PDB-3dob: Peptide-binding domain of Heat shock 70 kDa protein F44E5.5 from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dob

タイトル

Peptide-binding domain of Heat shock 70 kDa protein F44E5.5 from C.elegans.

要素

Heat shock 70 kDa protein F44E5.5

キーワード

PROTEIN BINDING / structural genomics / APC90015.11 / Peptide-binding domain / Hsp70 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ATP-binding / Nucleotide-binding

機能・相同性

Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Substrate Binding Domain Of DNAk; Chain A, domain 1 / Sandwich / Mainly Beta / BETA-MERCAPTOETHANOL / :

機能・相同性情報

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Osipiuk, J. / Hatzos, C. / Gu, M. / Zhang, R. / Voisine, C. / Morimoto, R.I. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray crystal structure of Peptide-binding domain of Heat shock 70 kDa protein F44E5.5 from C.elegans.
著者: OSIPIUK, J. / HATZOS, C. / GU, M. / ZHANG, R. / VOISINE, C. / MORIMOTO, R.I. / JOACHIMIAK, A.

履歴

登録	2008年7月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年7月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dob.cif.gz	73.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dob.ent.gz	55.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dob.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3dob_validation.pdf.gz	447.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dob_full_validation.pdf.gz	452.1 KB	表示
XML形式データ	3dob_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	3dob_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/3dob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/do/3dob	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2op6S 1dky S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4wv7-1 4wv5-1 1ab3-d 2op6-d 2gon-3 2l73-d 2dat-d 4wv5-2 3uvd-d 1bh8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC90015.11

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Heat shock 70 kDa protein F44E5.5

B: Heat shock 70 kDa protein F44E5.5

ヘテロ分子

33.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Heat shock 70 kDa protein F44E5.5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Heat shock 70 kDa protein F44E5.5

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.009, 102.009, 80.678
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

putative monomer

#1: タンパク質	Heat shock 70 kDa protein F44E5.5 分子量: 16818.658 Da / 分子数: 2 / 断片: Peptide-binding domain, residues 369-544 / 変異: D480N / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 株: Bristol N2 / 遺伝子: F44E5.4, F44E5.5 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9XTL8
#2: 化合物	ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル分子量: 78.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.86 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 50 mM Tris buffer, 0.8 M ammonium sulfate, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月12日
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→38.8 Å / Num. all: 19448 / Num. obs: 19448 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / B_iso Wilson estimate: 62.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / Χ²: 1.158 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 10.8 % / R_merge(I) obs: 0.905 / Mean I/σ(I) obs: 2.85 / Num. unique all: 1905 / Χ²: 1.05 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
SBC-Collect		データ収集
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2op6.pdb

2op6

解像度: 2.39→38.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.938 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.847 / SU B: 11.171 / SU ML: 0.139 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.252 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	1991	10.3 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
all	0.188	19424	-	-
obs	0.188	19424	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.85 Å² / B_iso mean: 46.3 Å² / B_iso min: 24.41 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.29 Å²	0.14 Å²	0 Å²
2-	-	0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→38.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2277	0	8	108	2393

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	2309
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.582	1.962	3113
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.844	5	289
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.992	24.833	120
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.537	15	413
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.101	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.11	0.2	351
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1771
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	920
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	1530
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.169	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.167	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.781	1.5	1501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.313	2	2355
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.111	3	884
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.223	4.5	758

LS精密化シェル

解像度: 2.395→2.456 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	133	-
R_work	0.258	1266	-
all	-	1399	-
obs	-	1399	98.11 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6378	-3.8382	-0.3334	13.6973	3.9469	2.9967	0.0237	0.1758	0.1906	-0.2614	-0.0023	-0.1394	0.286	0.0908	-0.0215	0.1983	-0.0212	0.0454	0.002	-0.0314	-0.067	47.9841	4.252	-4.9896
2	0.9468	-1.2976	-0.0208	2.6147	0.7949	0.7026	-0.0476	0.027	0.0368	-0.1457	0.0324	0.1721	-0.0684	0.0612	0.0153	0.1562	-0.0091	0.018	-0.0482	-0.0077	0.0107	47.4237	12.3012	6.444
3	3.2825	0.0165	-2.5335	3.7179	-6.0361	15.3221	0.1635	0.3	-0.0584	-0.2874	0.1182	0.4893	-0.0966	-0.4169	-0.2818	0.1088	-0.0273	-0.0892	-0.0695	-0.0148	-0.0223	40.6028	9.844	-5.7251
4	1.1096	0.5948	1.2259	6.4256	3.1941	2.8324	0.0539	0.0857	-0.1124	0.2211	0.1276	-0.1545	0.0474	-0.1222	-0.1815	0.1292	-0.0044	0.0451	-0.0672	-0.0424	0.0249	46.719	8.4038	9.6346
5	0.8838	0.2085	0.273	1.4771	-0.5582	4.9329	0.0215	0.15	-0.0579	-0.0917	0.1547	0.0419	0.4366	-0.0035	-0.1762	0.0869	0.0057	0.0161	-0.0482	-0.0441	0.0578	41.4145	3.1213	8.4694
6	7.1064	7.6204	4.6952	31.7863	3.162	6.4181	0.0078	1.0539	0.697	-1.8969	0.3094	1.272	0.3656	0.1725	-0.3172	0.2557	-0.0711	-0.0264	0.0258	-0.0399	-0.2894	46.3029	9.5845	-17.3316
7	4.7679	-2.134	-2.03	7.8371	-4.2914	7.898	0.0471	-0.0013	1.2389	-0.4481	0.2952	-0.7219	-0.7569	0.121	-0.3423	0.1775	-0.073	0.1226	-0.0976	0.0555	0.1814	50.4903	20.2017	-0.3203
8	3.7316	-0.8402	-3.1797	1.3885	-0.124	3.2977	0.1027	0.3838	0.2345	-0.1242	-0.2156	-0.0406	-0.1464	0.0414	0.1129	0.1468	-0.0777	0.0985	-0.0607	-0.0296	0.0246	62.8668	10.9953	-1.6821
9	0.7883	1.6962	0.1055	3.8607	0.859	1.9066	-0.1987	0.1572	-0.05	-0.3491	0.1259	-0.0326	0.119	0.3101	0.0728	0.0836	0.0158	0.0862	0.0092	-0.0507	-0.0269	63.7358	-2.6219	-0.6073
10	3.2613	0.0423	-4.4262	5.2937	-7.8662	17.5271	0.254	0.3416	0.4298	-0.1363	-0.3535	-0.3447	-0.8549	1.1482	0.0996	0.0611	-0.1102	0.1797	0.0451	-0.0268	0.0259	69.6427	9.1927	-9.0575
11	2.3789	2.4708	1.1053	3.2468	0.0884	2.1632	-0.1839	0.116	0.2511	-0.1702	0.0366	0.1656	0.1585	0.4974	0.1473	0.0772	0.0062	0.0725	0.039	-0.0754	0.0478	64.9724	-2.1798	4.3023
12	7.5281	1.5598	0.064	6.0541	1.6516	7.3445	-0.1311	0.3957	0.2669	-0.5478	0.1581	-0.4652	-0.2657	0.5843	-0.027	-0.021	0.109	0.0081	0.0372	-0.0566	0.0331	67.626	-2.0603	8.7037
13	6.2885	4.999	4.9705	6.2736	4.7468	13.3769	0.4168	0.2401	-0.4603	0.0152	-0.432	-0.9016	1.1185	0.4025	0.0151	0.1137	-0.0233	0.0108	-0.0557	0.1029	0.0762	68.3679	18.2198	-10.7193
14	9.1853	6.6923	2.6655	12.8753	-11.0551	21.8907	-0.3428	1.139	0.0097	-1.1406	0.8255	0.8625	0.2199	1.1026	-0.4826	0.4033	-0.0741	0.0875	0.0108	-0.1249	-0.1112	60.157	-0.9105	-12.5921

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	396 - 420	4 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	421 - 443	29 - 51
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	444 - 460	52 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	461 - 493	69 - 101
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	494 - 512	102 - 120
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	513 - 535	121 - 143
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	536 - 544	144 - 152
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	395 - 420	3 - 28
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	421 - 444	29 - 52
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	445 - 456	53 - 64
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	B	457 - 492	65 - 100
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	B	493 - 508	101 - 116
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	B	509 - 532	117 - 140
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	B	533 - 544	141 - 152

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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万見 (Yorodumi)