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- PDB-3dp3: Crystal structure of (3R)-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dp3
タイトルCrystal structure of (3R)-Hydroxyacyl-Acyl Carrier Protein Dehydratase (FabZ) from Helicobacter pylori in complex with compound 3q
要素(3R)-hydroxymyristoyl-acyl carrier protein dehydratase
キーワードLYASE / FabZ complex
機能・相同性
機能・相同性情報


(3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / lipid A biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabZ / Beta-hydroxydecanoyl thiol ester dehydrase, FabA/FabZ / FabA-like domain / Hotdog Thioesterase / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / HotDog domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4BB / BENZAMIDINE / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase FabZ
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Zhang, L. / He, L. / Liu, X. / Liu, H. / Shen, X. / Jiang, H.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Discovering potent inhibitors against the beta-hydroxyacyl-acyl carrier protein dehydratase (FabZ) of Helicobacter pylori: structure-based design, synthesis, bioassay, and crystal structure determination.
著者: He, L. / Zhang, L. / Liu, X. / Li, X. / Zheng, M. / Li, H. / Yu, K. / Chen, K. / Shen, X. / Jiang, H. / Liu, H.
履歴
登録2008年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (3R)-hydroxymyristoyl-acyl carrier protein dehydratase
B: (3R)-hydroxymyristoyl-acyl carrier protein dehydratase
C: (3R)-hydroxymyristoyl-acyl carrier protein dehydratase
D: (3R)-hydroxymyristoyl-acyl carrier protein dehydratase
E: (3R)-hydroxymyristoyl-acyl carrier protein dehydratase
F: (3R)-hydroxymyristoyl-acyl carrier protein dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,11120
ポリマ－109,2376
非ポリマー1,87414
水7,224401
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14700 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area33410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.897, 100.226, 186.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
(3R)-hydroxymyristoyl-acyl carrier protein dehydratase


分子量: 18206.119 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: SS1 / 遺伝子: fabZ / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q5G940, 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; デヒドラターゼ類
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#4: 化合物 ChemComp-4BB / 4-tert-butyl-N'-[(1E)-(3,5-dibromo-2,4-dihydroxyphenyl)methylidene]benzohydrazide


分子量: 470.155 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18Br2N2O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 401 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.8
詳細: 0.1M Sodium Acetate trihydrate, 2.0M Sodium Formate, 20% w/v Benzamidine HCl, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→93.315 Å / Num. obs: 62202 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.3-2.424.60.391.94092789420.3999.6
2.42-2.576.60.3442.25651785180.34499.8
2.57-2.756.70.2522.95323279880.25299.7
2.75-2.976.60.18744904374830.18799.8
2.97-3.256.60.1265.84536368780.12699.8
3.25-3.646.80.0838.44235262630.08399.9
3.64-4.27.10.06110.53935355750.061100
4.2-5.147.40.05311.83515447440.053100
5.14-7.277.80.05610.92932537560.056100
7.27-40.497.30.0469.91499720550.04695.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 0.439 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.593
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å19.98 Å
Translation3 Å19.98 Å
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.03-15162.4860.971354
6.54-8.03164.7570.9091318
5.77-6.54171.2380.9351273
5.27-5.77194.9210.9211272
4.9-5.27203.6950.921278
4.62-4.9200.0170.9551260
4.4-4.62189.7660.9581272
4.21-4.4208.1370.9651268
4.05-4.21210.4220.9461235
3.91-4.05202.9140.9451253
3.79-3.91189.7510.9441251
3.69-3.79231.8250.9191247
3.59-3.69211.2250.921252
3.5-3.59213.5370.9211245
3.43-3.5182.0190.9311261
3.35-3.43207.7440.9141214
3.29-3.35202.4320.9081250
3.23-3.29173.3220.9031227
3.17-3.23164.5760.921256
3.12-3.17206.020.8821196
3.07-3.12181.2150.8991262
3.02-3.07167.6040.8821235
2.98-3.02142.9820.911231
2.93-2.98158.7840.8621234
2.89-2.93161.1850.8541215
2.86-2.89161.6010.841250
2.82-2.86153.4050.8391225
2.79-2.82158.4320.851221
2.76-2.79144.7910.8431239
2.72-2.76135.1450.8381230
2.7-2.72140.8160.8591221
2.67-2.7149.7490.8411221
2.64-2.67128.6930.8481205
2.61-2.64120.5740.8761257
2.59-2.61133.4320.8581213
2.56-2.59112.0250.861251
2.54-2.56104.8140.851203
2.52-2.54117.8060.8471224
2.5-2.52114.9830.8451244
2.48-2.5100.5370.8691210
2.46-2.48105.2210.8511204
2.44-2.46105.5240.7961251
2.42-2.44102.0940.7971244
2.4-2.4298.5590.7831199
2.38-2.4104.0960.8091191
2.36-2.38104.5580.7881262
2.35-2.36112.6250.7941215
2.33-2.35102.0330.8041210
2.32-2.33103.7570.8111228
2.3-2.3290.6840.8211207

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREKデータスケーリング
SCALA3.2.25データスケーリング
MOLREP位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
CrystalClearデータ収集
CrystalClearデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GLL

2gll


解像度: 2.3→15 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 3098 5 %
Rwork0.203 --
obs-61984 99.8 %
溶媒の処理Bsol: 39.971 Å2
原子変位パラメータBiso max: 77.53 Å2 / Biso mean: 21.723 Å2 / Biso min: 6.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.033 Å20 Å20 Å2
2--4.918 Å20 Å2
3----3.885 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7274 0 110 401 7785
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0171.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.882
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7842.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4cis_peptide.param
X-RAY DIFFRACTION5ben-22.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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