PDB-3dn9: Carboxysome Subunit, CcmK1 C-terminal deletion mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3dn9

タイトル

Carboxysome Subunit, CcmK1 C-terminal deletion mutant

要素

CcmK1 C-terminal deletion mutant

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / hexamer

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.28 Å

データ登録者

Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2009
タイトル: Insights from multiple structures of the shell proteins from the beta-carboxysome.
著者: Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Phillips, M. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2008年7月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3dn9.cif.gz	110.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3dn9.ent.gz	85.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3dn9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3dn9_validation.pdf.gz	483.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3dn9_full_validation.pdf.gz	492.8 KB	表示
XML形式データ	3dn9_validation.xml.gz	20.4 KB	表示
CIF形式データ	3dn9_validation.cif.gz	28.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/3dn9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dn/3dn9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cimC 3dncC 3bn4S 2a10 2a18 2a1b S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4liw-1 3dnc-1 3bn4-d 5l38-1 4qig-1 4qig-2 5l38-2 4axj-1 3cim-2 3nwg-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (8) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: CcmK1 C-terminal deletion mutant

B: CcmK1 C-terminal deletion mutant

C: CcmK1 C-terminal deletion mutant

D: CcmK1 C-terminal deletion mutant

E: CcmK1 C-terminal deletion mutant

F: CcmK1 C-terminal deletion mutant

ヘテロ分子

64.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.204, 49.194, 49.211
Angle α, β, γ (deg.)	90.650, 91.410, 91.430
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
1	2	B
2	2	D
3	2	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	3	A	A	3 - 90	3 - 90
2	1	PRO	PRO	3	C	C	3 - 90	3 - 90
3	1	PRO	PRO	3	E	E	3 - 90	3 - 90
1	2	LEU	LEU	1	B	B	3 - 92	3 - 92
2	2	LEU	LEU	1	D	D	3 - 92	3 - 92
3	2	LEU	LEU	1	F	F	3 - 92	3 - 92

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	CcmK1 C-terminal deletion mutant / Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 1 分子量: 10724.282 Da / 分子数: 6 / 断片: C-terminal (UNP residues 92-111) deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: ccmK1, sll1029 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: P72760
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.51 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M MES, 10% dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC quantum Q315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月2日

放射

モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→90 Å / Num. obs: 16303 / % possible obs: 79.8 % / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Χ²: 1.105 / Net I/σ(I): 9.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.38	1.3	0.433	866	1.112	1	42.8
2.38-2.48	1.4	0.39	1154	1.189	1	56
2.48-2.59	1.5	0.311	1369	1.145	1	66.5
2.59-2.73	1.6	0.266	1563	1.277	1	76.2
2.73-2.9	1.6	0.204	1756	1.248	1	86.8
2.9-3.12	1.7	0.163	1879	1.086	1	92.3
3.12-3.44	1.7	0.12	1926	1.12	1	94.3
3.44-3.93	1.8	0.089	1934	1.119	1	94.6
3.93-4.95	1.8	0.079	1925	0.97	1	93.5
4.95-90	1.8	0.09	1931	0.969	1	94.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
BOS		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3BN4

3bn4

解像度: 2.28→17.61 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.877 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.789 / SU B: 20.477 / SU ML: 0.24 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.274	816	5 %	RANDOM
R_work	0.222	-	-	-
obs	0.224	16255	77.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 79.21 Å² / B_iso mean: 34.204 Å² / B_iso min: 9.52 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.02 Å²	-0.06 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.28→17.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3966	0	20	58	4044

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	4050
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.093	1.971	5507
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.846	3	6488
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.698	5	536
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.517	23.418	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.427	15	686
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.214	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	683
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4501
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.814	2	2640
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.34	2	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.839	3	4282
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.03	2	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.962	3	1221

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	511	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	C	511	TIGHT POSITIONAL	0.03	0
1	E	511	TIGHT POSITIONAL	0.03	0
1	A	559	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
1	C	559	LOOSE POSITIONAL	0.03	0.01
1	E	559	LOOSE POSITIONAL	0.03	0
1	A	511	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
1	C	511	TIGHT THERMAL	0.1	0
1	E	511	TIGHT THERMAL	0.1	0
1	B	559	LOOSE THERMAL	0.08	10
1	D	559	LOOSE THERMAL	0.09	0.02
1	F	559	LOOSE THERMAL	0.09	0
2	B	1080	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	D	1080	TIGHT POSITIONAL	0.03	0
2	F	1080	TIGHT POSITIONAL	0.03	0
2	B	1080	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
2	D	1080	TIGHT THERMAL	0.1	0
2	F	1080	TIGHT THERMAL	0.11	0

LS精密化シェル

解像度: 2.28→2.339 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.325	23	-
R_work	0.319	374	-
all	-	397	-
obs	-	-	25.13 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8516	-0.0814	-0.2313	0.9252	-0.3352	0.8656	0.0162	-0.0356	0.0433	-0.0348	-0.0172	-0.0056	0.0495	0.0853	0.001	-0.0694	-0.0117	-0.0424	-0.057	-0.0423	-0.1039	-8.325	9.1751	-15.9121
2	0.7893	-0.2403	-0.2168	0.9461	-0.376	0.4882	-0.0125	-0.0398	0.0004	-0.0068	0.0279	-0.0197	-0.0134	0.0091	-0.0155	-0.0907	-0.0389	-0.0468	-0.0879	-0.0535	-0.1103	-8.5748	8.9069	-16.1876

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 89	3 - 89
2	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	3 - 89	3 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	1	E	E	3 - 89	3 - 89
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	3 - 91	3 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	2	D	D	3 - 91	3 - 91
6	X-RAY DIFFRACTION	2	F	F	3 - 91	3 - 91

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関連情報:EMDBヘッダ

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