PDB-3dsp: Crystal structure of apo copper resistance protein CopK

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dsp

タイトル

Crystal structure of apo copper resistance protein CopK

要素

Putative uncharacterized protein copK

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / copper binding / copper resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Ralstonia metallidurans (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Ash, M.-R. / Maher, M.J.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Unprecedented binding cooperativity between Cu(I) and Cu(II) in the copper resistance protein CopK from Cupriavidus metallidurans CH34: implications from structural studies by NMR ...
著者: Chong, L.X. / Ash, M.-R. / Maher, M.J. / Hinds, M.G. / Xiao, Z. / Wedd, A.G.

履歴

登録	2008年7月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dsp.cif.gz	25.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dsp.ent.gz	15.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dsp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dsp_validation.pdf.gz	412.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dsp_full_validation.pdf.gz	412.6 KB	表示
XML形式データ	3dsp_validation.xml.gz	4.4 KB	表示
CIF形式データ	3dsp_validation.cif.gz	5.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/3dsp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ds/3dsp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3dsoSC 2k0q S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zw0-1 6fpa-1 2c7n-6 6s09-5 6s09-6 5lp9-d 3dso-2 1wn0-4 1orj-1 6s09-7 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein copK

8.29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative uncharacterized protein copK

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.760, 37.510, 27.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.690, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein copK / Putative uncharacterized protein precursor 分子量: 8294.567 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-74 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ralstonia metallidurans (バクテリア) 株: CH34 / 遺伝子: copK / プラスミド: pCX07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58AD3
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Putative uncharacterized protein copK / Putative uncharacterized protein precursor

分子量: 8294.567 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-74 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Ralstonia metallidurans (バクテリア)
株: CH34 / 遺伝子: copK / プラスミド: pCX07 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q58AD3

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.22 % / Mosaicity: 1.771 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 1.4M Sodium citrate, 0.1M Na-HEPES, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月22日 / 詳細: Osmic mirrors
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 4293 / Num. obs: 4293 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 8.6 % / B_iso Wilson estimate: 42 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Χ²: 1.158 / Net I/σ(I): 26.1
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.252 / Mean I/σ(I) obs: 5.35 / Num. unique all: 405 / Χ²: 0.969 / % possible all: 94.8

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 44.75 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	34.14 Å
Translation	2.5 Å	34.14 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DSO

3dso

解像度: 2.2→34.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.796 / SU B: 15.744 / SU ML: 0.172 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic with TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.248	193	4.5 %	RANDOM
R_work	0.221	-	-	-
obs	0.223	4269	97.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.06 Å² / B_iso mean: 40.037 Å² / B_iso min: 24.95 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.39 Å²	0 Å²	0.27 Å²
2-	-	0.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→34.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	517	0	0	6	523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	522
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	373
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.521	1.977	691
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.835	3	918
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.245	5	65
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.925	26.087	23
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.655	15	114
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.3	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	565
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	93
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.185	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	248
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.109	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.196	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.173	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.389	2	416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.197	2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.753	3	518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.203	2	225
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.764	3	173

LS精密化シェル

解像度: 2.199→2.256 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.528	11	-
R_work	0.278	268	-
all	-	279	-
obs	-	279	93.31 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.4733	0.1798	-0.688	9.8663	3.7684	3.3351	-0.1359	0.2053	0.0195	-0.3708	0.1029	0.3162	-0.3121	-0.4678	0.033	-0.1907	-0.0007	-0.0121	-0.2082	0.1461	-0.2057	-17.2128	15.8729	-0.8846
2	28.022	0.7024	-5.0408	4.7982	-1.1379	8.7858	0.0097	-0.8487	-0.2397	-0.0251	0.3299	0.4366	0.2186	-0.2194	-0.3396	-0.19	-0.0071	-0.0403	-0.371	-0.0089	-0.4015	-3.9958	16.0476	2.3969

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 39	1 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	40 - 66	40 - 66

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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