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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3dto | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the metal-dependent HD domain-containing hydrolase BH2835 from Bacillus halodurans, Northeast Structural Genomics Consortium Target BhR130. | ||||||
要素 | BH2835 protein | ||||||
キーワード | structural genomics / unknown function / all alpha-helical protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HD-domain/PDEase-like / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #1910 / HD domain / HD domain / Cyclin A; domain 1 / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Bacillus halodurans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Su, M. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Fang, Y. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Owen, L.A. / Wang, D. ...Forouhar, F. / Su, M. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Fang, Y. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Owen, L.A. / Wang, D. / Tong, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of the metal-dependent HD domain-containing hydrolase BH2835 from Bacillus halodurans, Northeast Structural Genomics Consortium Target BhR130. 著者: Forouhar, F. / Su, M. / Seetharaman, J. / Janjua, H. / Fang, Y. / Xiao, R. / Cunningham, K. / Ma, L.-C. / Owen, L.A. / Wang, D. / Tong, S. / Everett, J.K. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3dto.cif.gz | 156.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3dto.ent.gz | 132.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3dto.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3dto_validation.pdf.gz | 445.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3dto_full_validation.pdf.gz | 490.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3dto_validation.xml.gz | 32.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3dto_validation.cif.gz | 42.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/3dto ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/3dto | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26204.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus halodurans (バクテリア) 株: C-125 / 遺伝子: BH2835 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+Magic / 参照: UniProt: Q9K916 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.45 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: microbatch under oil / pH: 7 詳細: Protein solution: 10 mM Tris (pH 7.5), 100 mM sodium chloride, and 5 mM DTT. Reservoir solution: 0.1M mops (pH 7), 80% PEG 400, and 0.1M potassium acetate. , microbatch under oil, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月19日 / 詳細: mirrors. |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97915 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→30 Å / Num. obs: 22713 / % possible obs: 74.5 % / Observed criterion σ(F): 0.5 / Observed criterion σ(I): 0.5 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 74.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.185 / % possible all: 58.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.3→19.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 335033.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.1144 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→19.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.3→3.42 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 10
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