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- PDB-3dnh: The crystal structure of the protein Atu2129 (unknown function) f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3dnh
タイトルThe crystal structure of the protein Atu2129 (unknown function) from Agrobacterium tumefaciens str. C58
要素uncharacterized protein Atu2129
キーワードstructural genomics / unknown function / APC6114 / protein Atu2129 / Agrobacterium tumefaciens str. C58 / PSI-2 / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


: / PNP-oxidase-like / CREG, beta-barrel / Split barrel-like / Haem oxygenase HugZ-like superfamily / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll ...: / PNP-oxidase-like / CREG, beta-barrel / Split barrel-like / Haem oxygenase HugZ-like superfamily / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CREG-like beta-barrel domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Tan, K. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the protein Atu2129 (unknown function) from Agrobacterium tumefaciens str. C58
著者: Tan, K. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: uncharacterized protein Atu2129
B: uncharacterized protein Atu2129


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4602
ポリマ－55,4602
非ポリマー00
水5,206289
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4470 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.651, 66.830, 69.967
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.19, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細authors state that the biological unit is experimentally unknown. The chains A and B are predicted to form a dimer.

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要素

#1: タンパク質 uncharacterized protein Atu2129


分子量: 27730.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
株: str. C58 / 遺伝子: AGR_C_3862, Atu2129 / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A9CI98
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 289 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-tris, 0.2M Na(OAc), 30% PEG 8K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97929, 0.97942
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月30日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si crystal 111 / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979291
20.979421
反射解像度: 1.94→30 Å / Num. all: 34554 / Num. obs: 34554 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 22.8
反射 シェル解像度: 1.95→2.01 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 1.67 / Num. unique all: 2833 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.94→29.76 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 9.276 / SU ML: 0.136 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23804 1726 5 %RANDOM
Rwork0.1867 ---
all0.18928 32787 --
obs0.18928 32787 99.26 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.966 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2--0.05 Å20 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→29.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3541 0 0 289 3830
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0223620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6471.9884930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5065465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.64322.069145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.30415582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2151540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2585
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022721
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.21703
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22437
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2301
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2160.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1980.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.821.52396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.31623746
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.21631367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3044.51182
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.943→1.993 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 111 -
Rwork0.257 2256 -
obs-2367 93.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
128.489614.3047-7.53648.70330.079111.8059-0.04250.74281.5365-0.5207-0.4564-0.2678-0.71770.34280.49890.037-0.1448-0.0589-0.140.14580.21624.25464.1687.578
23.76540.14811.74432.16860.77822.9861-0.1097-0.17660.2561-0.1215-0.0302-0.0004-0.0599-0.06650.1399-0.12720.02590.0009-0.249-0.0174-0.191211.12949.2511.108
34.1242.78351.298.11120.51633.1417-0.20240.3231-0.2432-0.46980.2178-0.0729-0.16090.0187-0.0154-0.0507-0.00790.0545-0.2345-0.0303-0.28822.95339.151-7.982
437.8558-18.6598-9.125116.63282.84217.2642-0.4951-2.69241.69290.77821.0158-0.1672-0.1435-0.594-0.5206-0.02820.11450.04720.2457-0.1983-0.070518.31254.69332.847
53.0058-0.86030.35752.01740.10761.8676-0.1244-0.29380.1763-0.00190.107300.11650.27530.0171-0.11630.01590.0202-0.1007-0.0441-0.241529.79244.7620.216
64.3898-0.7591-0.33515.70591.42215.2807-0.2154-0.3822-0.50430.16780.30980.05420.63750.3428-0.09440.11420.13540.0394-0.05890.0455-0.235936.58324.24426.284
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 126 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2AA24 - 17326 - 175
3X-RAY DIFFRACTION3AA174 - 254176 - 256
4X-RAY DIFFRACTION4BB5 - 127 - 14
5X-RAY DIFFRACTION5BB21 - 17323 - 175
6X-RAY DIFFRACTION6BB174 - 252176 - 254

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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