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万見
- PDB-3dpm: Structure of mature CPAF complexed with lactacystin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dpm
タイトルStructure of mature CPAF complexed with lactacystin
要素Protein CT_858
キーワードTRANSFERASE / cpaf / lactacystin / complex / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type peptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / endopeptidase activity / signal transduction / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Histone Acetyltransferase; Chain A - #70 / Chlamydial protease/proteasome-like activity factor, PDZ domain / PDZ domain / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / PDZ domain / Pdz3 Domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / PDZ superfamily ...Histone Acetyltransferase; Chain A - #70 / Chlamydial protease/proteasome-like activity factor, PDZ domain / PDZ domain / tail specific protease / Tail specific protease / Peptidase family S41 / PDZ domain / Pdz3 Domain / ClpP/crotonase-like domain superfamily / PDZ superfamily / Histone Acetyltransferase; Chain A / Roll / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LAS / Protein CT_858
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Chai, J. / Huang, Z.
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2008
タイトル: Structural basis for activation and inhibition of the secreted chlamydia protease CPAF
著者: Huang, Z. / Feng, Y. / Chen, D. / Wu, X. / Huang, S. / Wang, X. / Xiao, X. / Li, W. / Huang, N. / Gu, L. / Zhong, G. / Chai, J.
履歴
登録2008年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein CT_858
B: Protein CT_858
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,5434
ポリマ－130,7902
非ポリマー7532
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area42020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.640, 112.070, 164.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Protein CT_858 / cpaf


分子量: 65394.832 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-601 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
プラスミド: PET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21 / 参照: UniProt: O84866
#2: 化合物 ChemComp-LAS / N-acetyl-S-({(2R,3S,4R)-3-hydroxy-2-[(1S)-1-hydroxy-2-methylpropyl]-4-methyl-5-oxopyrrolidin-2-yl}carbonyl)cysteine / LACTACYSTIN


分子量: 376.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H24N2O7S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細IN SOLUTION, LACTACYSTIN IS IN EQUILIBRATION WITH ITS HYDROLIZED PRODUCT OMURALIDE BY REMOVING THE ...IN SOLUTION, LACTACYSTIN IS IN EQUILIBRATION WITH ITS HYDROLIZED PRODUCT OMURALIDE BY REMOVING THE N-ACETYL CYSTEIN PORTION. THE LATTER IS DIRECTLY RESPONSIBLE FOR INHIBITING CPAF. THAT IS WHY SEVERAL ATOMS ARE MISSING IN THIS COORDINATES.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15.0% PEG 4000 (v/v), 0.6M MgCl2, 0.1M Tirs, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月12日
放射モノクロメーター: Si(111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→99 Å / Num. all: 49637 / Num. obs: 47963 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3DOR

3dor


解像度: 2.35→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2592 1472 RANDOM
Rwork0.2302 --
obs0.2302 47281 -
all-47376 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.613 Å20 Å20 Å2
2---9.076 Å20 Å2
3---3.463 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8220 0 30 309 8559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.434
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.366
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.248
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.301
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.488

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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