[日本語] English
万見
- PDB-3dom: Crystal Structure of the complex between Tfb5 and the C-terminal ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dom
タイトルCrystal Structure of the complex between Tfb5 and the C-terminal domain of Tfb2
要素
  • RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
  • RNA polymerase II transcription factor B subunit 5
キーワードTRANSCRIPTION / protein-protein complex / heterodimer / beta-alpha-beta split / beta-strand addition / DNA damage / DNA excision / DNA repair / Nucleus / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening ...nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / ATPase activator activity / Dual incision in TC-NER / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / double-stranded DNA binding / transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #2610 / TFB5-like / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 ...Alpha-Beta Plaits - #2610 / TFB5-like / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kainov, D.E. / Cavarelli, J. / Egly, J.M. / Poterszman, A.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis for group A trichothiodystrophy
著者: Kainov, D.E. / Vitorino, M. / Cavarelli, J. / Poterszman, A. / Egly, J.M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: Solution structure and self-association properties of the p8 TFIIH subunit responsible for trichothiodystrophy
著者: Vitorino, M. / Coin, F. / Zlobinskaya, O. / Atkinson, R.A. / Moras, D. / Egly, J.M. / Potesrzman, A. / Kieffer, B.
履歴
登録2008年7月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
B: RNA polymerase II transcription factor B subunit 5
C: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
D: RNA polymerase II transcription factor B subunit 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5244
ポリマ－41,5244
非ポリマー00
水1,74797
1
A: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
B: RNA polymerase II transcription factor B subunit 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7622
ポリマ－20,7622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-11.6 kcal/mol
Surface area7990 Å2
手法PISA
2
C: RNA polymerase II transcription factor B subunit 2
D: RNA polymerase II transcription factor B subunit 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7622
ポリマ－20,7622
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-8.5 kcal/mol
Surface area9030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.583, 103.593, 114.345
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B subunit 2 / TFIIH subunit TFB2 / RNA polymerase II transcription factor B p52 subunit / RNA polymerase II ...TFIIH subunit TFB2 / RNA polymerase II transcription factor B p52 subunit / RNA polymerase II transcription factor B 52 kDa subunit / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2


分子量: 12649.552 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFB2 / プラスミド: pSKB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q02939
#2: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 / TFIIH subunit TFB5 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5


分子量: 8112.293 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TFB5 / プラスミド: pSKB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q3E7C1
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG3350 MME, NaCl, Hepes, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 13927 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 1.971 / Net I/σ(I): 23.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.6-2.693.50.13113242.222191.9
2.69-2.840.11813611.974199.1
2.8-2.9340.09514051.79198.7
2.93-3.0840.07914061.828199.2
3.08-3.284.10.06913961.897198.5
3.28-3.5340.06613972.41197.9
3.53-3.8840.0614012.162197.2
3.88-4.454.10.0513991.885196.7
4.45-5.64.10.04614111.801195.6
5.6-503.90.04114271.799189.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
RESOLVE位相決定
REFMAC5.4.0067精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化解像度: 2.6→30.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.874 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 17.766 / SU ML: 0.193 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.423 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 703 5.1 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.205 13816 95.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 34.03 Å2 / Biso mean: 11.513 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.6 Å20 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3---0.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→30.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2226 0 0 97 2323
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0222260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8261.9823043
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.9565269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.76425.189106
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.74115448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3321512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2350
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211638
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6831.51360
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35222200
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2773900
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7694.5843
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 49 -
Rwork0.235 842 -
all-891 -
obs--85.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.39753.0109-2.60634.2431-2.02393.8740.06780.1956-0.1882-0.10160.04760.04110.1648-0.2221-0.1154-0.22710.0133-0.0302-0.2344-0.0312-0.190610.067619.91490.3614
24.14171.4825-3.71585.4794-1.073610.3254-0.25390.1313-0.8816-0.04360.09770.11191.1349-0.28850.1562-0.0536-0.0049-0.0435-0.07610.02530.00494.32476.71485.9384
33.1202-2.18462.40512.7787-2.71084.5549-0.0407-0.21510.1147-0.14990.0336-0.04550.0198-0.36190.0071-0.16-0.00250.0198-0.226-0.0276-0.1255-0.9467-19.7323-3.8279
42.5347-2.35874.52633.897-3.879810.8824-0.34080.33720.6319-0.155-0.214-0.0661-0.99980.10210.55480.0214-0.0129-0.04430.01260.01180.0824-6.3543-7.4125-12.0027
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA437 - 50932 - 104
2X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 591 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3CC432 - 50727 - 102
4X-RAY DIFFRACTION4DD2 - 661 - 65

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る