 2.62→2.71 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BE7

3be7


解像度: 2.62→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 15.487 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.615 / ESU R Free: 0.313 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26364 3808 3 %RANDOM
Rwork0.23008 ---
obs0.23106 122571 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 75.913 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.5 Å20 Å20 Å2
2--3.31 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.62→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24026 0 188 286 24500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.02224636
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1751.95233217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.94453169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.9624.8751083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.842154411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.33415133
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.23766
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0218327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1410.311946
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.516634
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.51502
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1910.354
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2660.55
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.259216000
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.682325037
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.09939524
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.68958169
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2560 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1Atight positional0.070.1
2Btight positional0.060.1
3Ctight positional0.070.1
4Dtight positional0.060.1
5Etight positional0.070.1
6Ftight positional0.070.1
7Gtight positional0.060.1
8Htight positional0.070.1
1Atight thermal1.815
2Btight thermal1.855
3Ctight thermal1.945
4Dtight thermal1.955
5Etight thermal1.865
6Ftight thermal2.155
7Gtight thermal1.895
8Htight thermal2.265
LS精密化 シェル解像度: 2.62→2.687 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.44 271 -
Rwork0.419 8466 -
obs--94.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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