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万見
- PDB-3dpn: Crystal Structure of cpaf s499a mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dpn
タイトルCrystal Structure of cpaf s499a mutant
要素Protein CT_858
キーワードTRANSFERASE / cpaf / s499a / zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / endopeptidase activity / signal transduction / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Chlamydial protease/proteasome-like activity factor, PDZ domain / PDZ domain / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / PDZ domain / Pdz3 Domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Chai, J. / Huang, Z.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2008
タイトル: Structural basis for activation and inhibition of the secreted chlamydia protease CPAF
著者: Huang, Z. / Feng, Y. / Chen, D. / Wu, X. / Huang, S. / Wang, X. / Xiao, X. / Li, W. / Huang, N. / Gu, L. / Zhong, G. / Chai, J.
履歴
登録2008年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein CT_858
B: Protein CT_858


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,7582
ポリマ－130,7582
非ポリマー00
水00
1
A: Protein CT_858


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3791
ポリマ－65,3791
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein CT_858


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,3791
ポリマ－65,3791
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.670, 192.670, 338.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Protein CT_858 / cpaf


分子量: 65378.832 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-601 / 変異: S499A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
プラスミド: PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21 / 参照: UniProt: O84866

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.43 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 3.9M NaNO3, 0.5M NaCl, 0.08M KCl, 0.1M Bis-Tris propane (BTP), pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月12日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→99 Å / Num. obs: 39050 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Rmerge(I) obs: 0.582 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DOR

3dor


解像度: 3.3→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.305 1800 4.9 %RANDOM
Rwork0.257 34499 --
obs-36299 99.6 %-
溶媒の処理Bsol: 43.375 Å2
原子変位パラメータBiso max: 197.76 Å2 / Biso mean: 106.88 Å2 / Biso min: 19.71 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--24.696 Å2-30.891 Å20 Å2
2---24.696 Å20 Å2
3---49.392 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8476 0 0 0 8476
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.676
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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