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万見
- PDB-3dp5: Crystal structure of Geobacter sulfurreducens OmcF with N-termina... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dp5
タイトルCrystal structure of Geobacter sulfurreducens OmcF with N-terminal Strep-tag II
要素Cytochrome c family protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / c-type cytochrome / Fe SAD phasing / dissimilatory metal reduction / Geobacter sulfurreducens
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid lumen / electron transfer activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c6 / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / Cytochrome c-like domain / Cytochrome Bc1 Complex; Chain D, domain 2 / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Lipoprotein cytochrome c, 1 heme-binding site
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Lukat, P. / Hoffmann, M. / Einsle, O.
引用ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2008
タイトル: Crystal packing of the c(6)-type cytochrome OmcF from Geobacter sulfurreducens is mediated by an N-terminal Strep-tag II
著者: Lukat, P. / Hoffmann, M. / Einsle, O.
履歴
登録2008年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02019年10月2日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome c family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0663
ポリマ－10,3521
非ポリマー7152
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.475, 40.125, 42.085
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome c family protein / OmcF


分子量: 10351.609 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-104, OmcF / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Coexpression with the CCM-system on pEC86 plasmid
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens (バクテリア)
株: PCA / 遺伝子: GSU2432 / Plasmid details: Modified with N-terminal Strep-tag II / プラスミド: pET22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q74AE4
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.4-1.8M ammonium sulfate, 2% PEG400, 100mM HEPES/NaOH, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年2月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Osmic Blue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→33.08 Å / Num. obs: 8066 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 21.78 % / Biso Wilson estimate: 21.934 Å2 / Rsym value: 0.105 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.86→1.96 Å / 冗長度: 16.04 % / Rmerge(I) obs: 0.4952 / Mean I/σ(I) obs: 6.06 / Num. unique all: 394 / Rsym value: 0.4952 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MAR345dtbデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.86→33.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.128 / SU ML: 0.096 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 2 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.136 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20987 371 4.6 %RANDOM
Rwork0.17045 ---
obs0.17236 7669 99.68 %-
all-7684 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.934 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20 Å20 Å2
2---0.5 Å20 Å2
3---0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→33.08 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数739 0 48 120 907
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.022815
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7762.1171125
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg21.0045100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.60222.42433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.13915105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.24157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02661
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2640.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2280.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2280.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9831.5513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.422795
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2833349
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3894.5328
LS精密化 シェル解像度: 1.857→1.906 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.445 25 -
Rwork0.26 536 -
obs-327 96.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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