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- PDB-3dnp: Crystal structure of Stress response protein yhaX from Bacillus s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dnp
タイトルCrystal structure of Stress response protein yhaX from Bacillus subtilis
要素Stress response protein yhaX
キーワードstructural genomics / unknown function / Stress response protein yhaX / Bacillus subtilis / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich ...Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 - #10 / Cof family / Hypothetical Protein, Haloacid Dehalogenase-like Hydrolase; Chain: A; domain 2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIB / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stress response protein YhaX
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Chang, C. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Stress response protein yhaX from Bacillus subtilis
著者: Chang, C. / Tesar, C. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stress response protein yhaX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1373
ポリマ－33,0511
非ポリマー862
水4,486249
1
A: Stress response protein yhaX
ヘテロ分子

A: Stress response protein yhaX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2746
ポリマ－66,1012
非ポリマー1734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area2400 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area23780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.939, 63.939, 161.485
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

MG

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要素

#1: タンパク質 Stress response protein yhaX


分子量: 33050.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: yhaX, BSU09830 / プラスミド: pMCSG19b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) star / 参照: UniProt: O07539
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30% PEGMME 550, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月23日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 29564 / Num. obs: 29455 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 27.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Χ2: 2.9 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.87 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.894 / Mean I/σ(I) obs: 3.48 / Num. unique all: 713 / Χ2: 1.506 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.894 / SU B: 4.501 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1491 5.1 %RANDOM
Rwork0.167 ---
all0.169 29313 --
obs0.169 29313 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 71.75 Å2 / Biso mean: 29.093 Å2 / Biso min: 9.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2161 0 5 249 2415
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222367
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3871.9743235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8925321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.53925.278108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.07315450
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8291511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2373
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21129
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.21624
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2204
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2510.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9171.51506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.43122386
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6133966
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.724.5830
LS精密化 シェル解像度: 1.851→1.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 118 -
Rwork0.207 1972 -
all-2090 -
obs-2090 98.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5386-0.63-0.74561.06860.49741.1870.05370.1508-0.0175-0.122-0.0920.1013-0.0576-0.12890.0383-0.0181-0.00520.0062-0.0473-0.0385-0.031839.153423.643763.8024
21.2062-0.3760.12422.13850.54881.631-0.0425-0.0466-0.00560.19390.0643-0.23570.21780.1587-0.0218-0.01870.0355-0.0017-0.0386-0.022-0.046848.882824.110785.3048
31.3786-0.0902-0.11121.44510.4872.2965-0.08940.0409-0.25340.1822-0.04230.15330.2642-0.02620.1317-0.0092-0.02320.06-0.1133-0.05590.014739.628210.788768.016
42.2884-0.7959-0.51312.23450.99111.50510.0080.2154-0.2218-0.1084-0.10450.17550.0136-0.09270.0964-0.0121-0.00510.0335-0.0435-0.0528-0.001549.358211.280355.6968
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 826 - 85
2X-RAY DIFFRACTION2AA83 - 19686 - 199
3X-RAY DIFFRACTION3AA197 - 235200 - 238
4X-RAY DIFFRACTION4AA236 - 277239 - 280

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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