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- PDB-3dtv: Crystal structure of arylmalonate decarboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dtv
タイトルCrystal structure of arylmalonate decarboxylase
要素(Arylmalonate ...) x 3
キーワードLYASE / ENANTIOSELECTIVE DECARBOXYLATION / Decarboxylase
機能・相同性
機能・相同性情報


arylmalonate decarboxylase / arylmalonate decarboxylase activity
類似検索 - 分子機能
Maleate isomerase/Arylmalonate decarboxylase / Arylmalonate decarboxylase / Rossmann fold - #12500 / Ribulose-phosphate binding barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-MERCAPTOETHANOL / Arylmalonate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Nakasako, M. / Obata, R. / Miyamaoto, K. / Ohta, H.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural Basis for Inverting the Enantioselectivity of Arylmalonate Decarboxylase Revealed by the Structural Analysis of the Gly74Cys/Cys188Ser Mutant in the Liganded Form
著者: Obata, R. / Nakasako, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2008
タイトル: Crystallization and preliminary X-ray diffraction experiments of arylmalonate decarboxylase from Alcaligenes bronchisepticus
著者: Nakasako, M. / Obata, R. / Okubo, R. / Nakayama, S. / Miyamoto, K. / Ohta, H.
履歴
登録2008年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arylmalonate decarboxylase
B: Arylmalonate decarboxylase
C: Arylmalonate decarboxylase
D: Arylmalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,65719
ポリマ－99,2504
非ポリマー1,40715
水6,539363
1
A: Arylmalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2326
ポリマ－24,7551
非ポリマー4765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA, PQS
2
B: Arylmalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2906
ポリマ－24,8311
非ポリマー4585
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA, PQS
3
C: Arylmalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1164
ポリマ－24,8311
非ポリマー2843
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA, PQS
4
D: Arylmalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0203
ポリマ－24,8311
非ポリマー1882
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA, PQS
5
A: Arylmalonate decarboxylase
ヘテロ分子

B: Arylmalonate decarboxylase
ヘテロ分子

D: Arylmalonate decarboxylase
ヘテロ分子

C: Arylmalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,65719
ポリマ－99,2504
非ポリマー1,40715
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
crystal symmetry operation2_554-x+1/2,-y,z-1/21
crystal symmetry operation3_646-x+1,y-1/2,-z+3/21
Buried area10760 Å2
ΔGint-178 kcal/mol
Surface area31810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.630, 99.321, 140.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THOUGH FOUR MOLECULES OCCUPIED THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT, SMALL-ANGLE X=RAY SCATTERING MEASUREMENT OF THE ENZYME SOLUTION REVEALED THAT THE FUNCTIONAL UNIT OF THE ENZYME IN SOLUTION WAS MONOMER. THIS POINT IS REPORTED IN REFERENCE 1 OF REMARK 1

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要素

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Arylmalonate ... , 3種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Arylmalonate decarboxylase / AMDase


分子量: 24755.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
株: KU1201 / プラスミド: pAMD 101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha-MCR / 参照: UniProt: Q05115, arylmalonate decarboxylase
#2: タンパク質 Arylmalonate decarboxylase / AMDase


分子量: 24831.475 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
プラスミド: pAMD 101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha-MCR / 参照: UniProt: Q05115, arylmalonate decarboxylase
#3: タンパク質 Arylmalonate decarboxylase / AMDase


分子量: 24831.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
プラスミド: pAMD 101 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha-MCR / 参照: UniProt: Q05115, arylmalonate decarboxylase

-
非ポリマー , 4種, 378分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.58 % / 解説: DATA WERE COLLECTED USING THE OSCIALLTION METHOD
結晶化温度: 293 K / pH: 8
詳細: 1.5M ammonium sulfate, 12%(W/V) glycerol, 0.1M Tris-HCl pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 68279 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 32.4
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
直接法モデル構築
MLPHARE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 9.949 / SU ML: 0.133 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.64 / ESU R Free: 0.171
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3386 5 %RANDOM
Rwork0.193 ---
obs0.195 64363 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.63 Å20 Å20 Å2
2---0.36 Å20 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6628 0 78 363 7069
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0226798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5532.0059251
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.775908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.2421.949236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.658151007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.8761567
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.21100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025059
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2350.33367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.54705
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.5619
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1890.3149
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2280.552
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.96124625
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.17637201
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.64422402
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.85632050
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 248 -
Rwork0.225 4618 -
obs--98.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61410.22480.10070.94140.75231.0671-0.068-0.02110.0619-0.12720.08730.0958-0.15830.1447-0.01930.0328-0.0302-0.0228-0.04570.0114-0.052224.4885.206983.4397
20.46590.05260.22541.0413-0.35360.2478-0.044-0.0774-0.0496-0.10830.16110.1810.05860.0231-0.11710.0449-0.01570.0093-0.04660.057-0.021733.999541.878982.5875
30.57770.4676-0.24261.1214-0.25440.301-0.12240.17720.0433-0.0510.1680.08040.0358-0.1068-0.04560.0073-0.0242-0.01270.01150.0201-0.075736.121425.5615116.3112
40.4141-0.2854-0.02190.73220.28750.5573-0.0723-0.08910.1179-0.03990.1132-0.2306-0.01530.0447-0.0409-0.0147-0.00640.0039-0.032-0.0570.018524.723330.833156.0455
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 238
3X-RAY DIFFRACTION3C7 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 240

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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