PDB-3dty: Crystal structure of an Oxidoreductase from Pseudomonas syringae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dty

タイトル

Crystal structure of an Oxidoreductase from Pseudomonas syringae

要素

Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

キーワード

OXIDOREDUCTASE / GFO/IDH/MOCA / MgCl2 / tetramer / psi-2 / 11131 / NYSGXRC / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Eswaramoorthy, S. / Mahmood, A. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an Oxidoreductase from Pseudomonas syringae
著者: Eswaramoorthy, S. / Mahmood, A. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.

履歴

登録	2008年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dty.cif.gz	309.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dty.ent.gz	251.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/3dty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/3dty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3v5n-d 2fbp-1 1fpk-1 5med-d 1u6z-d 1y10-d 5mef-d 1yxi-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11131g

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

B: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

D: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

E: Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family

ヘテロ分子

179 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.281, 80.930, 110.544
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 93.63, 90.0
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Oxidoreductase, Gfo/Idh/MocA family 分子量: 44767.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. tomato (バクテリア) 遺伝子: PSPTO3019, PSPTO_3019 / プラスミド: BC-pSGX3 (BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) CODON+RIL / 参照: UniProt: Q880Y1
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 897 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, HEPES, MgCl2 and KCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 0.9788 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月29日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→50 Å / Num. all: 104600 / Num. obs: 104600 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / B_iso Wilson estimate: 7.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 8.9
反射シェル	解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.456 / Num. unique all: 10006 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CBASS		データ収集
SHELX	& SHARP	モデル構築
CNS	1.1	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELX	& SHARP	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.04→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2177	4035	-	RANDOM
R_work	0.1925	-	-	-
obs	0.1925	99888	94.4 %	-
all	-	99888	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.84 Å²	0 Å²	1.13 Å²
2-	-	-0.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.24 Å	0.21 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.18 Å	0.15 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11448	0	4	897	12349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.006
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	23
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	0.78

LS精密化シェル

解像度: 2.04→2.17 Å / R_factor R_free error: 0.01

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	641	-
R_work	0.216	-	-
obs	-	14892	88.8 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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