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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dtu | ||||||
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タイトル | Catalytic core subunits (I and II) of cytochrome c oxidase from Rhodobacter sphaeroides complexed with deoxycholic acid | ||||||
![]() | (Cytochrome c oxidase subunit ...) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / TRANSMEMBRANE PROTEIN COMPLEX / deoxycholic acid / Copper / Electron transport / Heme / Hydrogen ion transport / Ion transport / Iron / Membrane / Metal-binding / Respiratory chain / Transmembrane / Transport | ||||||
機能・相同性 | ![]() respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase activity / : / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / copper ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Qin, L. / Mills, D.A. / Buhrow, L. / Hiser, C. / Ferguson-Miller, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A conserved steroid binding site in cytochrome C oxidase. 著者: Qin, L. / Mills, D.A. / Buhrow, L. / Hiser, C. / Ferguson-Miller, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 362.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 288.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 68.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 94.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2gsmS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-Cytochrome c oxidase subunit ... , 2種, 4分子 ACBD
#1: タンパク質 | 分子量: 63195.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 37delta4 / 遺伝子: ctaD / プラスミド: PRK415 / 発現宿主: ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 29365.385 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 26-281 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 37delta4 / 遺伝子: ctaC, coxII, ctaB / プラスミド: PRK415 / 発現宿主: ![]() |
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-糖 , 1種, 9分子 ![](data/chem/img/DMU.gif)
#3: 糖 | ChemComp-DMU / |
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-非ポリマー , 11種, 684分子 ![](data/chem/img/CU.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/OH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HEA.gif)
![](data/chem/img/TRD.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/HTO.gif)
![](data/chem/img/DXC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/OH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HEA.gif)
![](data/chem/img/TRD.gif)
![](data/chem/img/CD.gif)
![](data/chem/img/HTO.gif)
![](data/chem/img/DXC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-CU / #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-HEA / #10: 化合物 | ChemComp-TRD / #11: 化合物 | ChemComp-CD / #12: 化合物 | ChemComp-HTO / | #13: 化合物 | ChemComp-DXC / ( | #14: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.68 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 24% PEG-400, 5mM deoxycholic acid , pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 150058 / Num. obs: 145257 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 21.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.33 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 11510 / % possible all: 77.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: PDB entry 2GSM 解像度: 2.15→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU B: 3.842 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: (1) THERE IS A COVALENT LINKAGE BETWEEN NE2 OF HIS284 OF SUBUNIT I AND CE2 OF TYR288 OF SUBUNIT I. (2) THERE IS RESIDUAL DENSITY IN (FO-FC) DIFFERENCE FOURIER MAP AT THE MAGNESIUM SITES IN ...詳細: (1) THERE IS A COVALENT LINKAGE BETWEEN NE2 OF HIS284 OF SUBUNIT I AND CE2 OF TYR288 OF SUBUNIT I. (2) THERE IS RESIDUAL DENSITY IN (FO-FC) DIFFERENCE FOURIER MAP AT THE MAGNESIUM SITES IN BOTH MOLECULES AND THE B-FACTOR FOR EACH MAGNESIUM ION IS UNUSUALLY LOW. THESE OBSERVATIONS SUGGEST THAT THIS MAGNESIUM SITE MAY BE PARTIALLY OCCUPIED BY A HEAVIER METAL ION IN THE PROTEIN CRYSTAL. (3) THE SIDE CHAINS OF THE FOLLOWING RESIDUES ARE NOT FULLY RESOLVED. THE UNRESOLVED SIDE CHAIN ATOMS ARE ASSIGNED AN OCCUPANCY OF 0.00 AND AN ARBITORY B-FACTOR OF 100.00: ARG-A-13 LYS-A-74 PHE-A-77 ARG-A-137 LYS-A-224 GLU-A-533 GLU-A-548 LYS-B-86 ARG-B-93 GLU-B-131 GLU-B-182 ARG-B-187 PHE-C-17 THR-C-18 ARG-C-19 GLU-C-69 LYS-C-74 ARG-C-521 GLU-C-533 LYS-D-86 LYS-D-89 GLU-D-131 HIS-D-284 (4) LIGANDS LABELLED AS TRD ARE ALL ALKYL CHAINS (WITH DIFFERENT LENGTHS) OF EITHER DMU OR NATIVE MEMBRANE LIPIDS SUCH AS PHOSPHATIDYL ETHANOLAMINE OR CARDIOLIPIN. SOME OF THE DETERGENTS LABELLED AS DMU DO NOT CONTAIN THE CARBON CHAIN, OR THE DISTAL GLUCOSE MOIETY. THE AUTHORS DO NOT KNOW FOR SURE THE IDENTITIES OF THE COMPLETE MOLECULES YET.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 100 Å2 / Biso mean: 38.516 Å2 / Biso min: 15.16 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→40 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
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