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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3dou
タイトル
Crystal structure of methyltransferase involved in cell division from thermoplasma volcanicum gss1
要素
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase J
キーワード
TRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / CELL DIVISION / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / Cytoplasm / rRNA processing / New York SGX Research Center for Structural Genomics
モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 30605 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル
解像度: 1.45→1.5 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 98.6
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELXD
位相決定
REFMAC
5.2.0019
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 1.053 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.067 / ESU R Free: 0.069 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.19456
1538
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.16566
-
-
-
obs
0.1671
28898
99.67 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK