PDB-3dp9: Crystal structure of Vibrio cholerae 5'-methylthioadenosine/S-ade...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dp9

タイトル

Crystal structure of Vibrio cholerae 5'-methylthioadenosine/S-adenosyl homocysteine nucleosidase (MTAN) complexed with butylthio-DADMe-Immucillin A

要素

MTA/SAH nucleosidase

キーワード

HYDROLASE / Vibrio cholerae 5'-methylthioadenosine/S-adenosyl homocysteine nucleosidase / butylthio DADMe Immucillin A / MTAN

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside catabolic process / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ho, M. / Gutierrez, J.A. / Crowder, T. / Rinaldo-Matthis, A. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Transition state analogs of 5'-methylthioadenosine nucleosidase disrupt quorum sensing.
著者: Gutierrez, J.A. / Crowder, T. / Rinaldo-Matthis, A. / Ho, M.C. / Almo, S.C. / Schramm, V.L.

履歴

登録	2008年7月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年3月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dp9.cif.gz	98.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dp9.ent.gz	75.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dp9_validation.pdf.gz	914.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dp9_full_validation.pdf.gz	927.5 KB	表示
XML形式データ	3dp9_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	3dp9_validation.cif.gz	27.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/3dp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dp/3dp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4yml-1 5k1z-1 3eei-d 4oy3-1 1z5p-1 4f2w-d 5ue1-d 4f3c-d 1zos-1 4f3k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MTA/SAH nucleosidase

C: MTA/SAH nucleosidase

ヘテロ分子

49.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.738, 54.332, 69.786
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.35, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	MTA/SAH nucleosidase 分子量: 24545.115 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / プラスミド: pBAD-DEST49 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star / 参照: UniProt: Q9KPI8, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 化合物	ChemComp-BIG / (3R,4S)-1-[(4-amino-5H-pyrrolo[3,2-d]pyrimidin-7-yl)methyl]-4-[(butylsulfanyl)methyl]pyrrolidin-3-ol / butylthio-DADMe-Immucillin A / 7-[[(3R,4S)-3-ヒドロキシ-4-(ブチルチオメチル)-1-ピロリジニル]メチル]-5H-ピロロ[3,2-d(以下略) 分子量: 335.468 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₅N₅OS
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.97 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M Potassium iodide, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月11日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 18733 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 15.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	2.9	0.188	1	79.7
2.38-2.48	3.1	0.187	1	81.6
2.48-2.59	3.3	0.151	1	91.6
2.59-2.73	3.8	0.142	1	98
2.73-2.9	4	0.108	1	99.8
2.9-3.12	4.2	0.088	1	99.9
3.12-3.44	4.2	0.068	1	99.9
3.44-3.93	3.9	0.064	1	61.1
3.93-4.95	4.1	0.057	1	96.6
4.95-50	4	0.047	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.4.0069	精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
CBASS		データ収集
REFMAC	5.4.0069	位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.3→31.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 14.946 / SU ML: 0.191 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.474 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26406	952	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1997	-	-	-
obs	0.20302	18708	90.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.949 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.08 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3410	0	47	66	3523

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3510
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.319	1.97	4760
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.948	5	457
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.224	25.915	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.556	15	579
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.553	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	2594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	1745
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	2433
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	164
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.242	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.149	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.519	1.5	2287
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.909	2	3648
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.354	3	1300
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.166	4.5	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.356	48	-
R_work	0.252	1138	-
obs	-	-	78.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2968	0.3091	0.088	0.7857	-0.0008	0.5784	0.1127	-0.4543	0.065	-0.0697	0.1405	0.1299	0.0464	-0.1839	-0.2532	-0.0746	-0.0006	0.0256	-0.02	0.0585	-0.0702	-4.312	-2.174	15.633
2	1.9063	0.0742	0.6001	1.1627	0.0408	1.011	-0.0029	-0.1293	0.0405	-0.0203	-0.0665	-0.2176	-0.0392	0.16	0.0693	-0.0733	-0.0149	0.0041	-0.0395	0.0023	-0.0669	24.109	1.063	13.325

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 230	2 - 230
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	B	1 - 230	1 - 230

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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