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- PDB-3ds7: Structure of an RNA-2'-deoxyguanosine complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ds7
タイトルStructure of an RNA-2'-deoxyguanosine complex
要素67-MER
キーワードRNA / RNA-ligand complex / riboswitch
機能・相同性ACETATE ION / 2'-DEOXY-GUANOSINE / COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Edwards, A.L. / Batey, R.T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: A structural basis for the recognition of 2'-deoxyguanosine by the purine riboswitch.
著者: Edwards, A.L. / Batey, R.T.
履歴
登録2008年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年2月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 67-MER
B: 67-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,51117
ポリマ－43,0862
非ポリマー2,42515
水11,205622
1
A: 67-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6758
ポリマ－21,5431
非ポリマー1,1327
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 67-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,8369
ポリマ－21,5431
非ポリマー1,2938
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.139, 41.830, 64.810
Angle α, β, γ (deg.)86.55, 81.16, 89.64
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: RNA鎖 67-MER


分子量: 21542.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is synthetic derived from a mutagenesis study
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 化合物 ChemComp-GNG / 2'-DEOXY-GUANOSINE


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.01M K-HEPES, 0.0119 M cobalt(III) hexammine, 22% PEG 2000, 0.66M ammonium acetate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1K-HEPES11
2cobalt(III) hexammine11
3PEG 200011
4ammonium acetate11
5H2O11
6K-HEPES12
7cobalt(III) hexammine12
8PEG 200012
9ammonium acetate12
10H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年11月12日
放射モノクロメーター: Ni Filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→19.5 Å / Num. all: 31039 / Num. obs: 29177 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.56 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.57 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 2822 / % possible all: 91.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB 1U8D

1u8d
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.85→19.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 518064.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 2894 10 %RANDOM
Rwork0.2 ---
all0.208 31039 --
obs0.205 29005 93.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 74.7773 Å2 / ksol: 0.45 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 34.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.69 Å20.8 Å2-0.28 Å2
2---0.76 Å22.34 Å2
3---2.44 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→19.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2853 123 622 3598
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.58
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0.015 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 482 10.4 %
Rwork0.264 4165 -
obs--89.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION2dna-rna_rep.paramdna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3acetate.paramacetate.top
X-RAY DIFFRACTION4gng.paramgng.top
X-RAY DIFFRACTION5cohex4.paramcohex4.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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