PDB-3dri: Crystal structure of Lactococcal OppA co-crystallized with an oct...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dri

タイトル

Crystal structure of Lactococcal OppA co-crystallized with an octamer peptide in an open conformation

要素

Oligopeptide-binding protein oppA
peptide AASASA

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / oligo-peptide binding / voluminous binding cavity / venus fly-trap

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / protein transport / periplasmic space
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus lactis (乳酸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Berntsson, R.P.-A. / Doeven, M.K. / Duurkens, R.H. / Sengupta, D. / Marrink, S.-J. / Thunnissen, A.-M. / Poolman, B. / Slotboom, D.-J.

引用

ジャーナル: Embo J. / 年: 2009
タイトル: The structural basis for peptide selection by the transport receptor OppA
著者: Berntsson, R.P.-A. / Doeven, M.K. / Fusetti, F. / Duurkens, R.H. / Sengupta, D. / Marrink, S.-J. / Thunnissen, A.-M. / Poolman, B. / Slotboom, D.-J.

履歴

登録	2008年7月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dri.cif.gz	140.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dri.ent.gz	106.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dri.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dri_validation.pdf.gz	428.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dri_full_validation.pdf.gz	431.2 KB	表示
XML形式データ	3dri_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	3dri_validation.cif.gz	45.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/3dri ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dr/3dri	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3drfSC 3drgC 3drhC 3drjC 3drkC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3fto-d 3drk-d 3drj-d 3tsp-d 1n4q-1 3drh-d 3ttf-d 2zvt-d 1knu-d 1n4s-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Oligopeptide-binding protein oppA

B: peptide AASASA

65.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.669, 123.224, 59.604
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.90, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Oligopeptide-binding protein oppA 分子量: 65144.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Construct lacking N-terminal signal sequence and cysteine used for lipid modification 由来: (組換発現) Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株: subsp. cremoris MG1363 / 遺伝子: oppA, llmg_0701 / プラスミド: pAMP21 / 発現宿主: Lactococcus lactis (乳酸菌) / 株 (発現宿主): MG1363 / 参照: UniProt: A2RJ53
#2: タンパク質・ペプチド	peptide AASASA 分子量: 476.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesis
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 774 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.39 % / Mosaicity: 0.57 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M NaCl, 0.1M Na-Hepes, 20% PEG 6000, pH 7.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.931 Å

検出器

タイプ: ADSC Q210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.931 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.7 % / Av σ(I) over netI: 2.3 / 数: 192649 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_sym value: 0.108 / D res high: 1.8 Å / D res low: 61.663 Å / Num. obs: 51727 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
5.69	42.37	99.2	1	0.052	0.052	3.5
4.02	5.69	100	1	0.05	0.05	3.7
3.29	4.02	100	1	0.054	0.054	3.8
2.85	3.29	100	1	0.061	0.061	3.8
2.55	2.85	100	1	0.098	0.098	3.7
2.32	2.55	100	1	0.147	0.147	3.7
2.15	2.32	100	1	0.213	0.213	3.7
2.01	2.15	100	1	0.133	0.133	3.8
1.9	2.01	100	1	0.485	0.485	3.7
1.8	1.9	100	1	0.259	0.259	3.7

反射

解像度: 1.8→61.663 Å / Num. obs: 51727 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.108 / R_sym value: 0.108 / Net I/σ(I): 2.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.8-1.9	3.7	0.259	2.8	28016	7551	0.259	100
1.9-2.01	3.7	0.485	0.5	26460	7122	0.485	100
2.01-2.15	3.8	0.133	5.3	25025	6662	0.133	100
2.15-2.32	3.7	0.213	1.1	23450	6266	0.213	100
2.32-2.55	3.7	0.147	1.2	21247	5748	0.147	100
2.55-2.85	3.7	0.098	2.5	19443	5210	0.098	100
2.85-3.29	3.8	0.061	8.9	17331	4608	0.061	100
3.29-4.02	3.8	0.054	10.3	14625	3893	0.054	100
4.02-5.69	3.7	0.05	11	11184	3006	0.05	100
5.69-42.37	3.5	0.052	8	5868	1661	0.052	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	42.36 Å
Translation	2.5 Å	42.36 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.2.25	データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DRF

3drf

解像度: 1.8→42.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.958 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / SU B: 4.805 / SU ML: 0.082 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.203	2626	5.1 %	RANDOM
R_work	0.161	-	-	-
obs	0.164	51692	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.571 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	-0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→42.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4385	0	0	774	5159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4493
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3016
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.242	1.952	6087
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.854	3	7410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.324	5	565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.531	25.736	197
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.572	15	764
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.639	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.074	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5034
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.641	1.5	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.156	1.5	1148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.191	2	4517
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.922	3	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.089	4.5	1570

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.25	189	-
R_work	0.189	3590	-
all	-	3779	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6413	-0.1369	0.0975	0.3594	-0.141	0.4306	0.0345	0.1471	-0.1198	0.0707	-0.0238	0.0494	-0.0548	-0.0165	-0.0107	-0.0144	0.0171	0.0002	0.0061	-0.0336	0.0114	2.8581	3.9337	-4.8253
2	0.8305	-0.1649	0.0965	0.4333	-0.0947	0.5066	-0.0196	-0.128	0.118	0.0601	0.0648	0.0024	0.0292	-0.0266	-0.0452	0.0158	0.0027	0.0027	0.0046	-0.0078	0.0124	-0.2763	32.3635	19.7053
3	0.4321	-0.2062	-0.0031	0.5633	0.0575	0.0068	-0.0089	0.0661	0.0403	0.0054	0.0377	0.0125	0.0337	-0.0076	-0.0288	0.0397	0.0012	0.0059	0.0027	0.0169	0.0056	8.3709	21.6717	4.8486

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	14 - 299	14 - 299
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	300 - 470	300 - 470
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	471 - 572	471 - 572

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関連情報:EMDBヘッダ

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